После переезда ВЧК в Москву несколько ее сотрудников подверглись нападению анархистов и один чекист был убит. По распоряжению Ф. Э. Дзержинского убийц разыскали, а затем они были приговорены к расстрелу. Давая Моссовету отчет о случившемся, Дзержинский предложил разоружить преступников.
В первых числах апреля 1918 г. ВЧК обратилась к населению Москвы с призывом оказывать активную поддержку в искоренении элементов, деятельность которых враждебна строительству социалистического общества. Нити борьбы с анархистами сосредоточились в ВЧК.
В начале апреля Ф. Э. Дзержинский вызвал коменданта Кремля П. Д. Малькова и поручил изучить подходы в особнякам, занятым анархистами. Вместе с командиром латышского подразделения П. Берзиным и комиссаром Э. Озолом Мальков выполнил это задание.
11 апреля 1918 г. состоялось расширенное заседание ВЧК совместно с представителями военного ведомства, районов и учреждений Москвы. Оно рассмотрело и утвердило план разгрома анархистских гнезд. К участию в операции привлекались отряды ЧК, воинские части и латышские стрелки из охраны Кремля. Операцию возглавил Ф. Э. Дзержинский.
Начало выступления назначалось в ночь с 11 на 12 апреля 1918 г. Для непосредственного руководства боевыми действиями был создан Чрезвычайный военный штаб. Командиры отрядов получили план конкретных действий. Латышам поручался захват наиболее ответственных пунктов. Районные Советы Москвы были обо всем заранее предупреждены. Войска получили приказ занять особняки анархистов по возможности бескровно: к 5 часам утра окружить их и предъявить ультиматум о разоружении.
Ночь на 12 апреля 1918 г. внешне ничем не отличалась от предыдущих. Но после полуночи москвичей разбудил грохот проносившихся грузовиков. Вскоре в штаб стали поступать донесения о том, что здания анархистов блокированы.
События развивались стремительно и в различных частях города по-разному. В отдельных местах «черногвардейцы» сдавались без боя, в других оказывали серьезное сопротивление. Особенно упорно оборонялись анархисты, засевшие в особняке Цейтлина, на Донской улице и в Доме анархии на Малой Дмитровке.
Уже за несколько дней до этих событий Федерация стала получать сведения о готовящейся операции. Вокруг особняка на Малой Дмитровке анархисты усилили охрану, в окнах и на крышах соседних домов выставили пулеметы. После таких приготовлений переговоры о разоружении к положительным результатам не привели. До истечения срока ультиматума в красноармейские отряды полетели бомбы. Завязалась перестрелка. Осаждающие ввели в бой артиллерию. После нескольких залпов анархисты, поняв бессмысленность дальнейшего сопротивления, делегировали трех представителей для переговоров. Вскоре штаб «черной гвардии» капитулировал.
Более получаса шла разгрузка арсенала. Выносили ящики с винтовками, выкатывали пулеметы. Параллельно шел осмотр помещений, в которых хранились запасы вин и продовольствия. Захваченных анархистов вместе с их руководителями под конвоем латышей на грузовиках отправили под арест.
На той же Малой Дмитровке советские отряды очистили от анархистов еще два особняка. Здесь анархисты также оказали упорное сопротивление. Потерпев поражение, «черногвардейцы» пытались бежать, но были задержаны.
Главные события на Большой Дмитровке разыгрались у дома возле городского ломбарда. Засевшие встретили подошедших латышей винтовочными выстрелами и частыми пулеметными очередями. Для того чтобы проникнуть в особняк, требовалось открыть чугунные ворота, находившиеся под обстрелом. Выручил бойцов комендант Кремля П. Д. Мальков. Вдоль каменного фундамента он подполз к воротам и взорвал их. Латышские стрелки бросились к дому и разоружили бандитов.
Центральную роль в подавлении очага на Поварской улице выполнили солдаты 2-го латышского полка. «Дом независимых» тщательно охранялся. На ультиматум о сдаче анархисты ответили массированным огнем. Затянувшуюся перестрелку прервал артиллерийский залп. После нескольких выстрелов из окна показалось белое полотнище.
Сопротивление оказала и группа «Братство», занимавшая особняк Банкетова. Только к полудню удалось принудить бандитов сложить оружие.
Основательную подготовку к встрече советских частей провели анархисты из объединения «Буря». Они даже реквизировали ряд соседних квартир. Однако и здесь не смогли долго продержаться. После незначительного сопротивления их разоружили. Был арестован 71 человек.
Лефортовские группы, а также «Авангард» и многие другие объединения сложили оружие без боя.
К двум часам дня 12 апреля операция по разоружению анархистов закончилась. Все захваченные особняки были очищены. Арестованных (около 600 человек) препроводили в Кремль на гауптвахту и в другие помещения — для допроса. Кроме оружия, при обыске у анархистов обнаружили значительное количество похищенных вещей, драгоценностей, золота, серебра, денег и т. д.
Анархисты потеряли убитыми и ранеными около 30 человек; из отрядов ВЧК пострадали 10–12 человек. Во время обстрела некоторые здания получили повреждения.