По окончании церемонии папа и кардиналы садятся на лошадей. Теперь образуется свита из восьмидесяти епископов в белом облачении, римских баронов и муниципальных консерваторов. Каликст вступит во владение своим папским престолом в соборе Сан-Джованни де Латран. Все улицы вымощены камнем. На площади Монте-Джордано евреи, по обычаю, выставляют Закон Божий, который они вынесли из синагоги. Папа им отвечает: «Мы чтим Закон, но мы осуждаем ваше толкование, потому что Тот, о ком вы говорите, что Он должен прийти, уже пришел, и это — Господь Наш Иисус Христос, как учит и проповедует наша Церковь». Закон Божий, украшенный золотом, искушает чернь. Папу отталкивают. Евреям удается скрыться. Но позже, в Латране, кто-то из народа завладел балдахином папы и разодрал его на куски, чтобы украсть дорогие украшения.
За народными волнениями последовал жестокий спор из-за графства Тальякоццо между графом Эверсо д’Ангвиллара и Наполеоне Орсини, один из слуг которого был убит. Над городом нависает угроза гражданской войны. Орсини спешит разграбить дом графа на Кампо-дель-Фьори. На призыв: «За Орсини, на помощь!» три тысячи вооруженных людей собираются на Монте-Джордано. Они готовы выступить против Колонны, покровителя графа Эверсо. И только приложив большие усилия, посланники папы — кардинал Орсини и Франциск Орсини, префект Рима — смогли остановить кровопролитие. Спокойствие было восстановлено с большим трудом.
После тяжелого дня наложения сана Каликст поручает кардиналу Барбо начать переговоры о перемирии между враждующими партиями. Но, чтобы избежать повторения беспорядков, он, как и его предшественники, принимает решение доверить своим родственникам влиятельные посты. Он посылает предупредить своих племянников, что ждет их в Риме. Сразу же по приезде он возводит их в ранг князей, но возвышает не сразу. Действительно, он обязался перед членами Священной коллегии не давать высших титулов своим родственникам. Он ограничивается тем, что дает Родриго через неделю после его приезда, 10 мая 1455 года, должность папского нотариуса. 3 июня к этому он добавляет место настоятеля церкви Санта-Мария де Хатива и значительные доходы от приходов в Валенсийской епархии. Луису Хуану де Мила, епископу Сегорбии, 13 июня 1455 года он доверяет управление Болоньей — самым важным городом среди папских государств.
Оба молодых человека отправляются в Болонью. Родриго, сопровождаемый гуманистом Гаспаро да Верона, едет туда, чтобы получить степень доктора права. Там он проведет шестнадцать месяцев в учении и удовольствиях, получив степень доктора в октябре 1456 года, хотя обычный срок для получения этой степени — 5 лет. Во время своевременного отсутствия папе удается обезоружить оппозицию Священной Коллегии. Во время тайной консистории [8]20 февраля 1456 года он назначает своих обоих племянников кардиналами, вместе с третьим избранником — инфантом Жаком Португальским.
Весьма сдержанные кардиналы надеются, что смерть призовет старого папу до публичного сообщения о возведении в кардинальский сан. Но Каликст обманывает их ожидания. Воспользовавшись тем, что кардиналы покинули Рим летом 1456 года, чтобы избежать сильной жары и эпидемии, Каликст опубликовывает сообщение о новых назначениях 17 сентября. Через месяц его племянники торжественно вступают в город в качестве кардиналов. 17 ноября их дядя возлагает на них красные шапки, а 26-го проводит церемонию символического отпирания уст, смысл которой состоит в том, что новые кардиналы всегда и везде будут верным рупором Святого престола. Кардинал Луис Хуан де Мила получает звание, оставленное его дядей, — Четырех-Венценосных-Святых. Родриго становится кардиналом-диаконом со званием Святого — Николая
Но чтобы контролировать Рим, у Святого престола есть настоящая крепость — это Ватикан и его форпост, замок Сант-Анджело. С 1455 года брат Родриго Борджиа, Педро Луис, старше его на семь лет, получает звание главного капитана Церкви. Он становится управляющим замка Сант-Анджело. Бывший мавзолей императора Адриана, укрепленный во времена возвращения папства в Рим, прикрывает папскую резиденцию со стороны города и в то же время дает папе удобное убежище: туда можно добраться прямо из Ватикана, идя дозорной тропой вдоль стены. Не обращая внимания на протесты римских баронов, Каликст 15 марта 1456 года передает замок своему племяннику. Осенью он назначает его правителем Терни, Нарни, Тоди, Риети, Орвието, Сполето, Фолиньо, Ночеры, Ассизы, Амелии, Чивита Кастелланы и Непи. Еще через некоторое время присваивает ему титул управляющего наследием Святого Петра.