В 29 лет маркиз де Ломбэ оказался облеченным опасной губернаторской должностью. В течение четырех лет ему придется проявлять осторожность и энергию, которых от него ждал хорошо его знавший его повелитель. Карлу V было необходимо поставить во главе своих государств человека, которому бы он доверял. Помирившись с Франциском I, он испросил у короля разрешения проехать по территории Франции по дороге во Фландрию. Он хотел наказать жителей Гента, взбунтовавшихся против регентши Нидерландов Марии Венгерской, заставившей их выплачивать контрибуции. 7 октября 1539 года французский суверен направил в Толедо пригласительное письмо. Карл V сразу же сделал регентом своих королевств принца Филиппа — будущего Филиппа II, тогда ему было 12 лет. А Франциск Борджиа должен был стать губернатором Каталонии.
Известие об отъезде императора крайне затрудняло деятельность нового вице-короля. Провинцию заполонили разбойники, готовые взбунтоваться, узнав о наступившем безвластии. Приходилось вести против них нечто вроде партизанской войны. Чтобы увеличить финансовые возможности Франциска Борджиа, Карл передал ему командование военным орденом Святого Иакова, или Сантьяго, и назначил его членом совета порядка, состоявшего из 13 главных командоров. Поэтому маркиз мог считать, что он состоит на службе у Бога и императора одновременно, и рассматривать свою миссию как крестовый поход. Он преследовал разбойников в их логове, приказывал судить по всей строгости закона и приговаривал их к смертной казни или каторге. «Страна, — писал он Карлу, — больше нуждается в наказании, чем в прощении». И в другом письме: «Я приказал повесить шестерых самых знаменитых. Процесс над остальными идет в соответствии с законом, и тот, кто получит наименьшее наказание, может быть уверен, что проведет остаток своей жизни на галерах!» Но перед казнью он приказывал присылать к каждому осужденному священника, а после смерти приговоренных отслужить тридцать месс за спасение их души. Такая неумолимая строгость напоминала действия Инквизиции по уничтожению ереси в Испании.
В личной жизни вице-король отрекся от роскоши, приличествовавшей его сану. Он начинал день с молитв, причащался один раз в неделю, а когда заканчивал государственные дела, подчинялся правилам ордена Сантьяго: уединялся и молился, размышляя о таинствах молитвы и перебирая четки. Ночью долгими часами он стоял на коленях, налагал на себя различные наказания, например, никогда не ужинать, что, правда, скорее напоминало нечто вроде диеты. Он стал болезненно тучным и поэтому жестоко страдал, когда скакал верхом. Насмехаясь над собой и намекая на свою кольчугу, он писал Карлу: «Ваше Величество прекрасно представляет себе, что это значит для моего толстого брюха!» Но не жаловался и даже считал себя в привилегированном положении: «Теперь меня будет вести вперед правосудие Божие!» Он прибегал к этому божественному суду в своих карательных экспедициях, но также и совершая благотворительные поступки: он всегда был готов помочь скорбящим и убогим. Он подавлял беспорядки, возникавшие после прохождения войск, морем направлявшихся из Барселоны в Италию или Фландрию. Обеспечивал снабжение продовольствием провинции и укреплял города в тот момент, когда французы угрожали Русильону. В период волнений он гарантировал населению безопасность.
Пока Франциск Борджиа — мирянин с замашками монаха-воина — восстанавливал общественный порядок, защищая духовные и материальные интересы своих подданных, скромная организация, появившаяся в подземной часовне Монмартра 15 августа 1534 года благодаря усилиям Игнатия Лойолы, бывшего узника Инквизиции Алькалы, добилась официального признания. Папа Павел III выдал ей буллу об основании 27 сентября 1540 года. «Общество Иисуса» было основано как ополчение и подчинялось генералу. От древних религиозных орденов этот отличался тем, что был настроен очень воинственно: его целью было завоевание душ, которым угрожали мирские опасности и бурное развитие новой реформистской религии. Строгий отбор давал возможность испытать искренность вступающих в ряды общества: помимо трех обетов — целомудрия, бедности, послушания, — они с большими трудностями получали разрешение дать обет неограниченного повиновения воле папы. Таким образом, в распоряжении понтифика была армия бесконечно более преданная, чем все светские армии. Так иезуиты начали штурм мира.