Этот спор возник в момент, когда возродился интерес к историческим документам, посвященным Борджиа. В 1866 году Джузеппе Кампори посвятил исследование Лукреции, озаглавив его весьма красноречиво —
Una vittima delle Storia(Жертва Истории). В нем он впервые опубликовал значительное количество документов из архивов Эсте в Модене. Немецкий ученый Фердинанд Грегоровиус, великолепный знаток истории Рима, к ним добавил еще шестьдесят пять важных документов, многие их которых были найдены в Риме, Модене и Мантуе. Его обширная биография
Лукреция Борджиа,опубликованная в Штутгарте в 1874 году, переведенная на французский и итальянский языки в 1876 году, положила начало научному подходу к истории Борджиа.После появления этого труда великий эрудит Людвиг фон Пастор сделал смелую попытку написать на обновленной основе
Историю папначиная с конца средневековья. В течение трех столетий тайные архивы Ватикана были недоступны для исследователей. В 1888 году папа Лев XIII, наконец, их открывает. Он разрешает Пастору просмотреть архив консисторий и буллы и бреве Александра VI, содержащиеся в ста тридцати томах
Папской Канцелярии.Пастор сличил эти документы со многими другими — неизвестными или малоизвестными — из 80 библиотек и хранилищ Европы, в основном итальянских. Книга X, посвященная Александру VI, опубликована в 1895, переведена и издана во Франции в 1898 году, впоследствии будет много раз переиздаваться и дополняться вплоть до самого последнего издания Анджело Меркати и Пио Ченци на итальянском языке в 1951 году. Это издание претендует на объективность и искренность и не обходит молчанием ни один недостаток Александра VI. Пытаясь объяснить крайности в его поведении, автор использует самые разнообразные документы, часто весьма противоречивые. Среди них — подлинные тексты и синтетические произведения, появлявшиеся примерно одновременно —
Diarii(Ежедневные записки) — нечто вроде ежедневных обзоров новостей, собиравшиеся венецианцем Марино Санудо с 1496 по 1523 годы (опубликованные в пятидесяти восьми толстых томах в Венеции с 1879 по 1902 годы), Приули — с 1494 по 1512 годы (опубликовано с 1912 по 1937 годы). Фламандский ученый Питер де Роо компилирует значительное количество источников о Борджиа, большинство из которых были уже известны, в своем пятитомном сборнике
Material for a history of pope Alexandre VI(Материалы по истории папы Александра VI), Брюгге и Нью-Йорк, 1924, переиздано в Испании в 1952 году.В начале XX века большинство свидетельств о Борджиа было уже опубликовано полностью или частично. Очевидцами событий были дипломаты или шпионы, как, например, венецианец Джустиниани, епископ Моденский Джанандреа Бочаччо, феррарцы Белтрандо Костабили, Герардо Сарачени и Этторе Беллиджери, или стоящие ниже Бернардино де Проспери, или священник Корреджо, передававшие информацию Изабелле д’Эсте и летописцам тех итальянских городов, которые воспроизводили события, касавшиеся Борджиа. В связи с испанским происхождением Борджиа эрудиты этой страны провели отдельные исследования жизни двух пап из этой семьи. Здесь следует упомянуть труд Санчиса Сиверы
El obispo de Valencia Don Alfonso de Borja (Calixto III), Епископ Валенсийский дон Алонсо де Борха (Каликст III),1429–1458, Мадрид, 1926; и появившиеся совсем недавно исследования каталонца Микеля Батллори
La correspondencia d’Alexandre VI ambels seus familiars у ambels Reis catolicos(Переписка Александра VI с близкими и с Их Католическими Величествами).Параллельно с этими научными изданиями в изобилии издаются другие произведения о Борджиа, отражая исторические методы и проблемы тех эпох, когда они появились.