В сельской местности, в богатом доме Ваноцца в 1475 году родила Чезаре. Ребенок считается рожденным в законном браке, но очень скоро Родриго Борджиа признает свое отцовство. В 1476 году, через год, когда Ваноцца уже овдовела, на свет появляется другой сын — Хуан. Затем наступает очередь Лукреции, родившейся в апреле 1480 года в замке аббатства Субиако. Тогда в очередной раз кардинал решает узаконить положение своей любовницы. В 1480 году он выдает ее замуж за миланца Джорджо де Кроче, секретаря Сикста IV. Этот человек богат. Владелец Эсквилина — загородного дома, стоявшего посреди виноградников и фруктовых садов. Дети полюбят семейные встречи в этом доме, который их мать унаследует после своего второго мужа и который назовут виноградником Борджиа. Ваноцца и ее муж большую часть времени живут в самом Риме, в доме на Пьяцца Бранкис, где есть красивый сад, этот дом — тоже собственность Ваноццы.
В 1482 году кардинал признает последнего сына, рожденного от него, — Джофре, или Хофре, потом его отношения с любовницей становятся менее активными. У Ваноцци на подходе еще один сын, на этот раз законный — Октавио, но он вскоре умирает. Ее второй муж дожил до 1486 года. Вскоре она опять выходит замуж за мантуанца, ее приданое составляет тысячу флоринов. Избранник Ваноццы — известный литератор: молодой флорентийский поэт Полициен вынесет на его суд своего
Пятидесятилетний Родриго заботливо следит за воспитанием своих детей. В 1482 году он выдает замуж за римского дворянина свою старшую дочь Джерониму: она умрет через год. В 1483 году Изабелла выходит замуж за дворянина Пьеро Джованни Матуцци, живущего в квартале Парионе. Педро Луис отправляется в Испанию, где принимает участие в кампаниях против мусульманского королевства Гренады. Он храбро сражается при осаде Ронды в мае 1485 года, потом получает от Фердинанда Арагонского титул герцога Гандийского и обещание руки доньи Марии Энрикес, племянницы короля, но через некоторое время, в августе 1488 года, он умирает в Чивитавеккья. Родриго переносит свою нежность на детей Ваноццы. Он воспитывает своих мальчиков как принцев. Поручает дочь Лукрецию своей кузине Адриенне де Мила, вдове дворянина Людовико Орсини и матери юного Орсо (злые языки твердят, что тот — тоже сын кардинала Борджиа). Вице-канцлер становится частым гостем во дворце Орсини на Монте Джордано. Все заискивают перед ним из-за его положения при курии, надежд на власть, личного обаяния. По своему обыкновению, он покоряет всех дам, но особенно — юную Джулию Фарнезе, дочь провинциальных баронов, невесту Орсо Орсини, за которого она выйдет замуж в 1489 году. Роль хозяйки дома вместе с Джулией играет Адриенна де Мила, ее будущая свекровь. В связи с этим она окружает вниманием юную Лукрецию с первых лет ее жизни. Когда Адриенна отведет девочку в монастырь Святого Сикста на Аппиевой дороге для совершенствования ее образования, кардинал не прекратит своих усердных посещений дворца Орсини, своей кузины и прекрасной Джулии Фарнезе.
Родриго стал деканом Священной коллегии, получив 24 июля 1476 года сан кардинала-епископа Порто. 25 июня 1477 года его снова назначают легатом
Когда 12 августа 1484 года умирает Сикст IV, римляне взбунтовались против племянников покойного папы и их прихлебателей. Бунт возглавляют Колонна. Вирджинио Орсини, сеньор Браччано, направляет против них своих солдат. Родриго Борджиа, друг Орсини и неаполитанских Арагонцев, мог бы стать идеальным кандидатом, если бы оказался способен восстановить порядок, обуздав злоупотребления клана Риарио-делла Ровере.