Иннокентия VIII раздражает Ферранте, который держит себя вызывающе, посылая ему в дар белого иноходца, но при этом отказываясь платить ежегодную дань Святому Престолу. В итоге папа выносит на обсуждение кардиналов вопрос об отношении к королю Неаполитанскому. Родриго Борджиа считает, что надо повременить, а Джулиано делла Ровере высказывается за суровое наказание, с ним согласен кардинал Балю, представляющий короля Франции. Вместе они толкают папу к войне против Ферранте. Король Неаполитанский быстро мобилизует свои силы. Они захватывают папское государство. Армией предводительствует Альфонсо де Калабр, старший сын Ферранте. Рядом с ним находится Вирджинио Орсини, бывший сообщник и союзник Джироламо Риарио. Папа выставляет против неаполитанцев кондотьера Роберто Сан-Северино, принца Салернского, одного из взбунтовавшихся против Ферранте баронов. Военные операции дублируются пропагандистскими акциями, направленными на то, чтобы деморализовать врага. Вирджинио Орсини заявляет, что он придет в Рим во главе армий короля Неаполитанского, чтобы обезглавить кардинала делла Ровере, на пике пронести его голову по улицам Рима и бросить тело в Тибр! Сан-Северино отвечает на это преступлением в духе времени. Он пользуется приездом кардинала Хуана Арагонского, сына Ферранте, в Салернский замок, чтобы захватить его свиту, убить, а самого кардинала, как говорили, заставляет выпить медленно действующий яд, от которого тот вскоре умрет.
В международном плане неаполитанский король пользуется большой поддержкой: во-первых, своего зятя Матьяша Корвина, короля Венгрии, кроме того, ему покровительствуют Венеция и Флоренция. После первых принесших разочарование военных операций кардинал Борджиа заметил, что папские войска неспособны победить неаполитанцев. Во время консистории он умоляет папу отказаться от помощи, которую ему дает Франция в борьбе против Неаполя. Удивленный этим выступлением, кардинал Балю резко протестует. Тон повышается. Оба кардинала переходят к оскорблениям. Известный своей вежливостью Родриго Борджиа не может сдержаться и покрывает бранью француза. Он называет его безумцем и пьяницей. Не помня себя, Балю отвечает Борджиа: «Еврей, мавр, ложнообращенный еврей (марран [12]), сын проститутки». Еще немного — и противники начнут драться. Возмущенный Иннокентий VIII поднимается и заканчивает консисторию. Но аргументы Борджиа произвели на него впечатление. 11 августа 1486 года он подписывает мир с Неаполем. Ферранте обещает платить дань вассала и простить баронов-бунтовщиков. Но этот договор он заключил только для того, чтобы помешать приходу французской армии на помощь папе. Как только опасность отступила, в сентябре он выставляет папские войска из Аквилы и приказывает убить губернатора этого города, назначенного Святым престолом. В Неаполе он жестоко отомстил своим баронам: в Шато-Неф он созывает на пир главных бунтовщиков и приказывает их казнить. В память об этом высоком деянии он велит из их тел сделать чучела и расположить вокруг его столовой. Он преследует родственников приговоренных к смерти, заключает в тюрьму их жен и детей, конфискует их имущество. Кроме того, он отказывается платить обещанную Риму дань и по своему усмотрению распоряжается церковными бенефициями.