Папа вел себя больше как князь, а не как понтифик. Он жаждал власти и навел жесткий порядок в Папской курии и в финансовых делах государственной казны. Затем он учредил трибунал, который разбирал дела убийц и никому не позволял избежать правосудия. Дело в том, что во времена понтификата Иннокентия VIII в Риме процветал бандитизм: каждый день убивали около двухсот человек. Было много организованных банд, которые грабили и убивали местных жителей. Бандитов боялись даже стражники. Александр VI быстро взялся за дело очистки Вечного города от преступности. Он был очень суров с убийцами, он сам вершил правосудие и приговорил к повешению многих главарей банд. А их притоны были найдены и разгромлены.
Кроме того, Александр VI учредил новые должности тюремных инспекторов и комиссаров, которые должны были строго следить за порядком на улицах и предотвращать любые преступления. Наконец-то римляне смогли вздохнуть свободно и спокойно выходить из своих жилищ, не боясь быть неожиданно ограбленными или убитыми. После этого Родриго Борджиа очистил папский двор от тех чиновников, которые, как в шутку говорили, «разжирели на харчах Папы Иннокентия VIII». Сам понтифик принимал скромную пищу, без всяких излишеств, и этим подавал пример кардиналам.
Еще Александр VI завел традицию: каждый вторник он вел личный прием в папских покоях Ватикана, где принимал и выслушивал просьбы и претензии всех людей без исключения, даже низкого сословия, и всегда старался решить их проблемы. Затем он распорядился отремонтировать все военные укрепления Ватикана, замка Святого Ангела и коридора Пассетто ди Борго, который их соединял. Этот коридор длиной около 800 метров был построен еще в 1277 году по заказу Папы Николая III, и впоследствии благодаря ему сам Александр VI укрылся в замке Святого Ангела от войска французского короля Карла VIII, а папа Климент VII – от нападения армии императора Священной Римской империи Карла V.
Так что Родриго Борджиа, несмотря на все свои грехи, сделал и много хорошего для Рима и своего государства. Никколо Макиавелли приводит пример Папы Александра VI в книге «Государь» как образец различия между идеальным и действительным.
В марте 1499 года Александр VI торжественно объявил 1500 год юбилейным. Чтобы подготовиться к юбилею, Папа приказал расширить улицы города, ведущие к собору Святого Петра, и построить новую, которую назвали улица Александрина, в его честь. Она вела от замка Святого Ангела до храма Святого Петра, и по ней паломники могли легко проходить к святым мощам апостола Петра. Позже ее переименовали в Борго Нуово (Новый район), а в 1930 году эта улица была полностью ликвидирована, на ее месте был построен отводной канал по приказу Бенито Муссолини.
Юбилей был торжественно открыт церемонией, которая использовалась еще с XIV века – 22 декабря глашатаи на улицах объявляли папскую буллу о наступлении юбилейного года. Новой традицией, которую ввел Папа Мартин V в начале XV века, было открытие в канун Рождества обычно запертых четырех священных дверей: двери в базилике Святого Петра, над которой была надпись: «Это дом Божий и это дверь на небеса», а также в базиликах Святого Павла за стенами, Святого Иоанна в Латерано и церкви Санта-Мария Маджоре, расположенной недалеко от Колизея и построеннаой, по легенде, на том месте, где в августе выпал снег.
Для этого святые отцы использовали специальный серебряный молоточек, символизирующий папскую власть по Евангелию святого Иоанна, где написано: «Он откроет, и никто не закроет. Он закроет, и никто не откроет». Этот молоток хранился в капелле Святой Вероники в базилике Святого Петра.
И вновь толпа паломников, больных и калек потекла в Рим и заполонила улицы Вечного города. Опять было негде яблоку упасть, и опять все гостиницы, притоны и монастыри были забиты до отказа так, что люди ночевали на улице. В этот год было организовано много не только церковных, но и светских мероприятий.
Стоит отметить также заслуги Папы Александра VI в развитии искусства в Риме. В эпоху его понтификата французский кардинал Жан Бильер де Лаграулас, посол короля Карла VIII в Риме, заказал молодому скульптору из Флоренции знаменитую статую «Оплакивание», которая до сих пор находится в храме Святого Петра. Юного гения звали Микеланджело Буонарроти, и волей судьбы он в то время проживал в Риме у своего друга банкира Якопо Галли, где работал над статуей «Вакх с сатиром».
Кроме того, Папа выпустил буллу, в которой обещал различные привилегии тем, кто будет строить свои дома так, чтобы они украшали город. Вечный город начал преображаться: вместо маленьких, несуразных и беспорядочных строений с мансардами, которые сужали и так узкие улицы, начали появляться удобные квадратные большие, но простые в постройке палаццо. Мансарды постепенно исчезали, а улицы становились более прямыми и широкими.