Старший сын Александра VI от Ваноцци Каттанеи Чезаре (Цезарь) Борджиа родился примерно в 1475 году. Он считается безжалостным и беспринципным политиком, готовым на все ради власти. Недаром Никколо Макиавелли поначалу считал его примером идеального государя. Но, безусловно, Чезаре был и самой противоречивой фигурой эпохи Возрождения. Его брат Хуан родился в 1476 году, точная дата неизвестна. Братья были погодками и, похоже, в детстве не очень-то дружили. Чезаре часто ревновал отца к брату, чувствуя, что тот более привязан к Хуану, чем к нему самому. Эта вражда и соперничество между братьями длились всю недолгую жизнь Хуана, который был убит в возрасте 21 года, предположительно, самим же Чезаре. Это произошло в Риме 14 июня 1497 года. Хуана описывают как избалованного, капризного и высокомерного молодого человека.
В 1493 году Александр VI отправил его в Испанию, где Хуан унаследовал в 1488 году герцогство Гандия от своего брата Педро Луиса де Борха. Там 17-летний Хуан Борджиа женился на 18-летней Марии Энрикес де Луна из аристократического испанского рода Энрикесов. Она доводилась кузиной Фердинанду Арагонскому. Такая невеста отлично подходила для брачной политики Родриго Борджиа, давнего союзника короля Испании Фердинанда I. Хуан и Мария Энрикес поженились в Барселоне, где была сыграна роскошная свадьба. Но, к разочарованию невесты, Папы Александра VI и Чезаре Борджиа, Хуан вел развратный образ жизни, постоянно пропадал в публичных домах и много пил.
Его брат Чезаре даже писал Хуану, что «он не может радоваться получению кардинальского сана из-за плохих новостей, которые святой отец получал из Барселоны. Все говорят только о ваших ночных оргиях, во время которых вы убиваете котов и собак, и шатаетесь по борделям вместо того, чтобы слушать советы вашего тестя и почитать вашу жену Марию Энрикес». Несмотря на то что Хуан частенько покидал супружеское ложе, в ноябре 1494 года у пары родился сын Хуан де Борха-и-Энрикес, третий герцог Гандии. Этот Хуан был отцом святого Франциска Борджиа, 4-го герцога Гандии. В 1496 году Александр VI отозвал сына обратно в Рим. К этому времени Мария Энрикес уже была беременна во второй раз, она с ребенком сначала осталась в Испании, но вскоре последовала за мужем.
Хуан прибыл в Рим 10 августа 1496 года. Его встречали многочисленные кардиналы, дворяне и простой народ. Сопровождающий его кортеж был роскошным, сам герцог Гандии восседал на белом коне, покрытом расшитой золотом и серебром попоне. Его костюм из темной парчи был украшен драгоценностями, на голове был расшитый жемчугами головной убор красного цвета – цвета Борджиа. Его встречал Чезаре, который сопроводил брата во дворец папы, где Александр VI встретил сына со всеми подобающими почестями.
Праздники в честь прибытия герцога Гандии длились несколько дней, что очень раздражало его ревнивого брата. Чезаре считал, что Хуану пора уже показать, но что он способен как военный. Но за Хуана всем занимался Александр VI, который собирал для него армию под руководством опытного полководца герцога Урбинского Гвидобальдо да Монтефельтро. А сам Хуан предпочитал развлекаться, проводить время в борделях и на улицах Рима. В то время он сошелся с женой своего младшего брата Жофре, которая состояла в отношениях также и с Чезаре, и тот жутко ревновал.
В военном деле Хуан Борджиа не проявил особого таланта и был весьма посредственным командующим. Тем не менее отец назначил любимого сына гонфалоньером (знаменосцем) церкви и капитан-генералом папских войск. Еще Александр VI создал для него герцогство Беневенто и тем самым еще больше усилил ненависть народа к семье Борджиа. Самым злейшим врагом Александра VI оставался кардинал Джулиано делла Ровере, который распространял про него и его детей самые грязные сплетни. В конце концов Джулиано пришлось бежать из Рима, опасаясь мести понтифика.
Кроме того, Хуан Борджиа стал герцогом Сесса, великим констеблем Неаполя, губернатором Сан-Пьетро, лордом Террачины и Понтекорво. Но, несмотря на высокие титулы, капитан-генерал папских войск совершенно не умел правильно командовать армией и часто позорно проигрывал сражения. Например, он потерпел поражение в битве папских войск с полководцем армии семьи Орсини при городе Сориано.
Войска Хуана, которому помогал командовать армией герцог Гвидобальдо да Монтефельтро, сначала атаковали армию Орсини и захватили несколько крепостей.