Из-за беспорядков в Риме Папу даже не удалось похоронить достойно, с отпеванием. Чезаре был в Риме один и сам тяжело болел после того злосчастного ужина. Узнав о смерти отца, он послал в его кабинет своего верного слугу и наемного убийцу Микелотто, который приставил кинжал к горлу охранявшего комнату кардинала и таким образом убедил его открыть сокровищницу папы. После этого Микелотто обокрал весь папский кабинет и сейф, вынес все драгоценности: золотые чаши, дарохранительницы, кропильницы, ризы, серебряные блюда, мешочки с золотыми монетами и много всего прочего на сумму около 300 тысяч дукатов, не побрезговав даже постельным бельем, и принес все это Чезаре. Остальное, что не смог Микелотто, унесли слуги. Таким образом, папский кабинет совершенно опустел.
Только после этого официально сообщили о смерти Александра VI. Хоронить святого отца пришлось быстро и чуть ли не украдкой. По традиции, гроб должны были нести нищие, и между ними возник спор за честь нести тело папы. А во время отпевания понтифика в соборе Святого Петра на открытом катафалке вдруг зазвязалась драка между солдатами, стоявшими у входа в храм, которая быстро превратилась в побоище. Перепуганные церковники сбежали, оставив мертвого первосвященника совершенно одного. И еще сутки никто не заглядывал в собор, где в пору августовской жары разлагалось тело святого отца.
В день похорон оказалось, что гроб, который заказали кардиналы, слишком мал, и бедного Александра VI никак не могли туда запихнуть. Его труп издавал зловонный запах, из-за пятен возникло подозрение об отравлении или о том, что дьявольская душа первосвященника никак не может покинуть его раздувшееся тело. Наконец, труп Папы завернули в какой-то ковер и с трудом засунули в гроб. В общем, похороны были ужасными, и никто из детей Александра VI на них не присутствовал. Лукреция была далеко в Ферраре, Чезаре был болен, Жофре тоже не было в Риме. Похоронили Папу в соборе Святого Петра, но в 1610 году его прах перенесли в церковь Санта-Мария ин Монсеррато.
Но пока что Лукреция не подозревала, что случится с ее отцом на следующий год. Она с надеждой смотрела в будущее и ехала на белом муле с золоченой попоной на свою новую родину в Феррару. У нее был огромный эскорт, достойный самой королевы: около тысячи человек. Это были дамы, кавалеры, пажи, музыканты, епископы, кардиналы, актеры и шуты, которые время от времени устраивали на привалах комедии, чтобы развеселить новую герцогиню Феррары. Это путешествие Лукреции длилось почти месяц, она проезжала земли Умбрии, Романьи и Марке, города Сполето, где она когда-то была губернатором, Фолиньо и многие другие.
В городке Губбио кортеж встречала Елизавета Гонзага, жена герцога Урбинского Гвидобальдо да Монтефельтро. Она была золовкой Изабеллы д’Эсте, сестрой ее мужа Франческо Гонзага. Елизавета провожала Лукрецию до Урбино, где она остановилась на отдых и ночлег в роскошном герцогском дворце. Двор Урбино в те времена был одним из самых блестящих в Италии с дворами д’Эсте и Гонзага в Мантуе, а их коллекция произведений искусства считалась одной из самых лучших. Супруги Монтефельтро основали в своем городе университет и покровительствовали талантливым мастерам: молодому художнику Рафаэлю Санти и его отцу Джованни родом из Урбино, поэту Пьеро Бембо и писателю Бальдассаре Кастильоне. Лукреция получила большое удовольствие от общения с герцогом и герцогиней Урбино.
Потом они проезжали Пезаро – владения ее первого мужа. С этими местами были связаны давние воспоминания, как хорошие, так и плохие. Последние города: Римини, Чезена, Форли, Фаэнца, Имола уже принадлежали ее брату Чезаре Борджиа, и их жители радостно приветствовали сестру своего господина. В Болонье Лукреция остановилась в резиденции семьи Бентивольо, которые устроили ей пышный и сердечный прием. Туда же неожиданно приехал Альфонсо д’Эсте, которому не терпелось встретиться со своей женой. Он прибыл поздно вечером инкогнито, в маске, и появился во дворце Бентивольо 31 января вечером.
Лукреция как раз вымыла голову и сушила перед камином свои прекрасные длинные волосы. Альфонсо помнил ее еще 13-летней девочкой, невестой Джованни Сфорца. А теперь он был поражен ее красотой, и они провели вместе наедине почти два часа. Когда Альфонсо вышел из покоев своей жены, он казался очень довольным. Он сразу отправился обратно в Феррару, чтобы подготовить все к приезду супруги. Лукреция тоже была счастлива так неожиданно встретить мужа – для нее это было очень романтично и говорило о том, что он принимал решения самостоятельно, а не под влиянием отца.