Детство и юность Эрколе вместе со своим младшим братом Сиджизмондо провел в Неаполе при дворе Арагонской династии. Их отправил туда отец после того, как их бросила мать. В Неаполе мальчики обучались военному делу и правилам рыцарства, а Эрколе также увлекся классической архитектурой и искусством. Его любимым героем стал Александр Македонский, историю жизни которого описал Квинт Курций, и она попала в руки Эрколе, когда он жил в Неаполе.
В 1473 году 42-летний Эрколе д’Эсте женился на Элеоноре Арагонской, дочери короля Неаполя Ферранте Арагонского, сестре Альфонсо II Арагонского и Фридриха I Арагонского, тетке второго мужа Лукреции Борджиа Альфонсо, герцога Бишелье. На самом деле он хотел жениться на ее сестре Беатриче, которая была на 8 лет моложе Элеоноры и намного красивее. Но Ферранте не уступил – он хотел выдать младшую дочь замуж за короля Венгрии и Богемии Маттиаса Корвина. Учитывая свой преклонный по тем временам возраст, Эрколе д’Эсте надеялся на немедленное рождение наследника мужского пола. Но вместо этого в 1474 году родилась старшая дочь Изабелла. Эрколе был очень рад и рождению дочери, но, когда через год родилась снова девочка, Беатриче, он счел это серьезной проблемой. Беатриче отправили на воспитание деду Ферранте Арагонскому в Неаполь и впоследствии выдали замуж за Людовико Сфорца, герцога Миланского.
Наконец, на следующий год появился на свет долгожданный наследник престола Феррары Альфонсо д’Эсте. Потом у пары появились на свет и другие сыновья. Ферранте родился в 1477 году во время путешествия Элеоноры Арагонской в Неаполь, и так там и остался при дворе деда вместе с сестрой Беатриче. Следующими были Ипполито, который стал кардиналом, Сиджизмондо и Альберто. Кроме того, у Эрколе д’Эсте было трое внебрачных детей от разных женщин: сыновья Лоренцо и Джулио, и дочь Лукреция.
Вскоре после рождения Альфонсо племянник Эрколе Никколо д’Эсте, сын умершего Леонелло, воспользовался кратковременным отсутствием герцога и попытался захватить Феррару с отрядом, состоящим из 14 тысяч вооруженных воинов. Элеоноре Арагонской с детьми удалось перебраться по переходу Виа Коперта в крепость и укрыться там. Эрколе, как только узнал об этом, тут же отправился в Феррару, собирая вокруг себя преданных ему людей и прося помощи всех своих подданных. К нему примкнули также его братья Сиджизмондо и Ринальдо и, обнаружив, что у Никколо всего лишь около 600 пехотинцев, повели против него вооруженное население. Многие бунтовщики были пойманы и заключены в тюрьмы, из которых Эрколе их потом освободил по причине своего милосердия. Только лидеры бунтовщиков были казнены через повешение, а самого Никколо д’Эсте обезглавили.
Как человек военный, Эрколе д’Эсте участвовал во многих войнах и был всегда на передовых позициях. Но однажды он был тяжело ранен в ногу, причем рана очень долго не заживала. После этого он остался хромым на всю жизнь, и эта рана постоянно беспокоила его.
Внешне Эрколе д’Эсте описывают как красивого человека с темными волосами и очень светлыми серо-голубыми холодными глазами. Прозвище «Трамонтана» он получил не только из-за характера, но и из-за такого необычного цвета глаз. Губы его были тонкими и всегда плотно сжатыми, он почти никогда не улыбался. Под конец жизни герцог отрастил очень длинную бороду, так что его сравнивали со Святым Онуфрием. Его всегда утомляли светские беседы и он не хотел заниматься управлением хозяйством, а охотно передал эту обязанность своей жене Элеоноре. Тем не менее герцог любил танцы, несмотря на свою покалеченную ногу, а также увлекался музыкой и пением.
Еще герцог д’Эсте очень любил шутки и веселье. Однажды, в 1478 году, во время карнавала, у него гостил Джованни Бентивольо, сеньор Болоньи. Они вместе с братьями герцога Феррары вышли из дворца, ряженые, в масках, бросали яйца в женщин и дрались с другими ряжеными мужчинами. Ко всему прочему, Эрколе д’Эсте был очень набожным человеком. Каждый год в Чистый четверг он кормил в своем дворце сотни бедняков, сам омывал им ноги, раздавал одежду и деньги. Вместе с женой они покровительствовали монастырям и сами основали многие.
По заказу герцога Эрколе д’Эсте были перестроены дворец и крепость, где для своей жены он заказал построить висячий сад. Он превратил Феррару в первый современный город Европы, не только значительно расширив городские стены, но и перестроив многие здания в стиле Возрождения. Его двор считался одним из самых изысканных во всей Европе, особенно Эрколе любил поэзию и театр. Он покровительствовал молодому итальянскому поэту Людовико Ариосто и создал первый современный европейский театр, отличающийся от всех античных образцов, которые существовали до этого. Кроме того, Эрколе открыл первую в Италии типографию в Ферраре, вызвав с этой целью специалиста из Франции Андреаса Бельфорте.