Вот в такую обстановку попала после третьего замужестве Лукреция Борджиа. Ее свекровь Элеонора Арагонская умерла в 1493 году, и герцог больше не женился. Младшая золовка Беатриче д’Эсте, жена Людовико Моро, тоже к тому времени умерла в Милане в 1497 году. Поэтому Лукреции не удалось с ними познакомиться.
Беатриче д’Эсте родилась еще до брака Эрколе д’Эсте и Элеоноры Арагонской и жила в семье своего отца. Точная дата ее рождения неизвестна, где-то между 1470–1472 годами. В 1487 году Лукрецию д’Эсте выдали замуж за сына правителя Болоньи Джованни Бентивольо Аннибале, который был немного старше жены. Она родила мужу 13 детей и скончалась в 1518 году, за год до смерти самой Лукреции Борджиа.
Ближе всего Лукреция Борджиа общалась со старшей золовкой Изабеллой и братьями мужа. Изабелла д’Эсте родилась 17 мая 1474 года, она была на 6 лет старше Лукреции. В детстве Изабелла была очень красивой девочкой, которую обожали все вокруг. Когда ее мать Элеонора, беременная четвертым ребенком, поехала в Неаполь в 1477 году на свадьбу своего отца Ферранте с его кузиной Джованной, она прихватила с собой своих дочерей Изабеллу и Беатриче. Там дядя Изабеллы Фридрих Арагонский восхитился красотой девочки и заявил, что если бы не ее нежный возраст и не кровный союз, он бы непременно женился на племяннице. Обратно в Феррару Элеонора увезла только Изабеллу, и она выросла при дворе своего отца Эрколе.
Девочка обладала врожденным умом и интеллектом, она получила прекрасное по тем временам образование. Изабелла начала учебу уже в 5-летнем возрасте, ее наставниками были известные философы, гуманисты и профессора Феррарского университета. Девочка изучала историю, литературу, иностранные языки, в том числе и латынь. Вскоре она могла наизусть читать произведения римских классиков. Это даже позволяло ей вести непринужденную беседу с послами Феррарского двора. Изабелла также была прекрасной певицей и превосходно играла на лютне, а танцам ее обучал известный в те времена в Ферраре еврейский балетмейстер Амброджо.
Дочь Эрколе д’Эсте росла умной не по годам и быстро развивалась. Уже в возрасте 6 лет она была помолвлена с Франческо Гонзага, наследником маркизата Мантуи, которому в то время было 14 лет. Пока об этом еще не было официально объявлено, Бона Савойская, жена герцога Миланского Галеаццо Мария Сфорца, предложила Изабеллу в жены брату своего мужа Людовико Сфорца. Но сделать это уже было невозможно, поэтому Людовико пообещали младшую Беатриче.
В 1484 году, когда Изабелле было 10 лет, ее бездетная тетка Беатриче Венгерская, сестра ее матери Элеоноры, предложила девочку в жены королю Богемии Ладислао II, который, по слухам, был любовником самой Беатриче. Франческо Гонзага она предложила женить на младшей сестре Изабеллы – Беатриче, а Людовико Сфорца – на ком-нибудь другом. Но ее замысел не нашел поддержки у родителей Изабеллы, к тому же девочка уже была по уши влюблена в своего жениха. Изабелла восхищалась красивой внешностью Франческо, его силой, доблестью и отвагой. Она много времени проводила в Мантуе, знакомилась со своим суженым и уже представляла себя маркизой Гонзага. Изабелла бережно хранила все подарки, которые ей дарил жених, стихи и сонеты.
Франческо был старшим сыном Фридриха I Гонзага, маркиза Мантуи, и Маргариты Виттельсбахской, сестры герцога Баварского. Он родился 10 августа 1466 года и стал маркизом Мантуи в возрасте всего 8 лет. Первое время регентом при нем был его дядя Франческо Секко д’Арагона, который обучал мальчика военному делу. Франческо Гонзага управлял маркизатом до самой своей смерти в 1519 году, и этот период считается одним из самых лучших и ярких в истории Мантуи. Он стал величайшим полководцем, участвовал во многих битвах, в том числе одержал победу в уже упомянутом сражении при Форново 6 июля 1495 года, когда была разбита армия французского короля Карла VIII.
Свадьбу Франческо Гонзага и Изабеллы д’Эсте сыграли только 12 февраля 1490 года. Ей тогда было 15 лет, ее жениху – 23. Приданое Изабеллы составило 25 тысяч дукатов, кроме того было много одежды, посуды, столового серебра и драгоценностей. Свадебная церемония и великолепный банкет состоялись в замке Феррары, а потом невеста отправилась в Мантую. Ее обоз составляли телеги с 14 расписными сундуками с приданым. Первая брачная ночь оказалась для Изабеллы достаточно мучительной из-за ее хрупкого телосложения. Во время брака Изабелла жила в Мантуе, но часто навещала родственников в Ферраре и переписывалась со своей золовкой Елизаветой Гонзага, сестрой ее мужа Франческо Гонзага и женой герцога Урбинского Гвидобальдо да Монтефельтро.