О раннем детстве Чезаре очень мало известно, он провел его с братьями и сестрой в доме своей матери Ваноццы Каттанеи. Для того чтобы его дети были в безопасности, Родриго Борджиа вызвал из Испании своего племянника Мигуэля Корельо, больше известного как дон Микелотто. Мигуэль вырос в Валенсии, он был простым человеком, ни добрым, ни жестоким. Микелотто считал своей жизненной целью кого-нибудь опекать. Рассказывают, что однажды, когда ему было 16 лет и он находился один с матерью дома – к ним ворвались бандиты и хотели украсть сундук со всем их добром. Но Мигуэль вцепился в сундук и не отпускал его, даже когда главарь разбойников полоснул его ножом по щеке. А потом на крики матери и сестры Мигуэля собрались все жители деревни, и бандиты убежали.
Они вернулись через несколько дней, но местные жители уже подготовились к нападению и разгромили банду. главаря схватил сам Мигуэль и повесил на суку большого дерева. С тех пор Микелотто прославился, и никто не смел даже пальцем тронуть ни его родственников, ни друзей. Мигуэль всегда был беспощаден с обидчиками и всегда жестоко расправлялся с ними. Рана у него на лице зажила, но остался шрам от уха до угла рта. Так что казалось, что Микелотто всегда ухмыляется.
Вот такой человек и был нужен Родриго Борджиа, чтобы быть спокойным за безопасность своих отпрысков. Дон Микелотто стал телохранителем его детей, и где бы они не появлялись – он всегда неизменно был за их спиной. Зимой дети Родриго Борджиа жили в Риме в доме Ваноццы Каттанеи, а летом они вместе с отцом и Мигуэлем уезжали в загородное поместье, полученное Родриго Борджиа в подарок от дяди Каликста III. Впоследствии дон Микелотто станет верным слугой и помощником Чезаре, и еще его наемным убийцей. Чезаре был довольно замкнутым и скрытным ребенком. Потом, в подростковом возрасте, он проявлял непостоянство в характере – то был спокойным и вел себя вполне нормально, то становился безумным и жестоким. Чезаре быстро вырос физически, его рост уже лет в 14 был около 180 сантиметров. Дон Микелотто обучал его владеть оружием: мечом, копьем, щитом, шпагой, огнестрельным оружием, и формировал его характер, который становился все более беспощадным. Мигуэль Корельо был хорошим учителем. Возможно, благодаря его постоянным тренировкам Чезаре и стал таким, каким он запомнился потомкам. Но свою роль сыграли и гены, одно без другого невозможно.
Современники описывают Чезаре Борджиа как довольно привлекательного молодого человека с каштановыми волосами и темными глазами. Правда, прижизненных портретов Чезаре до нас не дошло, хотя предполагают, что он изображен на портрете кисти художника Альтобелло Мелоне, находящемся в галерее Академии Каррары в Бергамо. Или на портрете в профиль кисти неизвестного художника, хранящемся во дворце Венеции в Риме. А также, возможно, на фреске «Диспут святой Екатерины Александрийской» работы Пинтуриккио в Ватикане. Возмужав, Чезаре Борджиа считался одним из самых красивых молодых мужчин Италии. Он был очень высокого роста, стройный и сильный, ловко обращался с любым видом оружия и очень любил охоту, особенно на медведей. Внешне он совершенно не был похож на духовное лицо, о его звании кардинала говорила только выбритая тонзура. Кардинальской мантии молодой человек предпочитал светскую одежду. Чезаре Борджиа был очень умным и одаренным юношей, хотя порой проявлял патологическую жестокость. В возрасте 14 лет он получил звание апостолического протонотария, а в возрасте 15 лет изучал теологию, каноническое право и ораторское искусство в университетах Перуджи и Пизы, одних из самых престижных в Италии. Его считали гордостью и красой рода Борджиа, его диссертация по юриспруденции была одной из самых лучших в университете.
Профессора отзывались о молодом Борджиа, как об очень воспитанном, замечательном, учтивым, скромном и изысканном юноше с веселым и безмятежным характером, по сравнению с его братом Хуаном. Они поражались его способностям к учебе и прочили юноше великое будущее. Вместе с тем Чезаре был крайне высокомерным и честолюбивым человеком – уже в возрасте 17 лет он подписывался в тоне монарха. Очевидно, уже тогда он видел себя главой огромного государства, которое сам и мечтал создать.
Когда Родриго Борджиа стал понтификом, Чезаре Борджиа не было в Риме – он находился в Пизе, где учился в университете, и приехал в Рим месяцем позже. Отец тут же пожаловал ему титул епископа Валенсии, с которого тот получал ежегодный доход в размере 16 тысяч дукатов. И это был не первый его духовный титул. До этого 17-летний Чезаре уже был назначен папой Сикстом IV епископом Хативы и канцлером Картахены, а от Иннокентия VIII он получил епископство Памплоны. Казалось, молодому человеку светило блестящее будущее в духовной карьере. Но проблема была в том, что такое будущее абсолютно не интересовало Чезаре Борджиа.