Всего лишь через год после своего избрания на престол Святого Петра Александр VI пожаловал своему сыну кардинальскую шапку, которую тот принял без особого восторга. Александр прекрасно знал, что у Чезаре не лежит душа к духовной карьере, он был прирожденным военным. Поэтому в компенсацию он назначил его еще и губернатором крепости в Орвието, что гарантировало безопасность Папской области по крайней мере с севера, и комендантом города Сполето, расположенного между Римом и Перуджей. В Орвието Чезаре Борджиа провел несколько месяцев, он там следил за перестройкой и укреплением оборонительных сооружений и заработал уважение жителей города.
Потом Чезаре направился в Сполето, откуда послал письмо Пьеро Медичи, сыну Лоренцо Великолепного, который после смерти отца стоял во главе Флорентийской республики. Он извинялся, что из-за спешки не успел посетить Пьеро во Флоренции и хлопотал за некого Ремолино, который хотел бы получить должность на кафедре канонического права в Пизанском университете. Его просьба была немедленно удовлетворена, что говорит о дружеском расположении Медичи к Борджиа. При этом Чезаре уже подписывается: избранник Валенсийский, как было принято у коронованных особ.
К 21 году Чезаре Борджиа стал одним из самых богатых священнослужителей мира после самого Папы Александра VI и кардинала д’Эстотвиля. Кроме всех уже имеющихся должностей и собственности он получил должность канцлера Святой церкви, потому что канцлер кардинал Риарио был очень болен и прикован к постели. А после смерти кардинала Риарио Чезаре получил в подарок от Папы Александра VI дворец покойного вместе со всей богатой обстановкой.
В Европе в конце XV века, как мы уже знаем, была сложная обстановка из-за притязаний французского короля Карла VII на трон Неаполя, и Северной лиги, которую возглавлял герцог Милана Людовико Сфорца и которая была направлена против Неаполя. Папа Александр VI открыто не оказывал поддержку ни той, ни другой стороне – ни лиге, ни Неаполю.
Король претендовал, чтобы Чезаре оставался с ним на четыре месяца в качестве заложника, а принц Джем – на шесть месяцев. Кроме того, монарх потребовал кардинальский сан для своего министра Гийома Брисоннета, на что Папа согласился с большой неохотой. Из-за спешки мантию и шапку пришлось даже позаимствовать у Чезаре Борджиа за неимением лишней. Три дня спустя Карл VIII отправился дальше на Неаполь со своей армией и заложниками, но, как мы уже знаем, по дороге Чезаре Борджиа сбежал в Сполето, а принц Джем внезапно умер.
После поражения при Форново французская армия была вытеснена с Апеннинского полуострова. Ее ряды значительно поредели не только из-за большого количества погибших, но и из-за новой болезни, которую, возможно, завезли из Америки – сифилиса. Итальянцы считали, что именно французы ее распространили, и назвали французской болезнью. А французы считали виновными неаполитанцев и назвали сифилис неаполитанской болезнью. Этой болезни не избежали ни Чезаре Борджиа, ни Франческо Гонзага, ни дон Микелотто. Говорят, и Лоренцо Медичи, внук Лоренцо Великолепного и отец Екатерины Медичи, тоже был заражен французской болезнью и от нее и умер в возрасте 27 лет через два месяца после рождения дочери.
Как бы то ни было, но проблема войны с Францией была решена, и Александр VI озаботился тем, чтобы увеличить свою власть в Европе. С этой целью он отправил Чезаре послом в Неаполь, а младшего сына Хуана послал в Гандию. Но в 1496 году Папа вызвал Хуана в Рим, где его встретил пышный кортеж во главе с его братом Чезаре, который вернулся из Неаполя. В Риме Александр VI назначил Хуана главнокомандующим папскими войсками. Это просто взбесило Чезаре, который и так-то не выносил Хуана, считая любимчиком отца. А тут он его просто возненавидел, потому что он сам хотел командовать войсками и участвовать в сражениях.
Мучения Чезаре закончились 14 июня 1497 года, после убийства Хуана. Закончились в том смысле, что он, наконец, избавился от духовного сана и с удовольствием стянул с себя ненавистную пурпурную кардинальскую мантию. Чезаре считал, что раз он носит имя одного из самых прославленных полководцев античного Рима, то это говорит о его предназначении для блестящей военной и политической карьеры. Поначалу Чезаре из-за слухов, которые крутились вокруг него, и неофициальных обвинений в убийстве брата предусмотрительно покинул Рим на время похорон и траура. Он был в Неаполе, куда поехал короновать нового короля Федерико I, который был дядей предыдущего монарха Фердинанда II, скончавшегося еще 5 октября 1496 года и не оставившего потомства.