Таким образом совершилось воцарение Ирины. Страна признала молчаливо ее власть. В Москве и других городах на ектениях воссылали моления за царицу Ирину. Ее именем шли повеления и распоряжения из столицы; на имя царицы Ирины (а затем по ее пострижении на имя инокини царицы Александры) поступали донесения с мест. Словом, Ирина царствовала, и если бы она осталась на престоле и нашла возможным и пристойным выйти замуж, ее муж разделил бы с нею власть и, быть может, положил начало новой династии. Однако Ирина о замужестве не помышляла. Скорбя о том, что ею единою «царский корень конец прият», она немедля после царского погребения решилась оставить мир и уйти в монастырь. Кроме этой, так сказать, гласной причины можно уловить намек и на другую причину — болезненность Ирины, рано сведшая ее в могилу (1603 г.): царица едва ли не страдала чахоткой и горловым кровоизлиянием. Уход царицы в монастырь и отречение ее от власти, временно переданной в руки патриарха, оставили Москву «безгосударной» и создали в ней междуцарствие. Попытки упросить инокиню Александру остаться «на государстве и содержании скифетра великих государств Росийского царствия» успеха не имели, хотя патриарх и просил ее только зваться государыней, а «правити велеть» брату Борису. Не имели успеха и прямые просьбы к Ирине, чтобы она «в свое место благословила» стать государем Бориса: ни царица, ни Борис не согласились на такое простое воцарение Бориса по «благословению» царицы.
По официальному изложению, такого рода просьбы шли от патриарха, духовенства, боярства и всего народа. По частным же сведениям, после отречения Ирины в среде боярства возникла будто бы мысль до государева избрания создать временное правительство из Боярской думы, не призывая к власти бывшего правителя Бориса. Но когда дьяк Василий Щелкалов обратился с этим к народу, толпившемуся в Кремле, народ будто бы отказался присягнуть луме и твердил, что он уже присягнул царице; раздавались при этом голоса, желавшие немедленного воцарения Бориса. Так как Борис не соглашался взять престол без формального избрания, то дело отложили до «сорочин» по царю Федору (до сорокового дня по кончине), и патриарх остался во главе правительственной среды.
Сорочины приходились на 15 февраля 1598 года. Официальный акт об избрании Бориса («Утвержденная грамота») сообщает, что именно патриарх руководил всем ходом царского избрания. Он указал ждать, «дондеже исполнится четыредесятница блаженные памяти» усопшего царя; он в ожидании сорочин «послал» по иерархов и «весь освященный собор», по служилых «государских детей розных великих государств», по бояр и прочих людей, «еже на велицех соборех бывают»; он в то же время заповедал или «приказал» тем людям, «которые на Москве», чтобы они «помыслили себе все обще, кому у них государем быти». Таким образом патриарх подготовил созвание Земского собора для избрания царя к самому дню сорочин и тотчас же после этого дня открыл собор, «велел у себя быти на соборе» всем «вкупе сошедшимся в царствующий град Москву». Такая первенствующая роль патриарха смущала некоторых историков. «По какому праву патриарх присвоил себе власть созывать Земский собор, мы не знаем, — писал И. Д. Беляев, — права этого ему никто не давал». Но документы тех недель, когда патриарх Иов был во главе временного правительства, говорят определенно, что власть ему передана была Ириною: «по царицыну указу» бояре должны были «сказывать» дела патриарху, а патриарх — делать по ним распоряжения. Попытка бояр перевести полномочия на себя и взять присягу думе, как было сказано, не удалась, и потому «начальный человек» Иов патриарх совершенно правильно почитал себя главою и распорядителем.
Состав Земского собора, которому «приказано» было быть у патриарха 17 февраля, также вызывал недоумение со стороны исследователей. Собор считали подтасованным, по составу его, в пользу Бориса Годунова. «Собор 1598 года, — говорит И. Д. Беляев, — носил только форму земского собора, на самом же деле был прикрытием происков известной партии, составившейся в пользу Годунова». Вместо правильного представительного собрания устроили его подобие, разыграли «комедию». Такой взгляд на дело господствовал в ученой литературе до замечательного труда В. О. Ключевского «Состав представительства на земских соборах Древней Руси». Вместо общей голословной оценки состава избирателей 1598 года Ключевский дал детальное обследование списка членов Земского собора. В «утверженной грамоте» Бориса такой список повторен дважды. Сначала в тексте грамоты систематически, начиная с духовенства, поименованы все, кто «на соборе были с первопрестольнейшим пресвятейшим Иовом патриархом», а затем, после текста, «назади» приведены подписи участников собора, скрепивших своим рукоприкладством акт избрания Бориса. В тексте 457 имен, «назади» 472 подписи.