Не только дворцовые и «мирские» дела, но даже и церковные не миновали ее участия и совета. Даже знаменитое решение московского правительства посадить грека патриарха Иеремию «в начальном месте в Володимире», а не в Москве состоялось с участием царицы: царь Федор, «помысля с своею благоверною и христолюбивою царицею и великою княгинею Ириною, говорил с бояры» об этом важнейшем деле. Такою практикою постепенно подготовлялось то, что последовало при кончине царя Федора, — передача царства царице Ирине. Если бы царевич Димитрий оставался в живых, его право на наследование престола было бы оспорено Ириною, и законная супруга, советница и соправительница государя, разумеется, имела бы более шансов встать у власти, чем припадочный царевич, прижитый не в законном браке. Московское воззрение на внезаконных детей, выраженное в Уложении 1649 года (X, 280), было презрительно и сурово, и царевич, надо думать, нашел бы у своих противников соответствующую квалификацию. Отметим и еще одну любопытную частность в поведении Бориса. Пока вопрос о царском чадородии не стал безнадежным, Борис ничем не обнаруживал своих династических поползновений. Когда же умерла царевна Феодосия и физический упадок царя отсекал надежду на чадородие не царицы, а уже «изнемогавшего» родителя, тогда Борис стал официально ставить рядом с собою, правителем царства, своего сына Федора. В церемониях при дворе Бориса и в письменных сношениях правителя Федор Борисович является действующим лицом: принимает послов, шлет подарки от себя владетельным особам, «пишется» в грамотах рядом с отцом. Такое привлечение сына в сферу политических сношений и действий свидетельствует о тонкой предусмотрительности Бориса: в своем сыне он постепенно готовил преемника его положения и власти. Но это выступление Федора Борисовича относится ко времени не ранее 1594–1595 годов, ибо ранее оно было бы бесцельно и неосторожно.
Обстоятельства в Москве складывались так, что до этого времени не только сыну Бориса, но и самому царевичу Димитрию нельзя было бы надеяться на верное получение престолонаследства. На дороге стояли женщины — жена и дочь царя. По смерти дочери оставалась жена, и только в чаянии, что она не будет помехою и противницею своему племени — брату и племяннику, брат ее Борис начал «являть» своего сына и царицына племянника Московскому царству и дружественным правительствам.
Соображая все эти обстоятельства, можно понять, что они были на деле гораздо сложнее, чем представлялись площадным и келейным клеветникам, взводившим на Бориса одно обвинение за другим. В толпе легко было распространять всякий мало-мальски вероподобный слух, ибо толпа во все времена, по старому слову, «слуховерствовательна» и «небыстрораспрозрительна» на правду и ложь. Историческое же исследование в том и полагает свою цель, чтобы освободиться от всякой тенденции и пристрастия, каким бы подобием истины они ни были прикрыты. С этой точки зрения историк не имеет ни малейшего права предъявлять памяти Бориса обвинение, лишенное объективных доказательств и исторического смысла.
IV
В начале 1598 года московская династия пресеклась. Января 7-го, под утро, «угасе свеща страны Руския, померче свет православия»: царь Федор «приемлет нашествие облака смертного, оставляет царство временное и отходит в жизнь вечную». В таких словах изложил хронограф свою грусть по благоюродивом царе. Патриаршая повесть о житии царя Федора, описав риторически последние часы бездетного монарха, официально сообщает, что царь скончался, «по себе вручив скифетр благозаконной супруге своей благоверной царице и великой княгине Ирине Федоровне всея Русии». «Изрядный же правитель прежереченный Борис Федорович вскоре повеле своему царскому синклиту животворящий крест целовати и обет свой благочестивой царице предавати, елико довлеет пречестному их царскому величеству». Присяга бояр Ирине была принесена в присутствии патриарха Иова с его советом: «Бе же у крестного целования сам святейший патриарх и весь освященный собор».