Борис имел возможность физически уничтожить своего врага, но он понимал, что кровавая расправа не принесет ему популярности. В конце концов Годунов удовольствовался церемонией казни. Осужденного возвели на Лобное место и передали в руки палача, который сорвал с жертвы одежду и занес топор над головой. Казнь была отменена в самый последний момент. Головину объявили помилование и сослали в Казанский край. Стеречь опального поручили Ивану Воейкову, бывшему опричнику и любимцу Бориса. (Когда в тюрьме казначей умер, распространились слухи, будто его тайно умертвили по приказу правителя.)
Второго казначея, Владимира Головина, изгнали со службы, лишили чинов и имущества и отправили в ссылку. Брат Петра, Михаил Головин, бежал в Польшу. Годунов добился того, что главою Казенного приказа стал бывший опричник Деменша Черемисинов.
Суд над Головиными ослабил боярскую партию, чем немедленно воспользовались сторонники партии Романова. Раздор между Никитой Романовым и Мстиславским привлек общее внимание. Став преемником заболевшего Романова, Годунов повел борьбу с Мстиславским с удвоенной энергией. Столкновение завершилось отставкой самого знатного из членов регентского совета.
В былые времена Грозный неоднократно принуждал главу земщины Мстиславского к публичным покаяниям. Мстиславский признал себя виновным в том, что татары сожгли дотла русскую столицу, а царские полки потерпели поражение в войне с Баторием. При Федоре на голову Мстиславского посыпались новые обвинения. В Москве был пущен слух, будто регент хотел заманить Годунова к себе в дом и убить во время пира. Борис получил удобный повод затеять грандиозный процесс. Но он постарался избежать ненужного шума и убедил престарелого регента добровольно уйти на покой.
Нам удалось найти монастырскую запись — красноречивое свидетельство пострижения старшего опекуна. «Июля в 23 день (1585 г. —
Из Соловков боярин уехал на Белоозеро, в Кириллов монастырь, и там постригся под именем старца Ионы. Как видно, регента доставили к месту заточения совсем не так, как доставляли других опальных «изменников». Ему позволили по дороге совершить паломничество в Соловецкий монастырь. Согласие Мстиславского на добровольное изгнание избавило от опалы членов его семьи. Сын регента унаследовал от отца удельное княжество и пост главы Боярской думы.
Отставке Мстиславского предшествовала сложная закулисная борьба, в которой едва ли не решающую роль сыграл главный дьяк думы Андрей Щелкалов. Писатель Смутного времени Иван Тимофеев называл Щелкалова наставником Бориса, научившим его одолевать благородных. Тимофеев служил под началом Щелкалова и знал больше других. Глава приказной бюрократии в самом деле помог Годунову выдержать столкновение с Мстиславским.
Современники характеризовали Щелкалова как человека исключительно умного и пронырливого. Дьяк обладал удивительной работоспособностью. Не зная покоя ни днем, ни ночью, он работал как мул. Щелкаловы были выходцами из посадской среды. Дед Андрея торговал скотом. Его называли конским барышником. Отец Щелкалова начал карьеру как поп, а закончил ее в должности дьяка. После 20-летней службы в приказах Андрей Щелкалов стал одним из ведущих деятелей земщины. Борис искал его дружбы и в порыве благодарности даже называл безродного дьяка отцом. Большего унижения себе он не мог придумать. У Годунова были причины заискивать перед руководителем земщины.
В начале 1585 г. переводчик Посольского приказа Яков Заборовский, будучи в Польше, передал полякам исключительно важную информацию о положении в Москве. По его словам, русские окончательно «договорились между собой, и из них только двое держат в своих руках управление всей страной и царством Московским: одного из них зовут Борисом Федоровичем Годуновым… а другой — временный правитель или нечто вроде этого — Андрей Щелкалов»; он (переводчик) думает, что «положение Щелкалова более прочное, чем у зятя князя».
Земщина не простила Годунову его опричного прошлого. Чем выше он возносился, тем острее чувствовал непрочность своего положения. Многие считали Бориса не более чем временщиком. Между тем Федор обладал слабым здоровьем, и ему предрекали короткую жизнь. Он смертельно заболел и едва не умер в первый же год царствования. Борис прекрасно понимал, что кончина Федора привела бы к быстрому крушению его карьеры, и лихорадочно искал выхода.
В начале 1585 г. Годунов направил нескольких доверенных лиц в Вену. Переговоры с венским двором были окружены строжайшей тайной. Но поляки вскоре же проведали о них. Переводчик Заборовский, непосредственно участвовавший в переговорах, снабдил их точной информацией. Его разоблачения носили сенсационный характер.