Переговоры с австрийцами дали внешней политике Русского государства новую ориентацию. В Западной Европе назревало решительное столкновение между протестантской Англией и католическими Габсбургами. Накануне испанского вторжения Лондон, искавший сближения с Москвой, направил в Россию посла Джильса Флетчера. Годунов придавал большое значение торговле с Англией и в 1587 г. подтвердил права англичан на беспошлинную торговлю в России, чем вызвал негодование московского купечества. Однако уже в 1588 г. он пересмотрел свою проанглийскую политику. Миссия Флетчера 1588–1589 гг. завершилась полным провалом. Московское правительство отклонило домогательства Англии.
Деятельность Годунова оказала заметное влияние на внешнеполитический курс страны. Боярская дума признала этот факт и в 1589 г. вынесла постановление, санкционировавшее личные сношения Бориса с австрийскими и испанскими Габсбургами, Англией и другими государствами Западной Европы. Борис недолго упивался своими дипломатическими успехами. В Москве с запозданием узнали о том, что Австрия уже в марте 1589 г. подписала мирный договор с Речью Посполитой и взяла на себя обязательство не предоставлять никакой помощи России. Планы создания австро-русской коалиции оказались несостоятельными. Политика «личной дипломатии» потерпела неудачу. Россия лишилась потенциального союзника в лице Англии и не смогла преодолеть состояние международной изоляции.
Летом 1589 г. над страной нависла угроза вражеского нашествия. Шведский король Юхан III сосредоточил в Ревеле почти всю свою сухопутную армию, насчитывавшую до 10 тыс. солдат, и флот из 40 кораблей. Туда же прибыл польский король Сигизмунд III. Союзники намеревались продемонстрировать русским свое военное превосходство и вынудить их к территориальным уступкам. Предполагалось вызвать царя Федора на границу и во время свидания вырвать у него согласие на передачу Швеции и Речи Посполитой главных пограничных крепостей — Смоленска, Новгорода, Пскова — и других русских земель. Фактически Юхан III и его сын готовились расчленить Русское государство.
Россия не располагала достаточными ресурсами, чтобы выдержать войну с вражеской коалицией. Финансы ее были подорваны, численность дворянского ополчения резко сократилась. В начале Ливонской войны командование могло отправить в поход более 18 тыс. дворян, в конце войны — не более 10 тыс. Значительная часть земель, принадлежавших помещикам, оказалась заброшенной. Старопахотные земли зарастали лесом. Прошло пять лет со времени заключения мира, но лишь небольшая часть опустевшей пашни была возрождена к жизни. Губительные последствия аграрной катастрофы испытали на себе и крестьяне, и самые мелкие феодальные землевладельцы. Сократился фонд поместных земель. Процесс экономической стабилизации был приостановлен стихийными бедствиями, обрушившимися на страну в 1587–1588 гг. Неблагоприятные климатические условия погубили урожай. Цены на хлеб многократно повышались в Москве и Новгороде, Владимире и Холмогорах. Крестьяне искали спасения на плодородном Юге. Правительственные чиновники доносили о многочисленных случаях дворянского «оскудения». Разорившиеся служилые люди и члены их семей бросали пустые поместья, шли в кабалу к боярам, изредка садились на крестьянскую пашню, чаще питались подаянием. Недовольство низшего дворянства стало источником политического кризиса.
В связи с голодом 1588 г. осложнилось положение в столице. Толпы нищих и бродяг заполнили городские улицы. Народ винил в своих бедах Бориса Годунова, по-прежнему олицетворявшего неправедную власть. Его бранили и втихомолку и открыто. Английский посол Флетчер видел в 1588–1589 гг., как московская толпа жадно внимала пророчествам юродивого, поносившего Бориса. «В настоящее время, — писал Флетчер в своих записках, — есть один в Москве, который ходит голый по улицам и восстановляет всех против правительства, особенно же Годуновых, которых почитают притеснителями всего государства»[30]. К 1589 г. голод в стране кончился, но положение в Москве оставалось тревожным. С наступлением весны правительство, опасаясь уличных беспорядков, отдало приказ о размещении в городе усиленных военных нарядов[31].
В 1588–1589 гг. Москву будоражили слухи, крайне неблагоприятные для Бориса Годунова. Эти слухи были подхвачены и раздуты за рубежом.
В конце 1588 г. ватиканский посол в Кракове направил в Рим две сенсационные депеши. Первая гласила, что «москаль» в ссоре велел наказать шурина палками, но Борис выхватил нож и нанес царю две раны, от чего тот опасно занемог. Вторая депеша содержала вовсе недостоверный слух, будто Федор убит своими придворными (Годуновыми?).