Затопление неких «ценных сельхозугодий» также было придумано на ходу, ибо предусмотренные проектом гидроузла 68 тысяч гектаров были выведены из оборота еще в 1975–1980 годах. Тогда же провели компенсационные мероприятия, в том числе повышение продуктивности незатопляемых сельскохозяйственных угодий путем проведения мелиоративных работ и освоения новых земель. Одновременно с этим в 80-х годах была проведена и очистка территории от лесов. Столь же нелепыми выглядели и панические опасения, что поднятие уровня водохранилища якобы приведет к заболачиванию и, следовательно, ухудшению качества воды. Дескать, в районе Стрелки будут квакать лягушки, а вся рыба передохнет. Кое-кто и вовсе заявлял, что в водохранилище начнут расти ядовитые водоросли! Так или иначе, Немцов благодаря своему влиянию на Ельцина смог добиться замораживания проекта на неопределенный срок. В 1995 году при Черномырдине энергетики снова инициировали вопрос о поднятии уровня водохранилища. Правда, на сей раз речь шла о «компромиссной» 65-й отметке. Была даже создана комиссия государственной экологической экспертизы, которая должна была изучить состояние дамб, защитных сооружений и мнение жителей. Осмотрев плотину и ГЭС, ее члены на вертолете облетели все водохранилище, а потом провели ряд совещаний на местах. Председатель комиссии академик И. П. Айдаров тогда заявил, что все заинтересованные стороны предоставили массу бумаг и документов, но все при этом что-то скрывали и недоговаривали. Впрочем, итоговый результат получился тот же. Если, будучи в Чебоксарах, ученые были уверены в необходимости подъема уровня воды на отметку 65 метров, то посещение Республики Марий Эл и Нижегородской области породило у них сомнения. «Почти все гидротехнические сооружения не достроены и не выполняют свои защитные функции, кроме того, рассчитанные на всю ту же отметку 68, они „не работают“ при отметке 63 метра», – отметил тогда гидротехник Н. П. Куранов. В итоге вопрос снова отложили до лучших времен.
Нижегородская область осталась единственным регионом на Волге, в котором каждую весну происходят большие паводки. При этом в ходе весеннего половодья уровень воды в районе Нижнего Новгорода иногда достигает отметки 72 метра и более! Подобный уровень воды фиксировался как раз при Немцове – в 1994 году. Но никакого подтопления города почему-то не случилось. А крупнейшая в Европе Чебоксарская ГЭС по сей день работает всего на 60% от своей проектной мощности, при этом ежегодная недовыработка энергии составляет, без малого, 1,43 миллиарда кВт/ч. Кроме того, длительная работа гидроагрегатов на непроектном напоре воды стала приводить к их ускоренному износу и частому ремонту. Еще больший ущерб от замораживания проекта был нанесен судоходству. Вследствие работы водохранилища на пониженной отметке с годами начало происходить так называемое выклинивание подпора в верхнем бьефе. То есть русло стало вымываться и деградировать, а глубина постепенно падать. Уже в начале 2010-х годов на участке от Городца до Нижнего Новгорода необходимая гарантированная глубина 4 метра стала обеспечиваться только при усиленном сбросе воды на Нижегородской ГЭС. Кроме того, воды стало не хватать и для нормальной работы шлюзов Чебоксарской ГЭС. В результате этот участок речные суда стали проходить с недогрузом в 20% в течение двух суток, а пассажирские корабли пропускаться только в течение трех часов в сутки. Следующие транзитом крупнотоннажные суда оказались вынуждены и вовсе снимать часть грузов на суда с меньшей осадкой, проходить мелководный участок, по две недели стоять в очереди на шлюзование, а потом вновь загружаться. Понятно, что и эта ситуация привела к многомиллионным убыткам. Страдают и речники в других регионах. Ибо из-за недолива Чебоксарского водохранилища гарантированные глубины не выдерживаются и в нижней части транспортного коридора «Север-Юг» на участке от Волгограда до Стрелецкого. В верхней части же части Волги также наблюдается тенденция снижения гарантированных габаритов пути из-за чрезмерных сбросов воды с Нижегородской ГЭС.