Те же, кто был принят в рыцари Ордена Святого Иоанна без необходимого предъявления доказательств своего дворянского происхождения - в виде исключения, за свои выдающиеся заслуги, или же кандидаты, происходившие от отцов—дворян и матерей—горожанок, получали звание — “рыцаря (по) милости” (chevalier de grace).
Черное, по бенедиктинскому образцу, госпитальерское облачение, как мы помним, было установлено еще первым главой Ордена - "ректором" Гераром де Дорном. Но уже при Папе Александре IV были введены новые правила, регламентировавшие одеяние членов ордена Святого Иоанна. Все братья-рыцари, в отличие от прочих членов Ордена, как уже упоминалось выше, носили красное военное полукафтанье (cote d`armes) с прямым белым полотняным крестом и черный орденский плащ, с белым крестом на левом плече. Крест на плаще, как говорилось выше, первоначально также был прямым, и лишь со временем стал «лапчатым» (с расширяющимися к концам лучами) и, наконец, восьмиконечным. Услужающие братья носили в мирное время черную рясу, а во время войны — черный плащ.
По мере развития Ордена, рыцари-иоанниты, кроме белого восьмиконечного креста на плаще, стали носить серебряный крест той же формы, сначала на четках, а затем и на груди. Однако ношение серебряных восьмиконечных крестов было официально установлено орденским капитулом в качестве обязательного только в 1631 г.
Позже серебряные кресты стали заменяться крестами, покрытыми белой эмалью. С появлением звания «рыцаря чести» («почетного рыцаря») для мирян, не приносивших монашеских обетов нестяжания, безбрачия и послушания, были введены кресты с украшениями по углам, представлявшими собой геральдические эмблемы государей, подданными которых эти «почетные рыцари» являлись (в отличие от «полноправных» рыцарей-монахов, чьим единственным сюзереном являлся Великий Магистр, подчиненный, в свою очередь, только римскому Папе) - преимущественно золотыми лилиями (поскольку впервые это вошло в обычай во французском «языке»). Впрочем, кресты для подданных «Священной Римской Империи» украшались по углам золотыми двуглавыми орлами Габсбургов, а для членов перешедшего в лютеранство Бранденбургского бальяжа (а позднее – Прусского Королевского Ордена иоаннитов), как подданных прусского короля – одноглавыми прусскими орлами, золотыми или черными, в зависимости от степени. Кресты для членов Ордена, восстановленного со временем в Великобритании, под названием «Достопочтеннейшего Ордена Госпиталя Святого Иоанна» (с британским монархом во главе), стали украшать изображениями фигур-щитодержателей британского герба – льва и единорога.
Для высших сановников Ордена Святого Иоанна (каковыми могли стать только рыцари-монахи) были установлены большие золотые восьмиконечные кресты, покрытые белой эмалью и не имевшие никаких украшений по углам, носившиеся на шее на черной ленте (цвета орденского плаща) или на золотой цепи. Услужающие братья, в знак своей принадлежности к Ордену, носили так называемый “донатский знак” — полукрест, у которого недоставало двух верхних углов.
Глава Ордена — Великий Магистр (Гроссмейстер), был ограничен в своих действиях капитулом, который он был обязан созывать во всех важных случаях жизни братства. Ниже Великого Магистра на орденской иерархической лестнице стояли «конвентуальные бальи» (в древности «бальи» назывались еще «пилье» — т.е. букв. « столпы»), возглавлявшие «ланги» (языки) Ордена. Еще ступенью ниже шли Великие Приоры (они же «капитулярные бальи»). Все они являлись рыцарями (кавалерами) Большого Креста. За ними следовали бальи, командоры и, наконец, простые рыцари. Орден предоставлял свои земельные владения Великим Приорам, бальи и командорам во временное владение («кормление»), при условии уплаты в орденскую казну определенной доли дохода с них, т.н. “респонсии”.
Именно респонсии в течение многих веков служили главным источником дохода Ордена для финансирования его военной и госпитальерской деятельности. К концу Средневековья некогда жестко централизованный единый Орден госпитальеров, в силу постоянного усиления национально-государственного принципа и ослабления универсалистских тенденций папства и католической церкви в целом,, превратился в своего рода федерацию «национальных рыцарских ассоциаций» членов Ордена, большинство из которых проживало в своих странах, а не в резиденции Великого Магистра.
Великий Магистр имел право каждые пять лет назначать одного из рыцарей Ордена командором. Кроме того, существовал ряд командорств, доходами от которых пользовались капелланы и оруженосцы.