Наднациональный характер Ордена проявился и в разделении исполнительной власти в рамках правительстве Ордена, состоявшего из Великого Магистра и Малого Совета. Каждый из высокопоставленных членов Малого Совета избирался из числа «рыцарей (по) справедливости» одного из «языков» Ордена и становился одновременно главой соответствующего «языка» в конвенте и главой одного из орденских ведомств, постоянное руководство которым постановлением Генерального Капитула 1445 г. было закреплено за тем или иным «языком».
Из вышеперечисленных восьми «языков» Ордена Святого Иоанна, «язык» Прованса был представлен Великим Командором, управлявшим финансами Ордена и являвшимся членом комиссии казначейства. «Язык» Оверни — Маршалом, возглавлявшим сухопутные вооруженные силы и являвшимся председателем третейского суда, разрешавшим разногласия между рыцарями. «Язык» Франции — Госпитальером, отвечавшим за госпитали, больницы, врачей, младший медицинский персонал, аптеки и медикаментов. «Язык» Италии — Адмиралом, осуществлявшим командование орденским военным флотом, офицерами и рядовым составом экипажей, а также наемниками, служащими на кораблях. Снабжение вооруженных сил находилось в совместной компетенции Адмирала и Великого Командора. «Язык» Арагона был представлен Великим Консерватором, контролировавшим правильность ежегодных выплат рыцарям на их личные потребности. «Язык» Англии — Туркопольером, возглавлявшим караульные войска и вспомогательные силы Ордена ("туркопулов" - так в эпоху Крестовых походов именовались наемники крестоносных монархов, происходившие от браков между греками и турками). «Язык» Германии — Великим Бальи, ответственным за сохранность оборонительных сооружений, обеспечение боеприпасами и продовольствием. «Язык» Кастилии и Португалии — Великим Канцлером, который готовил все декреты и решения правительства Ордена и вместе с Великим Магистром подписывал их. Он также заведовал государственным архивом.
Подобное конституционно закрепленное распределение высших орденских постов между различными «языками» позволяло достичь умелой и действенной концентрации сил при одновременном учете национальных особенностей членов Ордена, что не в последнюю очередь способствовало его усилению.
Процветающее, независимое от светских князей, признанное уже в 1309 г. папой Климентом V, орденское государство подтвердило свои права в 1448 г., когда папа Николай V, оставаясь верховным сюзереном Ордена Святого Иоанна, признал полную юрисдикцию Ордена над подвластной ему территорией, независимость Ордена от папы в вопросах управления, финансовых вопросах, право Ордена на обмен посольствами с другими государствами, международно-правовую свободу Ордена в сфере договоров и действий, право чеканить собственную монету и собирать налоги.
Папа также признал Великого Магистра независимым суверенным князем с правом коронации. Эти права Ордена были еще раз подтверждены римскими папами Пием II (1458 — 1464 гг.) и Иннокентием VIII (1484 — 1492 гг.).
Владычество над Родосом вновь продемонстрировало двойственную природу Ордена: как религиозной организации и одновременно - как светского субъекта международного права, что и определило то особое положение, которое Орден сохранил до сегодняшнего дня. Подчиненный в духовных вопросах Святому Престолу, Орден был, тем не менее, совершенно независим в решении политических и светских вопросов как от Святого Престола, так и от западноевропейских христианских сеньоров.
В 1386 г. рыцари Родоса приняли участие в неудачном крестовом походе венгерского короля Сигизмунда против турок-османов, завершившемся сокрушительным разгромом крестоносцев под Никополем. От гибели удалось спастись лишь Великому Магистру с горстью родосских рыцарей.
Турки-османы не раз осаждали остров Родос, но рыцари всегда выходили победителями из этих сражений. В течение 213 лет рыцари Родоса были его полновластными хозяевами и суверенами. В 1522 г. они были атакованы султаном Сулейманом II “Великолепным”, возглавлявшим невероятно многочисленную (по тому времени) армию в 140 000 человек, и флот, насчитывавший более 400 боевых кораблей. Под предводительством Великого Магистра Филиппа Вилье де Лиль Адана гарнизон из 5 100 иоаннитов в течение шести месяцев геройски сражался с полчищами мусульман, «врачуя раны врагов, как свои собственные». В конце концов, султан разрешил госпитальерам с почетом покинуть Родос, вместо того, чтобы обратить их в рабство - настолько турецкий падишах был восхищен доблестью рыцарей Святого Иоанна.
Даже оставшись без собственной территории, Орден не потерял вышеупомянутого правового статуса. Рыцари Святого Иоанна на некоторое, но очень короткое время, оседали на острове Крит, в Мессине (Сицилия), в Чивита-Веккья, в Ницце, а иногда по целым месяцам проводили на море, на борту своих кораблей, поскольку никак и нигде не могли найти удобного пристанища и дружеского гостеприимства.