Для обеспечения постоянного существования Ордена Святого Иоанна в России Император Павел I учредил своим Указом Родовые Командорства, в соответствии со статьей XXIII Конвенции 1797 г., для членов из самых аристократических семейств России. Он также пожаловал Ордену один из самых прекрасных дворцов в Санкт-Петербурге, принадлежавший князю Воронцову и получивший название "Мальтийского Дворца", внутри которого были построены римско-католическая базилика для католического Великого Приорства Российского (в которое, впрочем, входили не только католики!) и православная домовая церковь для Великого Приорства Греко-Российского, в которое входили православные рыцари. Он также щедро одарил оба Российских Приорства.
Говоря о внешнеполитическом аспекте “мальтийского проекта”, заметим, что для Императора Павла в 1798-1799 гг. речь шла о создании международной легитимистской Лиги, христианской, но внеконфессиональной, которая должна была противостоять революционному движению во Франции. Иными словами, Павел I хотел создать международную общехристианскую анти-масонскую организацию. Естественно, что масонским деятелям Европы это пришлось не по нутру. Павлу I был вынесен смертный приговор, который и был вскоре исполнен лицами, состоящими в одной из санкт-петербургских франкмасонских лож английского обряда. В заговоре, вероятно, был замешан и его сын, будущий Император Александр I. Не это ли раскаяние в двойном смертном грехе - цареубийства и отцеубийства - стало причиной его таинственной "смерти" - добровольного ухода Александра I с престола. Загадка так называемой "Таганрогской мистификации" и появления таинственного старца Федора Кузьмича до сих пор остается одной из неразгаданных тайн российкой истории.
Тем временем события вокруг нового Гросмейстера развивались следующим образом. 16 марта 1798 г., папский нунций во Флоренции по указанию папы направил Лоренцо Литте в Петербург послание, гласившее: «В довершение к тому, что Великий Магистр Гомпеш незаконно был низвергнут из сана, новым Великим Магистром Ордена был провозглашен российский Император... Апостолические постановления оставляют за Святым Престолом исключительное право судить о личности Великого Магистра, равно как и определять статус Ордена, в котором устанавливаются точные и неизменные правила, касающиеся избрания предстоятелей Ордена, изменить которые может только Папа».
Манифестом от 29 ноября 1798 г. «О установлении в пользу Российского дворянства Ордена Святого Иоанна Иерусалимского», Павел I учредил 98 родовых (фамильных или семейных) Командорств (“Jus patronatus”) на территории России. А Манифест от 28 декабря 1798 г. устанавливал правила приема и старшинства принятых в Мальтийский Орден российских дворян. В этом манифесте, в частности, констатировалось:
«Орден Святого Иоанна Иерусалимского в империи Нашей составлен быть имеет из Великого Приорства Российско-Католического, основанного учреждением 1 января 1797 года, и из Великого Приорства Российского, основанного учреждением 12 ноября 1797 года».
Для вступления в Великое Приорство Российское, православному необходимо было представить доказательства, что данная семья принадлежит к наследственной аристократии «по крайней мере сто пятьдесят лет». Законные же наследники основателя Родового Командорства не обязаны были представлять в это Приорство доказательства своей принадлежности к аристократии с тем, чтобы их включили в число наследников.
Довольно сложная ситуация, сложившаяся с Папой Пием VI, наложила свой отпечаток на его действия в отношении событий, происходивших в Ордене.
20 января 1799 г. Пий VI направил нунцию Литте особую памятную записку (Меморандум), секретную по своему содержанию. Касаясь решения рыцарей о низложении Гомпеша, Папа отмечал: