Первыми боевыми выступлениями «народного элемента» против португальских завоевателей явились многочисленные и кровопролитные восстания индейцев и негров-рабов. В 1555 г. в защиту своей свободы выступили индейцы племени томайос, в 1557 г. — индейцы племен касте, в 1561 г. — индейцы тупи. В ходе войны индейцы создали своеобразный союз племен и одержали ряд побед над португальскими войсками. Это вынудило колонизаторов начать официальные мирные переговоры с индейскими вождями. По приказу короля в конце XVI в. охота на индейцев и их порабощение были формально запрещены. Однако в колонии мало кто соблюдал заколы Лиссабона. Более того, колонизаторы стали создавать специальные отряды — «бандейра» — для вооруженной борьбы с индейцами, захвата их исконных земель и порабощения туземного населения. Жестокость военных экспедиций бандейрантов побудила индейцев постоянно обороняться от нашествия чужеземцев.
В 1686 г. на северо-востоке колонии вспыхнула настоящая освободительная война племен жандуип и карири. Более 15 тыс. смелых индейских воинов под предводительством вождя Канинде в течение нескольких лет успешно сражались за свою свободу и победили. Португальцы обещали отказаться от попыток насильственного обращения индейцев в рабство, по затем грубо нарушили договор, и война возобновилась.
Фактически в течение всего колониального периода, как и в последующие годы, бразильские индейцы с оружием в руках отстаивали право на самостоятельное существование, на жизнь и свободу.
Столь же упорно сопротивлялись и рабы-негры, привезенные на плантации в колонию. Восстания, убийства рабовладельцев, разрушение плантаций, бегство в леса и создание там военных поселений — все доступные формы борьбы использовали негры для того, чтобы обрести утерянную свободу.
В 1630 г. беглые рабы основали в горах собственное военное поселение — Республику Палмарес. Управлялось свободное негритянское сообщество по образцу традиционных африканских общий. Вместе с беглыми неграми в Палмаресе скрывались и некоторые индейские племена. Общее число жителей Палмареса достигало 20 тыс. человек, во главе которых стоял легендарный Зумби (Замби). Под его предводительством жители Палмареса более полувека (до 1697 г.) успешно отстаивали свою независимость, одерживая победы над всеми военными экспедициями, которые направляли португальские власти. Более 25 таких экспедиций окончились неудачей. Лишь после длительной осады Республика Палмарес была все же потоплена в крови. Все защитники Палмареса, включая женщин и детей, были убиты.
Падение Палмареса не явилось, тем пс менее, концом негритянской освободительной войны. Восстания и мятежи продолжали вспыхивать одно за другим. За 388 лет существования в Бразилии рабства (1500–1888 гг.) произошло более 100 крупных восстаний негров. Отдельные стычки и бунты происходили постоянно.
Своеобразие освободительных битв негров и индейцев заключалось в том, что они сражались изолированно друг от друга. Общей чертой была борьба против угнетения и эксплуатации. Но поскольку наиболее богатыми и влиятельными рабовладельцами являлись лица, тесно связанные с короной и местной колониальной администрацией, постольку выступления рабов — индейцев и негров — объективно были направлены против португальских колонизаторов, т. е. несли в себе антиколониальный заряд.
В более осознанном и оформленном виде антиколониальные настроения и первоначальное чувство национальной общности развивались среди метисного и белого бразильского населения, и прежде всего среди новых поколений людей, родившихся уже на территории самой колонии. Креольское население (в Бразилии его представители именовались по-разному — «inascatcs», «mazombos») в XVII–XVIII вв. уже достаточно явно противостояло новым иммигрантам из метрополии («reineis»).
Особенно сильно развились антипортугальские настроения в середине XVII в. в связи с борьбой населения северо-восточных районов колонии против вторжения голландских и французских оккупантов. Лиссабон фактически отстранился от военной защиты своей колонии. Население Бразилии (включая креолов — колонистов, плантаторов, горожан, рабов-негров и часть индейцев) было вынуждено оказать сопротивление иностранному нашествию. Вторжение франко-голландских войск справедливо рассматривалось бразильцами как наглое посягательство на их свободу и территорию. В обстановке войны с интервентами зародились первые ростки национального самосознания и патриотизма. В результате стихийно возникшего национального единения враг был разгромлен. И, хотя колониальные узы с Португалией не были разорваны, произошел существенный психологический сдвиг, началось формирование бразильской нации.