В апреле 1940 года на «Бофорты» перевооружилась 42-я эскадрилья, а в мае за ней последовала 217-я. В этот период авиационные силы Берегового Командования, включая эскадрильи «Бофортов», понесли серьезные потери, но все же им удалось добиться некоторых успехов. Помимо решения своих основных «морских» задач, «Бофорты» RAF привлекались для атак целей на территории Германии, как, например, удар по нефтехранилищам в Гамбурге 18 мая 1940 года, и объектов на западном побережье Франции. Стандартным вооружением в этих рейдах были две 227-кг и четыре 113-кг бомбы или, иногда, зажигательные бомбы. Большую часть периода Битвы за Британию «Бофорты» оставались на земле из-за проблем с моторами «Таурус». Более 200 самолетов прошли в Филгоне замену двигателей, параллельно с которой они также получили протестированные топливные баки. 22-я эскадрилья вернулась в строй к 31 августа 1940 года, а остальные подразделения – к концу сентября. Первой подтвержденной победой «Бофортов» стал паром «Stadt Rustringen» водоизмещением 400 тонн, 27 июня 1940 года подорвавшийся на мине, поставленной в районе Вангеруге.
17 сентября шесть «Бофортов» 22-й эскадрильи отправились в ночной рейд на гавань Шербура, и одному из них, пилотируемому флайт-сержантом Норманном Херн-Филлиисом,удалось торпедироватьтранспорт «Johann Blumenthal» водоизмещением 1626 тонн. Торпедоносец получил серьезные повреждения от огня зениток, но Херн-Филлипсу удалось довести самолет до дома и совершить посадку на брюхо на осгров Тории.
К концу года «Бофорты» потопили ещё два судна торпедами и два – минами, а несколько кораблей получили повреждения. Тогда же «Бофоргы» стали использовать новую бомбу повышенной мощности «Блокбастер» – модифицированный вариант морской мины со снятым магнитным взрывателем. В ходе рейдов и патрулирования «Бофорты» искали цели для ударов в Северном море и потери самолетов росли. Хотя в 1941 году бомбардировщики-торпедоносцы берегового базирования потопили 29 транспортов и повредили ещё большее количество, но основной их частью были небольшие каботажные суда. Статистика английских ВВС за ноябрь 1942 года показывала, что бомбардировщики-торпедоносцы несли самые тяжелые потери среди всех эскадрилий RAF – вероятность уцелеть во время операционного цикла соответствовала 17%.
Одной из наиболее важных задач англичан было противодействие поставкам высококачественной железной руды из Швеции в Германию. Транспорты доставляли её из Нарвика в немецкие порты или, после захвата Голландии, в Роттердам. Конвои всегда сопровождали тральщики и траулеры, оснащенные мощным зенитным вооружением.
После падения Франции ещё одной проблемой стала борьба с немецкими силами на её территории. Даже в 1942 году «Бофорты» Берегового Командования оказывали помощь Бомбардировочному Командованию в атаках стационарных целей, таких как порты и аэродромы, в то время как патрульные группы из трех самолетов (они получили название Rover) рыскали в поисках любых подходящих для удара объектов.