Всего тяжелее рука Т. Кромвеля обрушилась на вождей восстания. Он воспользовался случаем, чтобы нанести роковой удар по знати севера. «Кромвель, заявил один из главных аристократов, явившись в Совет, — ты самая главная причина всего этого восстания и беззакония; ты стараешься постоянно довести нас до гибели и отрубить нам головы. Я надеюсь, что хотя ты постараешься отрубить головы всей знати королевства, но останется до твоей смерти хоть одна голова, которая и отрубит твою». Но предостережение было оставлено без внимания. Лорд Дарси, глава знати Йоркшира, и лорд Гессэ, вождь знати Линкольншира, были возведены на эшафот. Аббат Берлингский, въехавший в Линкольн со своими канониками в полном вооружении, был повешен вместе с тремя другими аббатами. Аббаты Фаунтенский и Жервосский были повешены в Тиберне, бок о бок с представителем великого дома Перси. Леди Бусемер сожгли на костре, сэра Роберта Констэбля повесили в цепях перед воротами Гелла.
Едва нанесен был удар северу Англии, как Кромвель обратился на запад. Здесь оппозиция против его системы сосредоточивалась преимущественно вокруг двух фамилий, представлявших отголоски йоркской традиции, — Кертнэ и Полей. Маргарита, графиня Солсбери, дочь герцога Кларенса и наследницы графа Уорвика, была представительницей Невиллей и племянницей Эдуарда IV. Ее третий сын, Реджинальд Поль, отказался одобрить развод Генриха VIII, несмотря на предложенные ему за это высокие награды, и искал себе убежища в Риме, откуда жестоко критиковал короля в книге о «единстве церкви». Тогда Кромвель написал ему многозначительные слова: «В Италии можно найти достаточно средств, чтобы избавиться от изменившего подданного. Если нельзя добиться справедливости дома но закону, то иногда она бывает вынуждена искать другие средства за границей».
Но Поль оставил в руках Генриха VIII заложников. «Жаль, что безумие безрассудного глупца может погубить такую знатную фамилию. Пусть только он последует внушениям своего честолюбия; в таком случае, не будь только великой милости и кротости государя, даже люди, мало его оскорбившие (кроме того, что безумец принадлежит к их родне), должны будут испытать, что значит иметь предателя своим родственником». В ответ на это Поль попросил императора скорее исполнить изданную папой Римским буллу об отлучении и низложении Генриха VIII. Кромвель не заставил долго ждать (он понимал, что Генрих VIII был не прочь отделаться от родни,которая претендовала на трон, и исполнял монаршью волю). Родственником Полей был Кертпэ, маркиз Эксетер, через свою мать тоже приходившийся внуком Эдуарду IV. Было известно, что он горько жаловался на «окружавших короля мошенников», а его обещания «надавать им когда-нибудь пощечин» являли грозный смысл в устах человека, имевшего в западных графствах огромное влияние. Его тотчас арестовали вместе с лордом Монтегю, старшим братом Поля, по обвинению в измене, и оба они были обезглавлены на Тауэрхилле, а графиня Солсбери была осуждена на заключение в Тауэр.
Никогда Томас Кромвель не выказывал такого величия, как в своей последней борьбе против судьбы. Когда король понял все значение церковных реформ, он перестал доверять ему и стал называть его «мошенником»; по мере уменьшения своего влияния он встречал все больше сопротивления в Совете, но характер его оставался по прежнему неукротимым. Он был совсем одинок. Уолси ненавидела знать, но поддерживала церковь; Кромвеля духовенство ненавидело еще сильнее, чем знать. Его единственными друзьями были протестанты, но их дружба была для него еще гибельнее ненависти его врагов. Однако он не выказывал ни страха, ни отказа от раз избранного направления. Его деятельность была, как и всегда, беспредельной.