На время Англия была спасена, но надежды Марии Стюарт рассеялись как раз вовремя. Великая борьба двух вероисповеданий, начавшаяся во Франции, постепенно превращалась в общую борьбу всей Европы. Примирительная политика Екатерины Медичи четыре года поддерживала перемирие между католиками и протестантами, но затем Конде и Гизы, желая воспользоваться новыми смутами, возникшими в это время в Нидерландах, снова подняли оружие. Жестокое преследование протестантов и бесцеремонное нарушение конституционных вольностей Филиппом II наконец вызвали там восстание; Филипп II воспользовался этим, чтобы нанести давно задуманный удар по распространению ереси в этой части его владений. В момент вступления Марии в Локлевен герцог Альба с войском в 10 тысяч человек готовился к походу в Нидерланды; он легко восторжествовал над силами мятежников, и начался ряд ужасных избиений и насилий, обесславивших его имя в истории. Ничто не могло так обеспокоить Елизавету, как прибытие Альбы во Фландрию. Истребление там ереси послужило бы прелюдией к содействию Гизам в истреблении ереси во Франции. Но и без этих далеких опасностей торжество католицизма и присутствие католического войска в стране, столь явно связанной с Англией, сразу оживило мечты католиков о восстании против власти королевы Елизаветы, а известие о жестокостях Альбы пробуждали в каждом из ее протестантских подданных с трудом сдерживавшуюся жажду мести. Но нанести Альбе удар было невозможно, так как для торговли Англии главным рынком служил Антверпен и перерыв отношений с Фландрией, неизбежный в случае войны, разорил бы половину купцов Лондона.
С каждым днем трудности Елизаветы все множились, а в это время Марии Стюарт удалось бежать из Локлевена. Энергия Меррея быстро подавила при Лэигсайде восстание католических баронов, помогавших Марии. Тогда она отказалась от всякой надежды на Шотландию, с гениальной быстротой изменила свои планы и, переправившись в легкой лодке через Солуэй, до наступления вечера прибыла в замок Карлайл. Присутствие Альбы во Фландрии было гораздо менее опасно, чем пребывание Марии в Карлайле. Удержать ее в Англии — значило создать центр для мятежа; притом сама Мария грозила «доставить много хлопот, если ее удержат в плену». Она явно просила помощи Англии для восстановления ее на престоле или свободного пропуска во Францию. Исполнение последнего требования дало бы Гизам грозное средство против Елизаветы и снова обеспечило бы Франции вмешательство в дела Шотландии; возвращение ей утраченной короны оружием было невозможно. До оправдания Марии Меррей не хотел и слышать о ее возвращении, а она отказывалась подчиниться суду, который мог бы ее оправдать. Однако Елизавете так хотелось избавиться от чрезвычайно опасного присутствия ее в Англии, что отказ Марии подчиниться какому бы то ни было суду вызвал у нее только новые планы ее восстановления. Она убеждала Меррея устранить важнейшие обвинения, а Марию — в награду за возвращение — предоставить Меррею настоящее обладание королевской властью. Ни тот, ни другой не хотели принять условий, приносивших их обоих в жертву интересам Елизаветы: регент продолжал обвинять королеву в убийстве и прелюбодеянии, Мария отказывалась отвечать или отречься в пользу своего малолетнего сына. Простое бездействие, как, без сомнения, предвидела Мария, более всего содействовало успеху ее смелой политики. Ее несчастье, ее решительные отрицания постепенно ослабляли веру в ее виновность и снова привлекали на ее сторону католиков Англии. В то время как Елизавета «держала волка за уши», жестокая борьба, вызванная действиями Альбы в Нидерландах и во Франции, разжигала раздражение партий в Англии.