В стране и при дворе партии движения и сопротивления стали, наконец, в резкое и явное противоречие друг к другу. С одной стороны, Сесиль во главе протестантов требовал общего союза с протестантскими церквями всей Европы, войны против Альбы в Нидерландах и безусловной выдачи Марии ее шотландским подданным для заслуженного ею наказания. С другой — католики, опираясь на массу консервативной партии с герцогом Норфолком во главе, а также на богатых купцов, опасавшихся прекращения торговли с Фландрией, так же серьезно требовали отставки Сесиля и отзыва протестантов из Совета, прочного мира с Испанией и, хоть и не так открыто, признания прав Марии на престолонаследие. Елизавета по-прежнему вынуждена была медлить. Она не приняла советов Сесиля, но послала деньги и оружие Конде и помешала Альбе, арестовав посланные ему деньги и доведя ссору до временной задержки судов по обе стороны пролива. Она не приняла советов Норфолка, но не хотела ничего слышать об объявлении войны, не хотела обсуждать обвинений против Марии или признавать вступления Якова I (VI) на престол. Влияние присутствия Марии в Англии сказалось в заговорах Норфолка с графами севера Англии и с Испанией. Заметив опасность, Елизавета поступила быстро и решительно: Марию Стюарт она отдала под стражу лорду Гентингдону, затем она арестовала Арундела, Пемброка и Лемли и посадила в Тауэр герцога Норфолка.
Но поражение гугенотов во Франции и известие папского посла о том, что в Риме приготовлена булла о низложении Елизаветы, побудили крупных католических лордов к действию и вызвали восстание Невиллей и Перси. Сигналом к восстанию послужило вступление в Дергем графов Нортумберленда и Уэстморленда. Библия и новый служебник были разорваны в клочья, и на алтаре Дергемского собора снова отслужили мессу, прежде чем графы дошли до Донкастера с войском, возросшим до нескольких тысяч людей. Они требовали, чтобы «в церкви во всем были восстановлены старые обычаи»; граф Сассекс, полководец Елизаветы на севере, откровенно писал ей, «что в Йоркшире нет и десяти дворян, которые одобряли бы ее меры в церковной сфере». Но он был так же верен, как и откровенен, и упорно защищал Йорк, а королева приказала спешно перевезти Марию в новую тюрьму в Ковентри. Но буря рассеялась так же быстро, как и собралась. Масса католиков Англии не шевельнулась, и едва графы остановились в нерешительности ввиду этого неожиданного бездействия, как их войско охватил страх, и оно рассеялось. Вожди восстания бежали, а их несчастные сторонники поплатились за свою измену гибелью и разорением. Жестокие меры, сопровождавшие подавление этого восстания, были первым отступлением от мягкости в правлении Елизаветы, но они не замедлили произвести впечатление на противников. Надежды северных графов были расстроены общим бездействием католиков; теперь (1570 г.) Рим сделал все возможное, чтобы пробудить их к деятельности опубликованием буллы об отлучении и низложении королевы; булла эта тайно была издана в предыдущем году и в духе вызывающей насмешки оказалась прибитой к дверям дома Лондонского епископа. Католики севера Англии упорно уклонялись от национального богослужения.
С каждым днем число уклонявшихся возрастало. Интриги велись деятельнее, чем когда-либо. Регент Меррей был убит, и в Шотландии началась борьба между приверженцами Марии Стюарт и сторонниками ее сына. От разбитых католиков Мария обратилась снова к герцогу Норфолку, который стоял во главе консервативных пэров. Норфолк принял церковный компромисс Елизаветы и выдавал себя за протестанта, но одновременно вел интриги с партией католиков. Он думал найти у английских пэров содействие своему браку с Марией, а этот брак, казалось, должен был вырвать ее из рук французских и католических интриганов, превратить ее в англичанку и разрешить тревожный вопрос о престолонаследии. Его мечты о таком союзе с Марией Стюарт были открыты в предыдущем году Сесилем, а их исполнение задержало его короткое пребывание в Тауэре. Но после освобождения он возобновил свою переписку с королевой и наконец обратился к Филиппу II с просьбой о присылке испанского войска. Во главе этой просьбы стояло имя Марии Стюарт, а за Норфолком следовали имена многих лордов «старой крови», как величали себя гордые пэры. Значение этой просьбы было подчеркнуто сбором в Антверпене католических изгнанников вокруг беглых вождей северного восстания.