К несчастью, королева упорно держалась за свою систему компромисса, хоть ослабленную и нарушенную. Она не питала никаких симпатий к религиозному воодушевлению, все более усиливавшемуся в народе. Ее страстью была умеренность, ее целью общественный порядок; и порядку, и умеренности угрожала кучка ханжей, собравшихся под знаменами пресвитерианства. Главой их был Томас Картрайт. Он учился в Женеве и принес оттуда фанатическую веру в кальвинизм и в установленную Кальвином систему церковного правления; затем как профессор богословия он воспользовался всеми удобствами, которые ему предоставляла кафедра для распространения своих мнений. Никогда вождь религиозной партии не заслуживал так мало симпатии. Он, несомненно, был человеком ученым и набожным, но набожным в духе средневекового инквизитора. Остатки старых обрядов, знамение креста при крещении, стихарь, передача кольца при бракосочетании не просто возбуждали в нем неудовольствие, как вообще в пуританах, но представлялись ему идолопоклонством и печатью «зверя». Его нападки на обряды и суеверия имели мало значения в глазах Елизаветы и ее примасов; однако их испугала его смелая защита такой системы церковного управления, которая ставила государство в полную зависимость от церкви.
Правда, он называл порождением дьявола абсолютную власть епископов; зато полновластие пресвитеров он считал установлением слова Божьего. Для церкви, устроенной по образцу Женевы, он требовал власти, превосходившей самые смелые мечты властителей Ватикана. Вся духовная власть и суд, определение вероучения и установление обрядов должны находиться целиком в руках служителей церкви; им же принадлежит и надзор за общественной нравственностью. Эти пресвитеры, распределенные по классам и собраниям, должны управлять своей паствой, определять свои отношения, разрешать вопросы веры, поддерживать дисциплину. Их оружием служит отлучение, за пользование которым они отвечают только перед Христом. Задача светского правителя заключается просто «в надзоре за выполнением решений пресвитеров и в наказании их нарушителей».
Дух кальвинистского пресвитерианства исключал всякую терпимость в обрядах или вере. Правление пресвитеров не только представлялось единственной законной формой церковного устройства; но все другие формы подлежали беспощадному уничтожению. За ересь наказанием служила смерть. Никогда теория преследования не выдвигалась с такой слепой и беспощадной жестокостью. «Я запрещаю, — писал Картрайт, — освобождать раскаявшихся от смерти… Еретики должны предаваться смерти немедленно. Если она кровава и жестока, мне приятно считаться на стороне Святого Духа».
Оценку подобных мнений было бы благоразумно предоставить здравому смыслу самого народа. Действительно, скоро они встретили уничтожающую критику в «Церковном правлении» Ричарда Гукера. Этот церковник был сначала «настоятелем Темпля», но отвращение к церковным спорам заставило его удалиться из Лондона в один из приходов Уилтшира, который он позже променял на приход среди спокойных лугов Кента. Отличавшая все благородные умы его времени широта симпатий, столь заметная у Шекспира и Бэкона широта мысли соединялись в Гукере с достоинством и возвышенностью слога, добывшими ему одно из первых мест среди английских прозаиков. Хотя Гукер был священником, его дух и метод были скорее философскими, чем богословскими. Церковному догматизму пресвитериан и католиков он противопоставил авторитет разума. Он покинул узкую почву доводов от Писания и основал свои выводы на общих началах морали и политики, на вечной обязательности естественного закона. Система пуритан основывалась на предположении, что Писание, и одно только оно, установило неизменные правила человеческого поведения во всех вопросах, касающихся веры, богослужения, дисциплины и правления церкви.