Гукер доказывал, что божественный порядок проявляется не только в писаном откровении, но и в нравственных отношениях, историческом развитии, общественных и политических учреждениях людей. Он требовал для человеческого разума права определять законы этого порядка, различать в них неизменное от переменчивого, различать в самой Библии временное и вечное. Ему было легко перейти на почву богословского спора, где люди, подобные Картрайту, защищали дело пресвитерианства, — легко было показать, что никогда никакая форма церковного устройства не имела безусловной обязательности и что во все времена формы обрядов предоставлялись на усмотрение церквей и различались в разные эпохи. Истина, на которой Гукер основывал свое доказательство, представляет гораздо большую цену, чем само доказательство; выразившееся в его произведении признание божественного порядка в истории человечества и божественного закона в человеческом разуме соответствовало благороднейшим устремлениям века Елизаветы. Но едва ли нужно было опровергать этим пресвитерианство. Популярная в Шотландии, его система никогда не пользовалась общим признаки ем в Англии; она до конца оставалась скорее церковным, чем народным верованием, и даже в момент ее внешнего торжества при республике она, кроме Лондона, Ланкашира и части Дербишира, отвергалась всей Англией.
Но в 1592 году партия Картрайта сделала правительству смелый вызов: она обратилась к парламенту с «Увещеванием», в котором требовала установления пресвитерианского правления; это вызвало среди английских политиков и прелатов страх, устранивший все надежды на спокойное решение дела. Если бы Картрайт не поднял бури, постоянный рост общего недовольства порицаемыми им обрядами, вероятно, привел бы к их отмене. Парламент 1571 года не только отказался обязать духовенство к подписи трех статен: о верховенстве, о строе церковного управления и о власти церкви устанавливать обряды, — но и благоприятствовал проекту преобразования литургии через опущение «суеверных» обрядов. С появлением «Увещевания» этот естественный прогресс общественного мнения вдруг остановился. Уме репные политики, настаивавшие на перемене обрядов, отступили перед союзом с партией, оживившей худшие притязания папства. При окружавших королеву внешних и внутренних опасностях распространение пуританства среди духовных особ страшно раздражало ее, и она выступила против «несогласных» священников с мерой, оставившей самое худшее пятно на ее царствовании.
В 1583 году церковной комиссии были предоставлены новые полномочия, превратившие религиозное перемирие в церковный деспотизм. Из временного учреждения, представлявшего верховенство короля в церковных делах, комиссия превратилась теперь в постоянное и стала пользоваться почти безграничными полномочиями короны. Ведению ее подлежали все мнения и действия, противные законам о верховенстве и единообразии. Духовенство было подчинено ей правом смещения. Она имела право менять или исправлять уставы колледжей и школ. К ведению церковной комиссии относились не только ересь, раскол и уклонение от церкви, но также и кровосмешение и тяжелые случаи прелюбодеяния; способы ее исследования не были ограничены, и она могла по произволу налагать штрафы или заключать в тюрьмы. Одно установление такого судилища разрушало дело Реформации. Правда, большое число светских членов, казалось, представляло некоторое ручательство против крайностей церковного деспотизма; но в действительности из 44 членов комиссии немногие принимали какое либо участие в ее делах, и ее полномочия сосредоточивались в руках сменявших друг друга примасов.
Со времени Августина ни один Кентерберийский архиепископ не пользовался такой обширной и неограниченной властью, как Уитгифт, Бэнкрофт, Эббот или Лод. Самой ужасной чертой их церковной тирании был чисто личный ее характер. Старые ограничения власти исчезли, а создать новые для защиты духовенства юристы еще не успели. Вследствие этого на заседаниях комиссии в Ламбете примасы сами создавали обязательные нормы учения, не обращая никакого внимания на указания закона. В одном случае Паркер отнял у священника при ход за отрицание буквальной боговдохновенности Библии. Сменявшие друг друга архиепископы не особенно беспокоились, если нормы оказывались различными или противоречивыми.
Уитгифт в своих «Ламбетских статьях» старался навязать церкви учение Кальвина о первородном грехе. Следовавший за ним Бэнкрофт так же усердно навязывал антикальвинистское учение об установлении епископата Богом. Эббот не давал пощады арминианам, а Лод — их противникам. Неудивительно, что руководимая такими людьми церковная комиссия скоро возбудила ненависть к себе в английском духовенстве. Ее учреждение указывало на переход короны к более решительной политике. Усилия комиссии поддерживались строгими репрессивными мерами: всякие проповедь или чтение в частных домах были запрещены, и от всех членов духовенства требовалось подчинение «трем статьям», хотя парламент и отказался придать этому требованию силу закона.