Торпедное вооружение состояло из четырех подводных бортовых аппаратов калибром 457 мм, расположенных по два в носу и в корме, как на "Хатсусе". Первоначальные сведения о пятом надводном аппарате в носовой части оказались ошибочными. Торпедные аппараты на броненосцах действительно оказались грозным оружием, но в первую очередь для самого корабля, а отказаться от них конструкторам решительности не хватало. И действительно, японцы опасались приблизиться для добивания к китайским броненосцам в бою при Ялу именно из-за возможной торпедной контратаки почти уже обречённых кораблей. Поэтому на новых проектах их и стремились упрятать ниже ватерлинии для защиты от артиллерийского огня, усложняя конструкцию и создавая еще большую угрозу при взрыве в районе размещения торпед неприятельской мины или торпеды.
На "Микаса" были установлены аналогичные троим его предшественникам трехцилиндровые машины с тройным расширением пара с 25 (по другим данным, 24) котлами системы Бельвиля, снабженные экономизаторами. Общая нагревательная поверхность котлов составила 3479,4 м , а
"Микаса" имел 14 шлюпок и паровых катера. Его экипаж состоял из 40 офицеров и 790 матросов, но, как у флагмана, численность экипажа броненосца возрастала до 935 человек (по другим данным, она временами составляла 756, 830 чел.).
Нагрузка корабля в % от нормального водоизмещения распределялась следующим образом: корпус, устройства, запасы – 44,8; машины, котлы, пресная вода – 9,7; броня – 28,5; вооружение, боезапас – 10,8; нормальный запас угля – 4,9; команда, багаж, провизия – 1,3.
После появления "Микаса" в составе японского флота броненосцы разделялись на четыре группы: в первую входил весьма хорошо защищенный "Микаса", во вторую "Асахи", "Хатсусе", "Шикишима", в третью -"Фудзи" и "Яшима", в четвертую – устарелые "Чин Иен" и "Фусо". Таким образом, к началу 1903 г. броненосный флот Японии из шести новых кораблей и двух устаревших уже был сосредоточен в ее водах, и на боевую подготовку до начала их вступления в войну оставался еще целый год.
"Микаса" из всех описываемых кораблей имел самую богатую событиями биографию. Как флагман, он чаще других получал попадания русских снарядов в своей первой войне. Как писалось в "Морском сборнике" (№4 за 1905 г), "… по сведениям английского журнала "Engineer", оказывается, что флагманский корабль адмирала Того броненосец "Микаса" едва не погиб в сражении 28 июля.
12" снарядом на нём оторвало у самой ватерлинии один лист наружной обшивки, и через образовавшееся отверстие вода сильным потоком хлынула внутрь корабля (шли "Микаса", "Асахи", "Фудзи", "Шикишима", "Ниссин", "Касуга"). И только благодаря абсолютному штилю можно было наложить пластырь и остановить течь."
Вскоре после войны в ночь на 12-е сентября 1905 г. "Микаса" затонул в Сасебо. Погибло 250 (по другим данным, 114 чел.), и оказались ранеными 340 человек. Броненосец затонул на ровном киле на глубине 11 м, и первую неудачную попытку поднять его сделали 25 декабря того же года. Вторая попытка состоялась 16 января 1906 г., третья – 23 июня, но, увы, так же безрезультатно. Тогда спасатели приняли решение отказаться от применявшихся ими ранее способов подъема и окружить весь броненосец стенкой из свай, сделав тем самым импровизированный док, откачать из него воду и затем произвести необходимые работы по тщательной заделке корпуса корабля. После исполнения этой трудоемкой операции 14 августа 1906 г. была предпринята последняя четвертая попытка его подъема, увенчавшаяся успехом.
Главными повреждениями корпуса оказались пробоина длиной примерно 25 м в кормовой части и еще десять небольших пробоин с обоих бортов в других частях. Проведенное следствие опровергло предполагавшуюся версию о гибели корабля в результате намеренного его затопления частью личного состава в виде протеста против заключения мирного договора с Россией. Следственная комиссия предположила, что, вероятнее всего, корабль погиб от двойного взрыва кормового артиллерийского погреба, вызванного возгоранием боезапаса, и последующей за возгоранием детонации одной из торпед.