После разоружения «Екатерину II» планировали превратить в школу машинистов, а «Чесму» переделать под плавучую тюрьму, так как события 1905 года прибавили большое количество осужденных. Правда, МГШ потребовал от порта содержать котлы и механизмы в полной исправности для дальнейшего использования этих кораблей для военных «надобностей».
Первая комиссия от Севастопольского порта посетила оба корабля 5 октября 1907 г. Она отметила, «что на кораблях все пушки в наличии. Боевой комплект 12- дюймовых орудий очень мал, около 50 снарядов на ствол, а в 6-дюймовых снарядов нет, так как они уже переданы на другие суда.»
Планировавшуюся ранее передачу 305-мм орудий Севастопольской крепости члены комиссии признали нецелесообразной, «так как они не обладают теми баллистическими качествами, потребными сейчас».
И действительно, предельная дальность их стрельбы на штатных станках при угле возвышения в 15° равнялась всего 51 кабельтову (ок. 9,4 км). Для того времени, когда на Обуховском заводе приступили к изготовлению новых 305-мм орудий в 50 калибров длины, такая дальность стрельбы была весьма малой. Не устраивал артиллеристов Севастопольской крепости и вес снаряда в 810 фунтов (367,4 кг), его боевой заряд пироксилина в 38 фунтов (17,2 кг). Все это при медленном заряжании, отсутствии оптических прицелов (применялись лишь механические, векторные) и равной стоимости установки их на берегу по сравнению с новыми орудиями сводило на нет все доводы в пользу этих устаревших стволов. Более того, для установки их башен требовалось построить в земле кирпичное сооружение, равное по высоте трехэтажному зданию.
В отношении четырнадцати 152-мм орудий выводы комиссии были другими. Размещение их на береговых батареях крепости считалось весьма целесообразным, так как в то время на вооружении еще находились более старые 152-мм крепостные орудия.
Комиссия предложила увеличить дальность стрельбы с 32 каб., переделав станки под больший угол возвышения и установив оптические прицелы. Это позволило бы увеличить скорострельность до 1 выстрела в минуту, что отвечало всем требованиям крепостной артиллерии. «Желательно их принять на бастионы», — говорилось в решении комиссии.
В итоге в течение 1907 г. всю артиллерию с обоих броненосцев сняли, передав стволы для хранения в арсенал как запасные для двух оставшихся в строю броненосцев «Синоп» и «Георгий Победоносец».
Через две недели, 20 октября 1907 г., вторая комиссия вновь осмотрела «Екатерину II». «Ввиду того, что „Екатерина П“ вот уже два года не плавает и ремонтов на ней не было, то она в настоящее время нуждается в мелком ремонте. С нее надо снять все 12-дюймовые башни и привести в порядок котлы. На ней можно разместить 600 учеников и 200 человек команды», — говорилось в решении этой комиссии.
Тем не менее ни «Чесму», ни «Екатерину II» по плану МГШ не использовали. Видимо, опять не хватало средств, и корабли продолжали стоять в гавани без команд. Лишь непродолжительное время на «Чесме» размещали Управление плавучих средств Севастопольского порта, ведавшее всеми катерами, шлюпками, кранами, понтонами, необходимыми для повседневных нужд порта.
С января 1908 г. броненосцы начали постепенно разбирать. В течение последующих трех лет с них сняли броню, отправив ее на переплавку на Обуховский завод. Части плит еще пришлось «послужить». Их отправили на защиту береговых батарей. Демонтировали установки под 305-мм орудия, разобрали большую часть внутренних переборок, сняли котлы и машины, а также все вспомогательные механизмы. Стоявшие в одной из отдаленных бухт, броненосцы превратились в трудноузнаваемые остовы с высокими бортами, покрытыми ржавчиной, и зиявшими в них многочисленными дырами от броневых болтов.
Оба корпуса МГШ решил продать. Первоначально назначенные на осень 1911 г. торги не состоялись. Будущие хозяева побоялись во время осенних штормов буксировать корпуса к месту разделки. А условия продажи обязывали покупателей вывести их из Севастопольской гавани в месячный срок. По каким-то неизвестным причинам не смогли продать «Екатерину II» и «Чесму» и весной 1912 г., хотя за них предлагали 250 000 рублей.
Затем на Черноморский флот пришел приказ морского министра И. К. Григоровича от 9 апреля 1912 г., в котором говорилось, что бывшие балтийские башенные фрегаты «Адмирал Спиридов» и «Адмирал Чичагов» переименовывались в «исключенное судно № 1» и «исключенное судно № 2», а «Екатерина П» и «Чесма» соответственно в «исключенное судно № 3» и «исключенное судно № 4».
Дальнейшая судьба «Екатерины II» полностью не ясна. Видимо, корпус «исключенного судна № 3» продали еще до 1914 г. и его увели из Севастополя.