Так называемая «учебная» флотилия миноносцев под командованием корветтен-капитана Нордмана имела задачу обучать новый командный и рядовой состав. В то время как «тактическая» флотилия под командованием корветтен-капитана Мааса имела задачу в текущем году больше заниматься практикой с уже обученным командным и рядовым составом и возможно больше действовать совместно с флотом.
В ноябре соединение флота в составе 1-й эскадры и крейсеров совершило поход в Балтийское море, в то время как 2-я эскадра осуществляла мероприятия по вводу в строй и подготовку по программе одиночного корабля для построенных линкоров.
В начале декабря все три соединения действующего линейного флота раздельно совершали выходы в Балтийское море, провели ещё одно крупное учение и 12 декабря вновь соединились в Данциге. Совершенное по приказу адмирала фон Кёстера возвращение в Киль снова использовали для проведения тактических учений. В нём также приняла участие «тактическая» флотилия миноносцев. В Киле обе флотилии миноносцев распустили, а крупные корабли вернулись в места своего постоянного базирования.
Как и прошедший, 1906 г. проходил привычным порядком. В начале года произошли некоторые изменения в корабельном составе флота. В январе после окончания модернизации и ходовых испытаний в состав 2-й эскадры снова вошёл «Курфюрст Фридрих Вильгельм», и на его борту поднял свой флаг младший флагман.
Когда в начале марта новый линкор третьей серии «Гессен» также занял место в составе 2-й эскадры, впервые, в соответствии с законом 1898 г. о флоте, обе эскадры полностью состояли из новейших или, по крайней мере, модернизированных кораблей. В её составе ещё не хватало числившегося отдельно флагманского корабля флота, поскольку «Кайзер Вильгельм II» лишь тактически всё ещё относился к 1-й эскадре. В начале июля в составе 2-й эскадры «Вёрт» сменили новым линкором третьей серии «Лотаринген».
Важную инициативу проявил кайзер Вильгельм II. Она состояла в том, что в марте только для экипажа флагманского корабля флота император учредил фонд в 15000 марок, проценты от которого должны были идти для его офицерского и рядового состава.
Более существенные изменения произошли в соединении разведывательных кораблей. В апреле новым флагманским кораблём соединения вместо броненосного крейсера «Фридрих Карл» стал броненосный крейсер «Йорк», в то время как новый броненосный крейсер «Роон» втупил на место выведенного из строя броненосного крейсера «Принц Генрих» и стал флагманским кораблём младшего флагмана. Среди лёгких крейсеров недавно построенный «Любек» являлся первым турбинным крейсером германского флота.
В 1906 г. ставшая уже привычной учебная деятельность действующего линейного флота становилась всё более обширной и многосторонней. Подготовка по программе одиночного корабля сменялась постоянными учениями в составе соединения и эскадры и продолжалась до состоявшихся с 13 мая по 8 июня в Северном море первых в этом году манёвров всего флота, закончившихся походом вокруг мыса Скаген.
Учебные походы весной (с 8 мая по 7 июня) в Северном море и летом (с 12 июля по 10 августа) в Северном и Балтийском морях прошли без особых происшествий. В середине июля 1906 г. предприняли длительный летний поход действующего линейного флота, сначала в среднюю, а затем в северную часть Северного моря к берегам Норвегии. Во время этого похода корабли 1-й эскадры во главе с флагманским линкором «Виттельсбах» и учебной флотилией миноносцев заходили сначала в Мольде, затем в Берген, 2-й эскадры в Аальзунд, затем в Дронхейм. В ходе похода «Кайзер Фридрих III» посетил с 20 по 26 июля Мольде, а с 27 июля по 2 августа Берген.
21 июля у Мольде «Кайзер Вильгельм II» и корабли 2-й эскадры встретили и приветствовали пароход «Гамбург» компании «Хапаг», на борту которого в этот год кайзер проводил северный круиз в сопровождении лёгкого крейсера «Лейпциг». Во время своего посещения флагманского корабля флота кайзер от имени собравшихся командиров кораблей поблагодарил уходящего осенью в отставку командующего флотом гросс-адмирала фон Кёстера за его заслуги перед германским военно-морским флотом. В своей очень выразительной речи кайзер охарактеризовал его как «rocher de Ьгопсе» (бронзовый рыцарь) германского флота.
Первоначально возвращение в отечественные воды предполагали начать 1 августа. Но затем, по приказу кайзера, его перенесли на 4 августа с тем, чтобы 3 августа встретить день рождения короля Норвегии Хаакона VII (к тому времени ему присвоили звание почётного адмирала германского военно-морского флота), а салютом и флагами расцвечивания поздравить его.