18 сентября 1909 г. «Кайзер Карл дер Гроссе» в Киле временно вывели из состава флота и перевели в качестве блокшива в то же резервное соединение Балтийского моря.
Во время обычной осенней смены мест базирования на борту линкора «Кайзер Вильгельм II» вместо контр-адмирала Рольмана поднял свой флаг новый младший флагман 1-й эскадры капитан 1-го ранга, затем контр-адмирал Якобсен. Зимний учебный поход состоялся с 22 по 30 ноября и снова вёл в проливы Каттегат и Скагеррак.
В 1908 г., как и в начале 1909 г., производили обширную модернизацию устаревших линкоров первого поколения. На имперской верфи в Вильгельмсхафене в 1909-10 гг. «Кайзер Вильгельм II» подвергли основательной модернизации. После окончания таких же переделок «Кайзер Фридрих III» сразу же вывели из состава флота, переведя в качестве блокшива в резервное соединение Балтийского моря, кораблём- базой которого в течение зимы уже являлся «Кайзер Барбаросса».
Весной 1910 г. «Кайзер Барбаросса» ввели в соединение учебных и опытовых кораблей, в составе которого в апреле линкор проводил учения в Балтийском море.
Время следующего периода активной службы линкора «Кайзер Фридрих III» пришлось на осенние манёвры флота Открытого моря в августе-сентябре 1910 г.
2 августа вышло распоряжение о формировании временной 3-й эскадры, составленной из устаревших линкоров, входивших в качестве блокшивов в резервные соединения Северного и Балтийского морей. С этого момента временно выведенные из состава флота Открытого моря устаревшие линкоры снова вошли в его состав.
На время осенних манёвров 1910 г. флота Открытого моря временно образованная 3-я эскадра включала линкоры «Кайзер Фридрих III» (флагманский корабль командующего эскадрой), «Кайзер Барбаросса», «Курфюрст Фридрих Вильгельм» (до 6 августа флагманский корабль младшего флагмана), «Вейсенбург», «Вёрт» и «Бранденбург» (с 6 августа флагманский корабль младшего флагмана ). 6 августа вице-адмирал Рольман поднял на «Кайзере Фридрихе III» свой флаг.
Но этот состав изменился уже в начале августа, поскольку германское правительство приняло решение продать Турции «Курфюрст Фридрих Вильгельм» и «Вейсенбург». Вместо них с 19 августа в состав 3-й эскадры включили линкор второй серии «Швабен» (до этого учебный артиллерийский корабль). После передачи этих линкоров Турции возникла необходимость реорганизации.
Окончательное распределение служебных должностей в 3-й эскадре было следующим: командующий эскадрой вице-адмирал Рольман, офицеры морского генерального штаба фрегаттен-капитан Розинг и корветтен-капитаны Эрдман, младший флагман контр-адмирал Киндерлинг, офицер морского генерального штаба капитан-лейтенант Швердтфегер.
После маневров 8 сентября 3 эскадру вновь распустили. После окончания общих учений эскадры в Северном море 15 августа «Кайзер Фридрих III» перешёл в Киль. Здесь устаревший линкор вывели из состава флота в резерв, и он снова стал блокшивом «резервной дивизии» Балтийского моря, как теперь называлось это соединение. Кораблем-базой был сначала «Кайзер Барбаросса», затем «Кайзер Вильгельм II».
С 10 сентября «Кайзер Барбаросса» снова ввели в состав резервной дивизии Балтийского моря, но уже 13 октября временно вывели из ее состава. Сразу после этого на имперской верфи в Киле начали проведение оставшихся работ по модернизации этого корабля.
После почти двухлетнего пребывания в резерве осенью 1910 г. «Кайзер Вильгельм II» снова потребовался для несения службы. 14 ноября линкор ввели в состав флота Открытого моря для замены линкора «Кайзер Барбаросса», который стали использовать как корабль-база резервной дивизии Балтийского моря.
21 ноября «Кайзер Вильгельм II» покинул Вильгельмсхафен и после перехода вокруг мыса Скаген 23 ноября пришёл в свою отныне постоянную гавань Киль, чтобы продолжать там службу в качестве корабля-базы резервной дивизии Балтийского моря.
В число блокшивов в составе этой дивизии входили его систершипы «Кайзер Фридрих III», «Кайзер Карл дер Гроссе» и «Кайзер Вильгельм дер Гроссе». Их подчинили 1-й морской инспекции.
Первая четверть 1911 г. для корабля-базы «Кайзер Вильгельм II» протекала по твёрдо установленному распорядку. С 3 по 29 апреля его включили в соединение учебных и опытовых кораблей, которое во главе с флагманским броненосным крейсером «Фридрих Карл» под командованием контр-адмирала Ланса проводило учения в водах острова Рюген.