За оставшуюся часть 1906 г. (за исключением зимнего учебного похода с 8 по 16 декабря в Северное море и проливы Каттегат и Скагеррак) особых событий и происшествий не произошло. То же самое относилось к первой четверти 1907 г.
Нерациональное использование броневой защиты на линкорах типа «Кайзер» явилось причиной того, что в 1907-10 гг. пришлось произвести модернизацию четырёх из пяти кораблей этой серии. В виду необходимости обеспечения линкорам этого типа меньшей видимости (ограничения размеров цели), представляемой ими в бою, а также с целью уменьшения водоизмещения и, соответственно, осадки корабли подвергли существенной модернизации, значительно изменившей их внешний вид.
Заменой громоздких боевых мачт с массивными марсами лёгкими трубчатыми сигнальными мачтами, уменьшением высоты прежде башнеподобной надстройки, демонтажом четырёх 150-мм орудий нижних казематов, изменением формы и высоты дымовых труб, благодаря дополнительному снижению веса оборудования, достигли того, что главный броневой пояс стал существенно возвышаться над водой, значительно лучше выполняя своё назначение.
Благодаря всем этим переделкам, линкоры стали менее заметными, их водоизмещение сократилось на 450 т – с 11 150 т до 10700 т с уменьшением осадки на 0,23 м. Но, как отразилось более высокое положение главного броневого пояса на их боеспособности в ходе первой мировой войны, выяснить не удалось, так как линкорам типа «Кайзер» не довелось принимать активное участие в боевых действиях.
Зимой 1906-07 гг. «Кайзер Вильгельм дер Гроссе» проходил очередной ремонт на имперской верфи в Вильгельмсхафене, и лишь в апреле 1907 г. вошёл в состав флота.
После весенней смены мест базирования «Кайзер Вильгельм II» снова принял участие в учениях флота Открытого моря, как теперь, согласно «высочайшему распоряжению» от 16 февраля 1907 г., стали именовать действующий линейный флот. С конца мая по начало июня состоялся длительный учебный поход в Северное море с возвращением в Киль вокруг мыса Скагеи.
Уже ставший привычным поход к берегам Норвегии и манёвры в Балтийском море провели с 12 июля по 10 августа, причём «Кайзер Вильгельм II» вместе с другими линкорами своей эскадры часть времени стоял на якоре у Дронхейма.
Заключительная часть осенних манёвров 1907 г. флота Открытого моря с 26 августа по 27 сентября также прошла без особых происшествий, как и прошедшие непосредственно за ними в северной части Шлезвига (с 10 по 13 сентября) манёвры с высадкой десанта и полевые учения совместно с армейскими частями. Из принявших в них участие частей IX армейского корпуса «Кайзер Вильгельм II» перевёз в место своего постоянного расквартирования батальон 86-го пехотного полка.
«Кайзер Барбаросса» модернизировали в два этапа. Первый закончили в 1904 г. После некоторого перерыва второй этап модернизации закончили осенью 1907 г., а 1 октября «Кайзер Барбаросса» снова ввели в состав 1-й эскадры, и после проведения испытаний в ноябре корабль участвовал в зимнем походе флота.
Хотя после проведения очередного зимнего ремонта с 7 декабря 1907 г. по 27 января 1908 г. «Кайзер Вильгельм дер Гроссе» снова включили в состав 1-й эскадры, но после проведения осенних манёвров его снова надолго вывели из состава этой эскадры, а 18 сентября в Киле и из состава действующего флота.
На имперской верфи в Киле начали проведение работ по модернизации линкора, продолжавшиеся до 1910 г. После модернизации «Кайзер Вильгельм дер Гроссе» передали в качестве блокшива в резервное соединение Балтийского моря.
Время с января по апрель 1908 г. прошло в запланированных на 1908 г. учениях, манёврах и походах флота. В мае состоялось крупное учение в составе 1-й эскадры и всех соединений флота Открытого моря в Северном море.
Летом вместо ставшего привычным похода в северном направлении состоялся длительный учебный поход в Атлантику к Азорским островам. В ходе похода «Кайзер Вильгельм II» и «Кайзер Барбаросса» 23 июля посетили порт Хорта (Азорские острова). 13 августа флот Открытого моря вернулся в Киль.
Ещё до начала осенних учений 1908 г. с 27 августа по 7 сентября провели манёвры в составе 1-й эскадры в Балтийском море, за которыми с 7 по 13 сентября последовали осенние манёвры всего флота.
С окончанием этих манёвров подошла к концу почти восьмилетняя активная служба линкора «Кайзер Вильгельм II». Вместо него в состав флота Открытого моря ввели новый линкор четвёртой серии «Шлезиен», а вошедший в состав 2-й эскадры новый линкор той же серии «Ганновер» занял тактическое место линкора «Кайзер Вильгельм II» в составе эскадры.
17 сентября 1909 г. «Кайзер Барбаросса» вывели из состава 1-й эскадры и стали использовать как корабль-базу резервного соединения Балтийского моря, в котором уже состояли почти все его систершипы, за исключением линкора «Кайзер Фридрих III».