Однако Наср нарушил договор и, когда Махмуд был занят в Индии, вторгся в Хорасан, где поначалу не встретил серьезного сопротивления. Махмуд вернулся и нанес поражение Насру, который тогда обратился за помощью к своему соправителю восточной части караханидских владений, Юсуфу ибн Гаруну, члену другой ветви царского рода, который в источниках известен как Кадыр-хан. В то время Кадыр распространял ислам в Хотане и повсюду в Синьцзяне, одновременно наращивая этим свое собственное могущество. Новая армия была собрана и вновь вторглась в Хорасан. Караханиды снова потерпели поражение близ Балха в 1008 г., и эта катастрофа привела к внутренним конфликтам между членами двух ветвей рода.
У нас нет возможности проследить внутренние раздоры Караханидов, однако Наср ибн Али правил Бухарским оазисом, как и другими районами Трансоксианы, до самой своей смерти в 1013 г. Ему наследовал другой брат, Мансур ибн Али, которому удалось сохранить пост великого кагана в 1015 или 1016 г. Примерно в то же время мы находим некоего аль-Хусейна ибн Мансура, правившего Бухарой, и, хотя точных свидетельств не существует, мы можем рассматривать его как сына Мансура ибн Али. Однако этот сын Мансура находился под юрисдикцией своего дяди Мухаммеда ибн Али, который занял место своего брата Мансура, когда тот заявил свои права на пост великого кагана. А тем временем между Газневидами и Караханидами царил мир.
Однако в 1017 г. Махмуд Газни переправился через Окс и захватил Хорезм. Караханиды довольно долго улаживали свои разногласия, прежде чем послать против Махмуда объединенную армию, но снова были разгромлены в 1019 или 1020 г. Это поражение разорвало союз и породило новые проблемы во владениях Караханидов. На сцену вышел новый правитель, некий Али-тегин, или Али ибн аль-Хасан, – возможно, сын Гаруна, то есть аль-Хасана ибн Сулеймана, или Бугра-хана, захватившего Бухару в 992 г. Этот Али-тегин был членом второстепенной кашгар-хотанской ветви правившего караханидского рода. Прицак реконструировал историю Али-тегина, который, по всей вероятности, правил Бухарой до 1015 г., пока не был смещен Мухаммедом ибн Али и аль-Хусейном ибн Мансуром, о чем упоминалось выше. Эта реконструкция основана на изучении чеканки монет. В 1020 г. Али-тегин вернулся в Бухару и, при помощи сельджуков под предводительством Исраила, или Арслана ибн Сельджука, смог нанести поражение армии Мухаммеда ибн Али. Али-тегин продолжал править Бухарой вплоть до самой своей смерти в 1034 г.
Запутанность системы титулов Караханидов приводила иноземцев в замешательство, и это, естественно, отражено в литературных источниках. Мы имеем дело с тремя феноменами – с мусульманским именем правителя, его тюркским титулом или рангом (Бугра, Арслан и т. д., упомянутыми выше) и, наконец, с его исламским лакабом, почетным эпитетом. Последний должен был быть сугубо персональным; например, Махмуд Газни получил от халифа Багдада лакаб «Ямин аль-Даула», и в арабских и персидских исторических трудах он обычно известен именно по этому лакабу. Однако Караханиды, по всей вероятности, уравняли арабские лакабы со своими тюркскими титулами, поскольку обычно они не получали их в качестве почетных эпитетов от халифа. Таким образом, на бухарских монетах с 1021 по 1025 г. имеется легенда «Баха аль-Даула Яган-тегин», что должно относиться к Али-тегину. После 1025 г. он сменил тюркскую часть титула на Арслан Илик, что означало расширение его власти. Теперь он управлял как Бухарой, так и Самаркандом.
Махмуд Газни снова вмешался в дела Караханидов и переправился через Окс. Юсуф Кадыр-хан стал великим каганом, однако Али-тегин и его брат, Ахмед ибн аль-Хасан, отказались признать его верховным правителем, и вместо этого Ахмед аль-Хасан сам объявил себя великим каганом. Он захватил Баласагун, а также Озкенд, поэтому Юсуф Кадыр-хан обратился к Махмуду за помощью. Махмуд и Юсуф Кадыр-хан заключили союз и закрепили его родственным браком своих детей. Вскоре, в 1025 г., Махмуд нанес поражение сельджукским союзникам Али-тегина и взял в плен Исраила. Али-тегин бежал в степи, однако потерял своих дочь и жену, попавших в плен к Газневидам. Однако Махмуд вскоре оставил Трансоксиану, и Али-тегин вернулся в Бухару. Но его брат Ахмад переметнулся к Юсуфу и признал его верховенство, тогда как Али-тегин этого не сделал.
Могущество Али-тегина продолжало расти, пока Масуд, сын и наследник Махмуда, не выслал против него армию под предводительством своего вассала, правителя Хорезма. Сельджуки снова поддержали Али-тегина, который в 1032 г. одержал победу над Газневидами и хорезмийцами. Двумя годами позднее Али-тегин умер, и ему наследовал сын, Юсуф ибн Али. Юсуф начал было военные действия против Масуда, но затем разорвал отношения со своими старыми союзниками, сельджуками, которые подняли мятеж и сначала двинулись в Хорезм, но затем ушли оттуда в Хорасан. Юсуф, потеряв своих прежних союзников, заключил мир с Масудом Газни.