Впервые в жизни Гейдрих стал неограниченным правителем целой страны. Здесь, в Богемии и Моравии, он хотел претворить в жизнь свое видение государства СС. Протекторат должен был стать образцом для всех стран, оккупированных нацистской Германией.
Но сначала ему нужно было сломить сопротивление населения. Он распорядился создать в Терезиенштадте «образцовое гетто для престарелых», которое было превращено в промежуточный лагерь для фабрик смерти на Востоке. Вскоре после прибытия Гейдриха начались депортации.
Как представлял себе новый тиран будущее своего нового удела, узнала группа тщательно отобранных слушателей через несколько дней после его появления в пражском дворце Чернин, резиденции «администрации протектората». Каждого присутствовавшего в зале строго обязали к конфиденциальному молчанию. Однако то, что задумал посланник Гитлера, разнеслось по Праге с быстротой молнии.
Сказанное Гейдрихом своим пособникам больше напоминало акт объявления войны. По его мнению, есть две задачи, которые ждут своего решения: «ближайшая задача военного времени» и «последующая задача заключительного этапа». Сейчас, пока идет война, «мне нужен мир в крае с тем, чтобы рабочий, чешский рабочий, отдавал здесь в полной мере всю свою трудовую энергию ради военных побед Германии». Далее он продолжал: «Для этого, естественно, чешским рабочим следует давать столько корма, прошу извинить за прямоту, сколько необходимо для их работы с полной отдачей сил».
В своей речи, исполненной ненависти к «чешскому сброду», Гейдрих открыто признал, что он вовсе не рассчитывает на проявление симпатий к своей персоне со стороны населения. Было бы очень глупо на это надеяться. Однако он верит, что чехам следовало по достоинству оценить его заботу, которая, по крайней мере, гарантирует трудящимся льготы в виде повышенных пайков на продукты питания. А то, какую ненависть разжигали его смертные приговоры, ему и в голову не приходило. Где бы ни появлялся «пражский вешатель», он чувствовал себя уверенным и неуязвимым. «А зачем моим чехам стрелять в меня?» — спрашивал он Альберта Шпеера, который поражался тому, как Гейдрих беспечно разъезжал в открытом кабриолете по Праге. Гейдрих был твердо убежден, что сумел «умиротворить» страну при помощи кнута и пряника.
16 ноября 1941 года он сообщал «секретарю фюрера» Мартину Борману об обстановке в «протекторате»: «Силы сопротивления в основном парализованы, и их преследование продолжается. Но угроза восстановления его руководства для возобновления враждебных действий еще остается. Интеллигенция неисправима, настроена враждебно, вплоть до ненависти. Внешне услужлива и непомерно учтива. Молодежь находится под абсолютным влиянием учителей и в своем большинстве поражена шовинистическими настроениями. Рабочий остался аполитичным и в известной степени независимым по условиям жизни и материальному обеспечению. Руководящие круги пугливы и подобострастны, однако пытаются с помощью бесконечного дружелюбия и предупредительности избегать худшего даже в незначительных мелочах и с дальним прицелом на будущее сохранить для Чехии хотя бы то немногое, из чего тем не менее можно было бы потом развить нечто самостоятельное. На таком же уровне находятся попытки втереться в доверие с помощью общественных и человеческих взаимоотношений».
Богатая историей Прага казалась Гейдриху «более немецкой, чем Нюрнберг» и служила источником его интереса к истории. Он восхищался полководцем Альбрехтом Валленштейном (1583–1634), который со своими кирасирами утопил в крови восстание в Богемии. Валленштейн был для него олицетворением неразрывной связи Праги с германской империей. Некоторые совпадения интересов и характера Гейдриха и Валленштейна были совершенно случайны. Например вера Гейдриха в «естественное единство Богемии и Моравии с империей». Легендарного чешского князя Вацлава (903–935) и полководца Валленштейна, которые погибли от рук заговорщиков, он считал историческими личностями общей германской традиции.
В надменной, императорской позе Гейдрих принял в часовне Вацлава пражского собора святого Вита, святыне чешского духа, из рук госпрезидента Эмиля Хаха семь ключей от княжеской казны и короны святого Вацлава, чтобы затем три из них с пренебрежительным. видом вернуть под личный надзор президента со словами: «Примите это как знак доверия и долга одновременно».
Гейдрих действительно верил, что тот, кто так поступает, заслуживает всеобщего уважения. Однако 27 мая 1942 года на крутом дорожном повороте в Либене, предместье Праги, он убедится в обратном.