Чапаевцев под Уфой контратаковали части 4-й и 8-й дивизий, это были обычные крестьяне и горожане, как добровольцы, восставшие против советской власти летом 1918 года, так и мобилизованные. Неудача этой атаки — следствие не только ее плохой подготовки, но и вызванных кинжальным огнем чапаевцев потерь и растерянности бойцов, часто остававшихся без офицеров и даже унтеров. Комиссар 220-го Иваново-Вознесенского полка Ефим Капустянский описывал этот бой по горячим следам: «9 июня в 10–11 часов неприятель двинулся восемью цепями на наш полк. Несмотря на то что не спали две ночи и не имели два дня ни крошки хлеба во рту, наши солдаты дрались как львы. После боя подтвердилось, что были уничтожены три неприятельских полка: 15-й Михайловский, 14-й и 16-й Уфимские во главе со всеми командирами — убитыми, ранеными и попавшими в плен, а также присланные на поддержку 29-й и 31-й полки, бежавшие в панике, несмотря на останавливающий их нагайками 5-й кавалерийский полк, который также в панике бежал».
Панический характер отступления 4-й и 8-й дивизий и полное уничтожение большинства полков, участвовавших в контратаке утром 9 июня, — большое преувеличение. Это был поспешный, но все же организованный отход. Однако человек, принимавший непосредственное участие в боях с белыми, каппелевцев в рядах противника не заметил. Фрунзе в своих донесениях также указывал, что против чапаевцев действуют 4-я и 8-я дивизии белой армии и сибирские казаки и не упоминал о присутствии Волжского корпуса на этом участке.
Белые не были разгромлены и не потеряли боеспособности, тем не менее успех Красной армии был налицо. Выдающуюся роль в нем сыграли 25-я дивизия и личное участие в бою ее командиров, в том числе Василия Чапаева. Известный военный специалист и военный историк Николай Какурин в книге «Как сражалась революция» писал: «В ночь с 8-го на 9 июня попытки наших частей переправиться через р. Белую на остальных участках по-прежнему не увенчались успехом, а между тем противник, сосредоточив сильные резервы, усиленно атаковал наши части, переправившиеся у Красного Яра. Одно время здесь назревал благоприятный для него перелом, когда некоторые полки 25-й дивизии поколебались и осадили на переправы, но личный пример командования и начальников скоро увлек их вперед, тем более что противник в своих контратаках, по-видимому, истощил свои последние усилия, и к вечеру 9 июня части Красной армии вновь вступили в Уфу. Окончательным своим результатом, благоприятным для красного оружия, Уфимская операция обязана 25-й стрелковой дивизии, на которую и пала вся тяжесть боев за Уфу. Этот успех достался ей не даром: за два дня боя она потеряла около 2 тыс. человек… Потери противника были еще больше и по приблизительным подсчетам достигали 3 тыс. человек. Окончательно надломленный и очистивший уже Уфу противник некоторое время упорно еще держался против Ударной группы Туркестанской армии, препятствуя до 16 июня ее попыткам переправиться через Белую».
Взятие Уфы было значительным успехом: занят крупный город и железнодорожный узел, в котором захвачены значительные запасы военных материалов и миллионы пудов продовольствия, необходимого Красной армии для дальнейшего продвижения на Урал. 10 июня Михаил Фрунзе отмечал в приказе по Южной группе Восточного фронта: «9 июня после ряда упорных боев доблестными полками 25-й стрелковой дивизии взята Уфа. Нами взято много пленных, пулеметов, оружия. Разбитый и понесший огромные потери противник обращен в бегство и спешно уходит на северо-восток…»
В письме в Иваново-Вознесенский губком партии Фрунзе писал о выдающейся роли 220-го стрелкового полка, сформированного из рабочих города; командарм отметил, что полк первым переправился через реку и преодолел с непрерывными боями 25 верст, несмотря на сильное сопротивление противника и недостаток патронов. Исключительную стойкость «ткацкого» полка отмечал в своих приказах и Чапаев.
10 июня неоправившийся от контузии Фрунзе прибыл в Уфу, где его встретили раненый Чапаев и Фурманов. Командарм, не дождавшись окончания рапорта, попытался отчитать начдива за несоблюдение рекомендаций врачей, а комиссара — за нежелание повлиять на командира. Чапаев ответил: «Я, Михаил Васильевич, как предписали врачи. Они, точно, предписали мне покой. Но я так понимаю, что покой мне будет только в Уфе, среди своих бойцов. А военком не мог согласиться со мной, когда я приехал, он же не мог меня беспокоить… Даже не спорили…» Чапаев перешел в наступление и, в свою очередь, упрекнул Фрунзе и Тронина за то, что они прибыли в Уфу, не оправившись после боевых ранений.