Чапаев месяцем раньше напомнил об обещании Реввоенсовета наградить первые два полка дивизии Революционным Красным знаменем. Ответ получился немного неожиданным: через месяц, в июле 1919 года, красные знамена получили все девять стрелковых полков и кавалерийский дивизион 25-й дивизии. В приказе о награждении значилось: «С непоколебимой революционной верой в победу эти полки и дивизион в течение нескольких месяцев вели ожесточенные и кровопролитные бои, которые привели к разгрому Уральской казачьей армии генерала Савельева (в действительности — Мартынова. —
Вскоре после завершения боев под Уфой Фрунзе представил к награде Чапаева и Кутякова за руководство частями дивизии и личное мужество в боях с конца апреля до середины июня 1919 года. Реввоенсовет удовлетворил ходатайство командарма, но изменил формулировку награждения. Орден Красного Знамени Чапаев получил «по совокупности заслуг» 1918 и 1919 годов. В приказе о награждении значилось: «Соорганизовав по революционному почину отряд, в течение мая, июня, июля, августа и сентября 1918 г. упорно оборонял Саратовско-Николаевский район сначала от нападения уральских казаков, а потом и чехословаков… Всегда предводительствуя своими частями, он храбро и самоотверженно сражался в передовых цепях, неоднократно был ранен и контужен, но всегда оставался в строю. Благодаря его умелым маневрам Александрово-Гайской бригадой были разбиты казачьи банды генерала Толстова, что дало возможность овладеть Уральской областью. Назначенный начальником 25-й стрелковой дивизии в дни катастрофического положения Самары, когда противник отстоял от нее в двух переходах, он с дивизией был выдвинут в центр наступающих сил противника под Бугуруслан. Настойчивыми стремительными ударами и искусными маневрами он остановил наступление противника и в течение полутора месяцев овладел городами Бугурусланом, Белебеем и Уфой, чем и спас Среднее Поволжье и возвратил Уфимско-Самарский хлебный район. В боях под Уфой (8 июня сего года) при форсировании р. Белая лично руководил операцией и был ранен в голову, но, несмотря на это, не оставил строя и провел операцию, закончившуюся взятием г. Уфа».
Уфимская операция завершилась для Красной армии как нельзя вовремя. Фрунзе не случайно торопился с наступлением, он знал, что в ближайшее время ему придется вывести с передовой значительные силы, чтобы помочь войскам других фронтов. На правом фланге Восточного фронта активизировались уральские казаки. На Южном фронте и под Петроградом белые перешли в наступление и нанесли серьезные поражения Красной армии. Это требовало спешного вывода в резерв и переброски боеспособных резервов на угрожаемые направления. Ситуация обеспокоила высшее руководство Советской России. В ответ на возражения Реввоенсовета Восточного фронта об изъятии соединений Ленин писал: «Сильное ухудшение под Питером и прорыв на юге заставляют нас еще и еще брать войска с Вашего фронта. Иначе нельзя…»
31-я стрелковая дивизия спешно перебрасывалась на Южный фронт, башкирская конница и две бригады 2-й стрелковой дивизии — под Петроград. 25-й дивизии предстояло возвращение на привычный театр военных действий — Уральский фронт.
Возвращение к Уральску