Одним из вдохновителей анархистов в столице являлся Казимир Ковалевич. Он возглавлял в 1918 году вооруженные ограбления Военно-законодательного Совета, Монпленбежа и Центротекстиля. Ковалевич и его единомышленники намеревались организовать вооруженное сопротивление Советской власти в масштабах всей страны, скоординировать разрозненные выступления анархистов в разных городах, подчинив их единой цели — свержению диктатуры пролетариата. И в первую очередь надежды главарей анархизма в Москве полагались на Махно и его многочисленные бандитские отряды.
На одном из тайных совещаний лидеров столичных анархистов было принято решение о создании нелегальной, глубоко законспирированной организации под названием «Всероссийская организация анархистов подполья». Центральное место в деятельности организации отводилось боевикам. В их задачу входило добывание оружия и взрывчатых средств, организация экспроприации (так анархисты называли вооруженные ограбления банков, магазинов и других государственных учреждений), подготовка и совершение террористических актов против В.И. Ленина и других руководителей Коммунистической партии и Советского государства. Большое внимание руководство организации уделяло вопросам конспирации, стремясь до минимума свести вероятность провалов. Все участники организации объединялись в семерки. Только один из членов каждой семерки мог быть связан с кем-либо из руководящего ядра. Приобретались явочные квартиры, они использовались для связи между участниками, укрытия членов организации.
На организационном собрании руководители анархистского подполья приняли решение создать отделения на Урале, в Сибири, Уфе, Брянске, Самаре и в других городах страны и направить туда своих уполномоченных.
Весной 1919 года руководители организации посылают со специальной миссией на Украину к Махно Марию Никифорову, а в мае в Харьков к «батьке» отправился и сам Казимир Ковалевич. Они сообщили Махно о создании организации и получили от него полное одобрение своих планов. Итогам переговоров явилась выработка единой политической линии борьбы с Советской властью. Было принято решение «начать бить по центру», что означало подготовку и осуществление основных ударов — взрывов и террористических актов — прежде всего в Москве. С этой целью московские группы анархистов были усилены махновцами. В столицу приезжает известный в анархистских кругах боевик-«экспроприатор» Соболев. Ковалевич и Соболев устанавливают тесные контакты с левыми эсерами, обсуждают с ними «текущий момент», пытаются договориться о совместных действиях. Кроме того, Ковалевич подыскивает конспиративные квартиры, вербует новых членов подполья, организует печатание и распространение контрреволюционной литературы.
Анархисты в этот период не только решали организационные вопросы, но и приступили к незамедлительному практическому осуществлению своих планов. В июле — августе 1919 года они совершили налеты на ряд московских банков, контор, правлений кооперативных товариществ.
Конечно, преступления анархистов не оставались безнаказанными, многие бандиты были арестованы, судимы. Но, несмотря на самоотверженность, мужество и героизм чекистов, несмотря на помощь трудящихся, нанести по анархистскому подполью в столице решающий удар в летние месяцы 1919 года не удалось.
Тем временем «Всероссийская организация анархистов подполья» усиленно готовилась к осуществлению взрыва в Московском Кремле-. Главари анархистов планировали приурочить его к годовщине Октябрьской революции. С этой целью они предпринимают меры к тому, чтобы получить образцы пропусков в Кремль. Приобретаются бланки паспортов и других документов, изготавливаются печати. В Москву тайно небольшими количествами ив разных городов страны анархисты доставляют взрывчатку. Для хранения оружия и боеприпасов анархисты снимали дачу в подмосковном поселке Краснове, здесь же размещалась и их подпольная типография.
Вечером 25 сентября 1919 года во время заседания в помещении Московского комитета РКП (б) в Леонтьевском переулке, где собрались ответственные партийные работники столицы, раздался взрыв. Погибло двенадцать человек, в том числе секретарь Московского комитета партии В.М. Загорский. На этом заседании собирался присутствовать В.И. Ленин, но не смог приехать.
Получив сообщение о террористическом акте, ВЧК и МЧК немедленно начали розыск преступников. Постановлением исполкома Московского губернского Совета Московская губерния была объявлена на военном положении. По указанию Ф.Э. Дзержинского практически все московские чекисты были мобилизованы.
В те дни большинство сотрудников Особого отдела МЧК работали круглосуточно. Спали по очереди, по два-три часа в рабочих кабинетах. Феликс Эдмундович вызывал к себе Евдокимова несколько раз в сутки, интересовался предпринимаемыми мерами, высказывал рекомендации.
Вначале чекисты придерживались версии, что взрыв в Леонтьевском переулке был совершен белогвардейцами как месть за аресты участников «Национального центра». Но никаких; доказательств тому так и не поступило, розыск не давал результатов.