Многолетняя деятельность месопотамских ученых завершилась созданием собственного варианта Талмуда. При этом, необходимость собирания и записи Гемары в Вавилонии была вызвана не столько преследованиями, сколько огромным нагромождением накопленного материала, который был несравненно обширнее палестинского. Объединение Гемары с Мишною совершалось здесь более спокойно, продуманно и планомерно. Эта работа была постепенно совершена тремя поколениями местных амораев. Начало ей положил знаменитый законоучитель Мар бар рав-Аши из Суры (370–427). Его школа занимала тогда первенствующее положение в Вавилонии. Человек богатый и влиятельный, рав-Аши напоминал собой патриарха Йегуду ха-Наси. Вся его многолетняя деятельность была проникнута одним стремлением – упорядочить и объединить накопившийся в вавилонских школах законодательный материал и связать его с Мишной основного устного учения. Для этой цели рав-Аши держался в своих лекциях определенной системы: он излагал галахические тексты Мишны в связи с относящимися к ним разъяснениями и толкованиями вавилонских амораев, то есть, в связи с Гемарою. В течение тридцати лет была таким образом изложена в лекциях вся Мишна вместе с Гемарою – и еврейские ученые увидели перед собою, вместо беспорядочной массы разнообразных толкований и прений, связную систему, в которой можно было проследить постепенное развитие каждого закона через три его стадии – Тору, Мишну и Гемару. В источниках нет указаний на то, приступил ли сам рав-Аши к письменному изложению своего сборника, или ограничился устной систематизацией. Но так или иначе, он, несомненно, был тем человеком, который положил основание Вавилонскому Талмуду. (В традиции имя рав-Аши ставили в один ряд с Йегудой ха-Наси; считалось, что тот надстроил над Торою второй этаж – Мишну, а рав-Аши воздвиг третий этаж – Гемару). Труд этот был завершен уже после его смерти, в конце V в., группой ученых иудеев под руководством ректора Сурской школы Равина бар-Гуна. Он считается последним великим амораем, и год его смерти – 500 г. после Рождества Христова – признается годом заключения Талмуда. Хотя редакторская работа над ним продолжалась приблизительно до 530 г., никаких принципиальных изменений в текст уже не вносилось.
Вавилонский Талмуд состоит он из шести отделов и 65 трактатов по числу отделов и трактатов Мишны. При этом за каждой лаконичной статьей Мишны, занимающей несколько строк, следуют пространные, часто на многих страницах, объяснения Гемары. Последняя имеется, правда, только к 37 трактатам Мишны. Без комментариев Гемары осталась большая часть трактатов в отделах Зераим и Тегарот, содержащих упраздненное законодательство об аграрных делах, храмовых приношениях и ритуальных очищениях. Что касается действующего законодательства – религиозного, гражданского и уголовного – то оно представлено в Талмуде в самом полном и разработанном виде. Благодаря своей полноте и сравнительной систематичности изложения Вавилонский Талмуд со временем совершенно заслонил собой неполный и отрывочный Иерусалимский Талмуд. Именно он стал общеупотребительным школьным руководством, источником законоведения и практического законодательства.