Во время Отечественной войны 1941–1945 гг. коллегиум сгорел; в 1952–1954 гг. была произведена его реставрация. Во время этих работ была найдена закладная керамическая доска (51X58 см) с великолепным рельефным растительным орнаментом, напоминающим по стилю орнамент гравированных заставок Алфавита, изданного в черниговской типографии в 1702 г., с гербом гетмана Мазепы и со следующей надписью: «Сей храм создань Божим благословением и прещедрим даянием и иждивением от ясне вельможного пана Иоанна Мазепы славного войск Российских гетмана. Над тисяща в симсотном року здать начася и втором поспишеством божим скончася» (ил. 28).
Архитектура коллегиума очень выразительна и полна своеобразия, усиливаемого противопоставлением неподвижного объема двухэтажного корпуса мощной вертикали башни- колокольни (ил. 26–27).
Архитектура восточной части здания проще и сдержаннее объема башни-колокольни. Гладь ее стен оживлена только фигурными фронтончиками над порталом, окнами второго этажа да горизонтальным карнизом на уровне сводов. На южном и северном фасадах дома как в нижнем, так и верхнем ярусе часто расположенные окна, обрамленные колонками и увенчанные сложными фигурными фронтончиками, образуют как бы две декоративные полосы. Архитектурные детали низа здания выполнены более тонко и деликатно, чем верхи. Между окнами нижнего яруса южного фасада устроена плоская ниша, украшенная наличником, колонками и фронтоном. Висячий аркатурный колончатый фриз дополняет архитектурную композицию этой части фасада. Ритм его арочек затем продолжается в криволинейных очертаниях многолопастных фронтончиков окон. Сочетание разнообразных фигурных элементов с четкими вертикальными линиями колонн наличников и горизонтальными линиями карниза придает стене средней части здания вид узорчатого ковра.
Западная часть коллегиума представляет собой живописную четырехъярусную башню, состоящую из нижнего кубического двухэтажного объема и двухъярусной колокольни. Колокольня восьмигранная, в нижней своей части имеет венчание сложного очертания, образующееся как бы из восьми полуцилиндров и напоминающее завершение церкви Иоанна Предтечи в селе Дьяково под Москвой.
Массивное основание черниговского коллегиума изобилует архитектурным узорчатым декором. Ему противостоят гладкие объемы двух верхних ярусов венчания. Вертикальные линии граней восьмерика хорошо гармонируют с волнообразным ритмом профилированной тяги, подобно меандру опоясывающей арочные окна. В верхнем ярусе отдельные узкие окна фланкируются тоненькими полуколонками, опирающимися на кронштейны в виде стилизованной конской головы. Над окнами возвышаются сложной формы фронтончики, между которыми проходит фриз квадратных нишек с розетками и двумя сюжетными рельефами с изображением Богоматери Знамение и Спаса Нерукотворного (ил. 30). Обрисованные прозрачной светотенью, эти архитектурные элементы четко читаются на фоне сверкающих белизной стен. Им вторят мерцающие в солнечные дни красочные керамические вставки во фронтончиках. Мастер виртуозно владел сложным арсеналом художественных средств и создал произведение большой свежести, оригинальности и приподнятости.