С переселением Черноморского войска на Кубань перешло с ним старинное сечевое устройство — кош и курени. Кош, с его кошевым атаманом и большим знаменем, представлял феодального воеводу, а курени, с их куренными атаманами и малыми хоругвями, стояли на ноге вассальных дружин. Такой уряд продолжался около десяти лет, и это время обозначается в воспоминаниях казаков лаконизмом:
Сообразно с двойственным состоянием казака, поселянина и воина, войско имеет двоякое учреждение — гражданско-военное. По гражданской и по военной частям, в совокупности, управляет войском наказный атаман. Он состоит в правах и обязанностях гражданского губернатора и начальника дивизии. Как Черноморское войско входит в состав кавказской армии, то наказный войсковой атаман подчиняется главнокомандующему кавказской армией и наместнику кавказскому, находясь в ближайшей зависимости от командующего войсками правого крыла Кавказской линии. Учреждения, посредством которых атаман управляет войском, составляют две параллели, соприкасающиеся на многих точках и сливающиеся в последней, ближайшей к казаку инстанции — станичном правлении. Параллель гражданскую составляют: войсковое правление, совмещающее в четырех своих экспедициях предметы действий губернского правления, гражданской палаты, палаты государственных имуществ и казенной палаты, с прибавкой частей провиантской и комиссариатской; потом окружные суды (уездные суды и уездные казначейства); ниже их сыскные начальства (земские суды); и наконец станичные правления. Военную параллель составляют: войсковое дежурство с начальником штаба; при нем военно-судная комиссия, заменяющая палату уголовного суда; потом окружные дежурства, с начальниками военных округов, и при них военно-судные комиссии; наконец, опять станичные правления. По обеим параллелям вместе войсковой атаман — высший распорядитель, а станичные атаманы — низшие исполнители.
По военно— и гражданско-медицинской части войсковой атаман действует чрез войсковую врачебную управу, которой одинаково подчинены как гражданские, так и военные медицинские чины, врачебные и богоугодные заведения.
По управлению таможенной заставой портового города Ейска начальнику войска присвоены права и обязанности таможенного окружного начальника.
По управлению кордонной линией и мирными горцами, соседственными с Черноморьем, равно как по заведованию не принадлежащими войску, но в нем находящимися учреждениями и чинами провиантского комиссариатского и артиллерийского ведомств, атаман носит звание командующего Черноморской кордонной линией.
По гражданскому и военному, в совокупности, учреждению своему войско разделено на три округа: Екатеринодарский, Таманский и Ейский. Окружные власти первого из этих округов находятся в городе Екатеринодаре, второго в курене Полтавском и третьего в курене Уманьском.
За исключением портового города Ейска и немецкой колонии Михельсталь, все жители Черноморья принадлежат к военному состоянию, из которого не могут переходить ни в какие другие состояния в государстве.
Военную силу войска составляют: 1 дивизион лейб-гвардии, 12 полков конных, 9 батальонов пеших, 3 батареи конной и 1 рота, в тройном составе, пешей гарнизонной артиллерии.
Кроме полевой и гарнизонной артиллерии, находятся еще три конно-ракетных батареи, по восьми станков в каждой. Они состоят при конных полках, и для действия ими приучаются люди из полков. Особенных же личных составов для них не положено.
Полки шестиэскадронного, батальоны четырехротного, батареи восьмиорудийного составов. В тройном составе гарнизонной артиллерийской роты, размещенной по всему протяжению кордонной линии и пограничных куреней, числится 607 человек и 65 орудий, разного калибра и происхождения, на крепостных, полевых и неопределенных лафетах. Всех же чинов: в коннице более 11 тыс., в пехоте около 10 тыс. и в артиллерии более 1200; итого более 22 000 человек. Полевых медных артиллерийских орудий 24.
Сверх того находится в гарнизоне перечисленных из полевой во внутреннюю службу: урядников до 250 и казаков более 5000 человек. В нужных случаях они являются на линию наравне с чинами полевой службы.
По числу жителей мужеского пола, приходится на каждые 60 душ около 25 служивых чинов.