Необходимо отметить, что действия самих блокадных сил протекали далеко не в идеальных условиях. Нашей стороне достаточно скоро стало известно о появлении катеров и подлодок, а воздушная разведка вскрыла их место базирования – Ялту. Почти каждую ночь, начиная с 29 мая, данная база подвергалась ударам самолетов ВВС ЧФ, в результате чего трижды получали повреждения итальянские торпедные катера и дважды подлодки. Обеим лодкам пришлось уйти на ремонт в Констанцу, прервав участие в операции. Но наиболее крупным успехом, безусловно, стало ночное нападение 13 июня на порт торпедного катера Д-3, в результате которого была уничтожена сверхмалая подлодка СВ-5. Попытка повторить успех в ночь на 18-е набегом двух катеров, к сожалению, успехом не увенчалась. 15 июня итальянское командование было вынуждено отдать приказ об уходе катеров и подлодок из порта на период темного времени и маскировку под берегом, поскольку никаких других возможностей уберечь свои силы от потерь у него не было. Все это стало одной из главных причин снижения активности итальянского соединения во второй половине июня. Базы, из которых действовали немецкие катера – Констанца, Скадовск и Ак-Мечеть, – находились дальше от Севастополя и ударам наших сил не подвергались. В целом же, по нашему мнению, участие вражеского москитного флота в блокаде Севастополя оказалось слишком запоздалым и малоэффективным и по большому счету не окупило потраченных на создание этого флота средств. Тем не менее, поскольку с падением Севастополя война на Черном море не закончилась, катера и подлодки пригодились противнику позднее.
После 27 июня к мысу Херсонес из наших сил продолжали ходить только быстроходные тральщики и сторожевые катера, а также подводные лодки. Последние совершили в течение мая – июня 80 транспортных походов, из которых 68 завершились доставкой груза в место назначения. Подводники перевезли 3,7 тыс. т груза, в последние дни обороны в среднем 105 т ежедневно. При этом их экипажам приходилось проявлять большое мужество. Довольно широкую известность получил подвиг служившего на М-32 старшины Н. К. Пустовойтенко, который в условиях тяжелого отравления парами бензина и угарным газом, из-за чего вышел из строя весь остальной экипаж, сумел обеспечить всплытие своей подлодки в назначенное время для возвращения из Севастополя в Новороссийск.
В то же время необходимо отметить, что сама организация наших перевозок находилась далеко не на высоте. Движением боевых кораблей и подлодок по одному и тому же фарватеру толком никто не управлял. В результате 18 июня Л-23 из 1-й бригады столкнулась под водой с А-4 из 2-й бригады, причем каждый из командиров посчитал, что столкнулся с субмариной противника, поскольку командование их уверило, что своих кораблей здесь быть не могло. Лодки, находившиеся у Херсонеса в момент объявления эвакуации СОРа, за исключением двух, не смогли принять участия в спасении защитников главным образом потому, что пытались уклоняться от своих же сторожевых катеров, о выходе которых из Новороссийска подлодки не информировались. В результате субмарины смогли спасти всего 23 человека (не считая Щ-209 и Л-23, которые в ночь на 1 июля эвакуировали 205 человек командного состава СОРа).
Несколько слов нужно сказать о проведении объявленной 30 июня эвакуации войск СОРа. До 2 июля из бухт Херсонеса ушли катера ОВРа главной базы (три СКА, 13 КАТЩ, несколько других катеров и плавсредств), на которых удалось спастись 304 бойцам. Один сторожевой катер и шесть катеров-тральщиков погибли или пропали без вести на переходе. Собственно сама эвакуация началась 1 июля, когда из Новороссийска к Херсонесу направились четыре быстроходных тральщика и 10 сторожевых катеров. Дошли и смогли принять людей в ночь на 2 июля два тральщика и семь катеров. Из их числа два сторожевых катера на обратном пути были потоплены «шнелльботами», остальные смогли вывезти от 750 до 800 человек. Четыре вернувшихся катера имели серьезные повреждения от ударов немецкой авиации и были вынуждены стать в ремонт. Планировалось, что в следующую ночь в спасательной операции примут участие семь катеров, но дойти смогли лишь пять, спасшие от немецкого плена еще от 350 до 400 бойцов и командиров. На этом командование ЧФ решило эвакуацию прекратить, в связи с чем в ночь на 4 июля корабли к Херсонесу не высылались. В дело вмешался Генеральный штаб, который на основании докладов сухопутных командиров о количестве остававшихся на Херсонесе людей потребовал приложить все усилия к их спасению. В ночь на 5 июля у Херсонеса находились три, в ночь на 6-е и 7-е по шесть сторожевых катеров, которым удалось снять с подручных плавсредств (берег уже был оккупирован противником) 21 человека. На этом эвакуация прекратилась окончательно.