15 ноября подводная лодка была погружена на специальную железнодорожную платформу и отправлена во Владивосток, куда прибыла 29 декабря 1904 года. Во Владивостоке «Сом» была окончательно собрана, испытана и готова к плаванию 1 февраля 1905 года, однако ее боевое использование задержалось из-за отсутствия торпед. Русским правительством для подводных лодок иностранного производства были заказаны на заводе Шварцкопфа в Берлине 75 торпед калибром 45 см и длиной 355 см.
9 февраля к Владивостоку близко подошли японские корабли. Подводной лодке «Сом» был дан приказ выйти в море и атаковать неприятеля, но из-за отсутствия торпед приказ пришлось отменить. В этот период подводная лодка отрабатывала Боевые задачи, принимала участие в учении по преодолению противолодочных сетей. Командир подводной лодки «Сом» в своем рапорте писал:
Торпеды прибыли во Владивосток только 29 марта. Боевая деятельность подводной лодки «Сом», как и других подводных лодок, сводилась к несению дозорной службы, ведению ближней разведки и охране своего побережья в районе Владивостока. Подводная лодка «Сом» за шесть месяцев Боевых действий прошла 1318 миль над водой и 93 мили под водой, удалялась от Владивостока на расстояние до 120 миль. Наибольшая продолжительность пребывания подводной лодки в море составила 8 суток, из них под водой 16 часов 35 минут, при наибольшей продолжительности пребывания под водой до 1,5 часов. При ведении разведки и несении дозорной службы русским подводным лодкам в районе Владивостока лишь в одном случае удалось обнаружить японские военные корабли. Это произошло 28 апреля 1905 года, когда подводные лодки «Дельфин», «Касатка» и «Сом» находились в районе бухты Преображения, расположенной в 70 милях от Владивостока. Подводная лодка «Сом», несколько отставшая от других подводных лодок, обнаружила два японских миноносца. Во время погружения для начала атаки подводная лодка «Сом» была обнаружена и обстреляна одним из миноносцев. Попаданий в подводную лодку не было. Погрузившись на глубину двенадцать метров, подводная лодка «Сом» начала маневрировать для выхода в атаку. Подняв через несколько минут перископ, командир увидел, что миноносцы уходят. «Сом» всплыла, чтобы продолжить атаку в позиционном положении, но неожиданно опустившийся туман скрыл миноносцы.
В декабре 1914 года подводные лодки «Сом» и «Щука» срочно погрузили на железнодорожные платформы и вместе с командами отправили в Севастополь, куда прибыли в первой половине января. «Сом» и «Щука» совершили переход из Севастополя в Одессу, где их включили в систему обороны порта. Подводные лодки «Сом» и «Щука» поочередно несли дозорную службу на дальних подступах к порту, вплоть до июля 1915 года.
В июле 1915 года «Сом» была погружена на железнодорожную платформу и отправлена на Балтику в Петроград, откуда своим ходом пришла к новому месту базирования – базу Мариэхамн. «Сом» неоднократно выходила на дежурство утром на рассвете, с темнотой возвращаясь на базу. 10 мая 1916 года в четыре часа утра подводная лодка «Сом», осуществлявшая патрулирование в районе Оландсгафа, погибла при подводном столкновении со шведским пароходом «Ingermanland». Как засвидетельствовал капитан парохода, он заметил перископ, возвышающийся над водой на 1 метр, на расстоянии 150 метров. Подводная лодка шла параллельным курсом, а затем повернула к пароходу. Решив, что его хотят осмотреть, капитан застопорил ход. Перископ внезапно скрылся под воду, а подводная лодка ударила пароход в подводной части. Больше подводная лодка не показывалась. Вместе с подводной лодкой погибла и ее команда– 2 офицера и 16 нижних чинов. Возможно, что капитан парохода преднамеренно протаранил подводную лодку.
В конце июля 2015 года местная организация дайверов – энтузиастов «Ocean X Team», занимающаяся поиском исторических артефактов под водой, при содействии исландской компании подводных работ «Іхріогег» обнаружили у восточного побережья Швеции в полутора морских милях от берега небольшую
Дайверы 27 июля 2015 года оповестили о своей находке вооруженные силы Швеции, которые