Главным оружием Азербайджана было экономическое давление на армянский анклав, находящийся на его территории. Азербайджанцы могли блокировать поставку товаров в Карабах автотранспортом и по железной дороге. Олег Есаян, армянин, возглавлявший социально-экономический отдел администрации Вольского, жаловался, что азербайджанцы разгружают железнодорожные вагоны и забирают грузы еще на подъездах к Степанакерту. Азербайджанцы также полностью контролировали единственный в Карабахе маленький аэропорт недалеко от селения Ходжалы (32). Когда пять лет спустя, в 1994 году, война закончилась, эта битва демографии с географией достигла апогея: армяне использовали свое численное преимущество, чтобы вытеснить всех азербайджанцев из Карабаха; азербайджанцы же воспользовались своим экономическим превосходством и сжали вокруг Карабаха кольцо экономической блокады.
День 18 сентября 1988 года был отмечен невиданным доселе насилием. Толпа азербайджанцев неподалеку от селения Ходжалы напала на колонну советских солдат и армянских мирных жителей, доставлявших продовольствие и товары первой необходимости в Степанакерт. После этого несколько сот армян, вооруженных топорами и охотничьими ружьями, направились к поселку с целью возмездия. Части внутренних войск МВД преградили им путь и остановили большинство нападавших, но некоторым все же удалось прорваться в Ходжалы, и там завязался жестокий бой с азербайджанцами. По меньшей мере два десятка человек получили ранения, двое солдат позже скончались. Это кровавое столкновение возвестило о несчастной судьбе этнических меньшинств в обоих главных городах Карабаха: вскоре всех армян изгнали из Шуши, а всех азербайджанцев – из Степанакерта.
Вольский в это время отсутствовал, и его замещали двое из его команды – Григорий Харченко и Борис Нефедов. Харченко говорил по телефону с Горбачевым и был поражен тем, насколько плохо генеральный секретарь осведомлен о происходящих событиях:
"Вольский находился в отпуске. Мы с Борисом Нефедовым действовали на свой страх и риск. Горбачев был в Красноярске и звонил мне оттуда. В городе полыхали пожары, дома поджигали, на улицах стреляли, появились раненые. Он позвонил и сказал: "Вызывайте Погосяна и членов комитета партии! Скажите им, что, если они это не остановят, они будут исключены из партии!" Я сказал: "Михаил Сергеевич, все они уже давно наплевали на свои партбилеты. Члены комитета и организовали эти выступления! О чем вы говорите? О каких партийных методах вы говорите? Они мешками собирают паспорта и отказываются от советского гражданства". Вольский спешно вернулся в Карабах. Он вспоминает, как его вызвали к горящему дому в Степанакерте, и он помогал сорока азербайджанским детям выбираться из задымленного подвала. Он понял, что необходимо вводить военное положение, но, по его словам, Горбачев не соглашался:
"Было два часа ночи. [Горбачева] разбудили. Поначалу охранники не хотели его будить. Тогда я разозлился и в 9 часов следующего утра выступил по телевидению без санкции Москвы. Я опустил слово "военный" и сказал, что мы временно вводим "особый режим". На время приостанавливалась деятельность всех партий и движений, всех конституционных гарантий… Откровенно говоря, это был единственный правильный тогда шаг".
1989: сползание к насилию
В 1989 году по всей территории Советского Союза прошла волна протестов. После того, как в Грузии, в Балтийских республиках и в Центральной Азии вспыхнули серьезные национальные споры, неутихающий кризис в Нагорном Карабахе сместился на второй план. В это время самый серьезный политический вызов режиму Горбачева был брошен из России. Первый свободно избранный парламент Советского Союза, Съезд народных депутатов, начавший свою работу весной 1989 года, стал форумом для всех новых оппозиционных движений. Зорий Балаян был одним из избранных на Съезд депутатов от Нагорного Карабаха. Он использовал свой статус парламентария для сплочения рядов оппозиции.
В январе 1989 года Москва придала "специальному режиму" Аркадия Вольского статус постоянной администрации. Вольский возглавил "Комитет особого управления Нагорного Карабаха", куда помимо постоянных восьми членов, входили также еще четверо русских, двое армян и один азербайджанец. Местные партийные органы были распущены, а политические митинги и собрания запрещены. Для поддержания общественного порядка вновь созданный Особый Комитет имел в своем распоряжении части внутренних войск МВД численностью в 4 тысячи человек.