Но даже этого оказалось недостаточно, поскольку армяне Карабаха отказались подчиняться новому органу власти. В июле армянские жители Шаумяновского района Азербайджана к северу от Нагорного Карабаха (географически расположенного в равнинной части Карабаха), вступили в борьбу. Местные комитеты партии приняли решение о присоединении к Нагорному Карабаху. Это решение, конечно, сразу было отвергнуто в Азербайджане. 16 августа на митинге в Степанакерте карабахские армяне избрали Национальный Совет из 79 членов, который заявил о принятии на себя всей полноты власти в Карабахе и о намерении сотрудничать с комитетом Вольского только по собственному усмотрению.
Нагорный Карабах разваливался. В регионе было теперь четыре органа власти: Особый Комитет Вольского, две армянские и одна азербайджанская структура. До этого число жертв столкновений было невелико: около десятка человек погибли во всем спорном регионе. Когда жители Карабаха вместо охотничьих и самодельных ружей стали вооружаться боевым стрелковым оружием, количество убитых стало непрерывно расти. "Вторая половина 1989 года началась с раздачи оружия, – вспоминает Вольский. – От этого факта никуда не уйти". Тогда же начали взрывать мосты, блокировать дороги и брать первых заложников. Группа азербайджанцев в Шуше даже взяла в заложники командующего группировкой внутренних войск МВД Юрия Шаталина, и Вольскому пришлось послать бронемашину для его освобождения. Конфликт разгорелся с новой силой осенью 1989 года, когда азербайджанская оппозиция объявила о блокаде ведущей к Карабаху железной дороги и попыталась прекратить поставку армянскому анклаву горючего и продовольствия.
В архиве Политбюро хранится датированное 4 сентября 1989 года постановление, которым оно, по рекомендации двух своих членов, санкционировало новые драконовские меры безопасности. Оба настаивали на том, что "националистические и экстремистские вооруженные формирования" следует "разоблачить" и "разоружить" и предупреждали о возможности "массовых вооруженных столкновений" в Карабахе. Они предлагали, чтобы внутренние войска были заменены частями действующей армии. Помимо всего прочего, Политбюро приняло решение об изъятии у сотрудников милиции автоматического и снайперского оружия, о взятии под охрану складских помещений, где хранятся взрывчатые вещества, а также общественных зданий и аэропортов. Оно уполномочило Министерство обороны обеспечить контроль над всеми видами тяжелого вооружения на территории Азербайджана и Армении (33).
Тем не менее, казалось, на местах ничего не изменилось. В стране задули иные политические ветры, а в Москве Вольский постепенно впал в немилость. Осенью 1989 года советское руководство проявляло куда больше беспокойства по поводу Азербайджана, нежели Армении. В Азербайджане укрепился Народный фронт – и оппозиция, и руководство партии требовали роспуска комитета Вольского и возвращения Карабаха под прямое управление Баку. 28 ноября Верховный Совет СССР официально распустил Особый комитет и выпустил указ о его замене "Организационным комитетом", руководство которым осуществлялось непосредственно из Баку. В течение недолгого времени все оставалось по-прежнему, и Вольский со своим комитетом продолжал работать в Карабахе, сохраняя свои полномочия. Он выехал со своей командой из Карабаха только после событий "черного января" в Баку.
Угроза введения в Карабахе прямого правления Баку, однако, вызвала самую резкую реакцию армян, провозгласивших теперь полное соединение Нагорного Карабаха и Армении. 1 декабря Верховный Совет Армении и карабахский Национальный Совет приняли совместную резолюцию, третий пункт которой гласил: "Верховный Совет Армянской ССР и Национальный Совет Нагорного Карабаха провозглашают воссоединение Армянской ССР и Нагорного Карабаха. Население Нагорного Карабаха наделяется всеми правами граждан Армянской ССР".
Ранее, в мае 1989 года, члены "Комитета Карабах" были выпущены на свободу после того, как московские власти решили, что им не может быть предъявлено никакого обвинения. Они вернулись в Ереван, где их встречали как героев, или, по словам Ашота Манучаряна, "как нечто среднее между Франциском Ассизским и Папой Римским" (34). Они возобновили оппозиционную деятельность, пользуясь теперь значительно большим авторитетом. В своих публичных выступлениях вышедшие на свободу лидеры оппозиции отвергали идею выхода Армении из состава Советского Союза. В июле 1989 года Левон Тер-Петросян сказал в интервью французской газете "Фигаро": "Мы говорим о строительстве федерации народов ССР и о продвижении к демократизации страны" (35). Однако дискуссии о независимости более уже не воспринимались как табу, и армяне то и дело вспоминали, что они всего два поколения назад, в 1918-1920 годах пусть на короткий период, были независимы. По признанию Тер-Петросяна, он всерьез задумался над идеей независимости летом 1989 года.