Самой громкой боевой операцией чехословацкого Сопротивления стало покушение на исполняющего обязанности имперского протектора Богемии и Моравии. Рейнхарда Гейдриха, доживи он до конца войны, стопроцентно повесили бы по приговору Нюрнбергского трибунала. Он был отъявленным нацистом, по словам фюрера, «человеком с железным сердцем», потому к своим 38 годам сумел подняться до третьего по важности поста в гитлеровской иерархии. Собственно, именно Гейдрих, жестокий палач, придумал Терезиенштадт и все остальные еврейские гетто в Европе. Обергруппенфюрера СС тяжело ранили утром 28 мая 1942 года в пражском пригороде Либень (он следовал на службу в открытой машине) два бойца чехословацкой армии, чех Ян Кубиш и словак Йозеф Габчик, парашютисты из подготовленной в Великобритании диверсионной группы «Антропоид». Автомат в решающий момент заклинило, но граната сработала.
Вечером накануне покушения Рейнхард Гейдрих участвовал в открытии в Праге фестиваля классической музыки, в программе которого прозвучал фортепианный концерт до минор авторства Бруно Гейдриха — его, стало быть, отца. Традиционным, как планировали его организаторы, фестиваль не стал, поскольку остался без своего покровителя: через неделю после уличного нападения Гейдрих-младший скончался в пражской больнице. В подготовке операции «Антропоид» так или иначе принимали участие несколько десятков, а то и сотен борцов — подпольные ячейки Сопротивления и полдюжины диверсионных групп, заброшенных на чешскую территорию. Гестапо и подразделения СС немедленно провели по всему протекторату жестокие карательные акции. Подпольная сеть была раскрыта, ее активисты арестованы и казнены. Вследствие предательства одного из участников заговора немцам удалось установить местонахождение Кубиша, Габчика и группы их товарищей: рассчитывая переждать беду, семеро парашютистов укрылись в кафедральном соборе Святых Кирилла и Мефодия Чешской православной церкви. 18 июня в результате многочасового штурма все они погибли: шестеро, чтобы не попасть в плен, покончили с собой, один скончался от ран.
Укрывшие диверсантов члены соборного клира, староста и два священника, были расстреляны. Вместе с ними казнили епископа Чешской православной церкви Горазда Пражского (в миру Матей Павлик). Епископ, не имевший отношения к покушению на главного нациста, взял на себя ответственность за действия священников и заявил, что готов разделить судьбу братьев по вере. Немцы запретили Чешскую православную церковь, конфисковали ее имущество, закрыли храмы, репрессировали духовенство. На стене собора Святых Кирилла и Мефодия до сих пор сохранены следы от нацистских пуль, в крипте размещен Музей памяти героев Сопротивления. Епископа Горазда канонизировали. Рядом с храмом, на той же стороне Рессловой улицы, в корчме
Показательным злодеянием нацистов стала расправа над жителями деревни Лидице, поданная местному населению и всему миру как «операция возмездия» за убийство Гейдриха. Высокопоставленный нацист еще не испустил дух, когда гестапо получило сведения о том, что к пражскому покушению якобы могли быть причастны два диверсанта, родственники которых, семьи Гораковых и Стршибрных, жили в этом небольшом шахтерском поселке неподалеку от Кладно. Версия о диверсантах не подтвердилась, но руководитель поисков виноватых Карл Герман Франк (немец родом из Карловых Вар и эсэсовский генерал, в 1946 году повешен в Праге в присутствии 5 тысяч зрителей) выдвинул идею все равно сровнять эту деревню с землей. На похоронах Гейдриха в Берлине он получил согласие фюрера и 10 июня прибыл на место казни.
Подразделения немецкой полиции дотла сожгли в Лидице все — школу, церковь, жилые дома, хозяйственные постройки; чешская жандармерия также участвовала в злодеянии, выполняла вспомогательные поручения. Всех мужчин, которых смогли обнаружить, 172 человека, расстреляли у амбара на подворье Гораковых. Всех женщин, 195 человек, отправили в концлагерь Равенсбрюк, 53 из них не дожили до конца войны. 81 ребенка удушили в мобильной газовой камере (в последние годы появились сомнения в точности данной информации, некоторые исследователи считают, что следы этих детей теряются в концлагере Лодзи, кто-то мог и выжить). 17 малышей распределили в немецкие приюты, где они получали «правильное арийское» воспитание. Гораковых и Стршибрных несколько дней допрашивали, а потом тоже расстреляли, на полигоне под Прагой, вместе с шахтерами из Лидице, которые 9 июня ушли на работу в ночную смену и в облаву не попали.