В эту пору в окружение царя Ивана пробивались уже другие люди, меньше всего расположенные к благородным поступкам. В дворцовых покоях замелькало лицо мелкого дворянина Григория Лукьяновича Бельского-Плещеева, которого чуть позже назовут Малютой Скуратовым. Пока ещё, как кот у ног господина, отирался близ Ивана захудалый боярин Василий Грязной, личность коего была сходна с его фамилией. Скуратов и Грязной вторглись в царский дворец, во дворцовый обиход не одни — за их спинами вставали, а то и таились до поры многие другие отродья. И были среди них мужи даже именитых фамилий и родов, как князь Афанасий Вяземский.
В дни работы Стоглавого собора игумену Филиппу постоянно приходилось встречаться с людьми, близкими к царскому двору, он общался со многими думными боярами. Ведь только из рода Колычевых — все близкие родственники Филиппа — на Стоглавом соборе присутствовало двенадцать думцев. Все они жили меж собой в мире и согласии. И в каждой семье Филиппа ждал тёплый приём, откровенные и доверительные беседы. В свои наезды в Москву Филипп теперь останавливался у двоюродного свата, окольничего Михаила Колычева. Он был старше Филиппа и дружил с его отцом Степаном. Филипп был Михаилу Ивановичу за сына. Несмотря на сан Филиппа, брат, как и в прежние годы, звал его Федяшей. Позже боярин Михаил сыграет важную роль в становлении его на престол Русской православной церкви. И сделано сие будет, казалось бы, во благо избранника. Однако сие хорошее дело обернётся бедой как для Филиппа, так и для Михаила.
Окольничий Михаил Колычев в пору Стоглавого собора был в чести у царя Ивана, но, несмотря на это, старался держаться от него подальше. Молодой царь менялся на глазах. Добрые духи уже потеряли над ним опеку, а другие — духи зла и тьмы — витали всё ближе, и их тлетворное дыхание вызывало в царе не отвращение, а жажду дышать их смрадом. Окольничий Михаил Колычев до открытия Стоглавого собора ещё защищал царя Ивана, говорил своим близким:
— Наш государь-батюшка молод, всего-то двадцать один год. И ежели рядом с ним будут по-прежнему стоять Адашев, Сильвестр, Курлятяев и иные добрые мужи, нас ждёт благое царствование.
Но когда на Стоглавом порочили имя Сильвестра за его выступление против иосифлян, называли хищником и разбойником и царь не защитил своего духовника, а отдал его на травлю иосифлянам, Михаил Колычев усмотрел за спиной царя зловещие всполохи. С этого часа пристальный взгляд боярина уже не упускал из виду никаких мелочей в поведении царя и всему давал особую цену. Боярин Михаил рассказал Филиппу, что встретил в Кремле царицу Анастасию в великой печали и как она изливала душу.
— Слава Богу, что повстречала тебя, сердешный, — молвила Анастасия, увидев Колычева. — Хоть ты, Михаил Иванович, развеешь мои страдания.
— Поведай беду, царица-матушка, — отозвался боярин Михаил.
— Вчера, уже к вечеру, ездили с царём-батюшкой в Коломенское. Там для него псарь Басманов потеху устроил. Тот медведь, что Прохором зовут, теперь по его воле всё живое мнёт под себя и разрывает. Как мы приехали, так Басманов втолкнул в загон к Прохору тёлочку-однолетку. Как он гонял её и рвал, как она малым дитём ревела — со мной худо приключилось. А царь хохотал и кричал: «Ату её! Ату!»
— Я, дорогой Федяша, слов не нашёл, чтобы утешить расстроенную царицу, — продолжал боярин Михаил. — Ведь он же теперь сам способен бросить малое дитя на растерзание лютому зверю. Да что говорить, было уже, как Шаховского и Шуйского псами затравил.
Рассказ боярина Михаила поверг в уныние и Филиппа. И не только царя он вспомнил недобрым словом, но и своего побратима Алексея Басманова. Как же он допустил, что его любимый сын зверское обличье принял? В тот же день, зная, что Алексей Басманов стоит со своим полком на береговой службе, Филипп отправился на Пречистенку в палаты Михаила Плещеева в надежде застать там сына Алексея Басманова. Увы, его попытка была напрасной. В доме Плещеевых только челядь берегла хоромы, а дядюшка Алексея и его жена Анна умерли два года назад. Филипп уже думал о том, чтобы побывать на Оке, найти Алексея, поговорить с ним о сыне, но он не мог бросить свои дела на Стоглавом соборе. И, болея душой за отца и сына Басмановых, он продолжал исполнять своё «послушание» в Кремле.
Стоглавый собор закончил свою работу только в мае. Филипп был доволен тем, что упорядочили каноны богослужения. Оно стало единым для всей Руси. Были возданы должные почести пятидесяти местночтимым угодникам. А главное — стал единым для всей державы иконостас святых. Укоротили на соборе права церквей и монастырей: голос Сильвестра дошёл до иерархов. Им запретили заниматься ростовщичеством, а продавать или приобретать земли разрешалось лишь правительством. Интересов и прав Соловецкой обители исправления не затрагивали.