Отметив с братией своё шестидесятилетие, простившись с каждым иноком, выслушав советы досточтимых соборных старцев, Филипп Колычев выехал в Москву. С берегов Белого моря он взял путь на Новгород. Его тянуло побывать в граде достойных россиян, отслужить в Софийском соборе молебен, встретиться с архиереями, посмотреть на церковное устройство в Новгородской земле, в коей христианство процветало со времён великого князя Владимира Святого.
Однако в Новгороде Филиппа меньше всего ждало приятное времяпровождение. На подъезде к городу его встретили с иконами избранные жители Новгорода. Филипп остановил дорожный возок, вышел навстречу новгородцам.
— Дети мои, благочестивые христиане, что скажете? — спросил он.
Избранные поклонились митрополиту, и старший из них боярин Путята, муж одних лет с Филиппом, молвил:
— Знали мы тебя игуменом и чтили. Отныне ты владыка всея Руси. Потому просим всей Новгородской землёй защитить нас от неправедных вольностей и порадеть пред царём-самодержцем. Уже слышно, как царь гнев держит на град сей.
— Верю вам, новгородцы, и помню подобный гнев от матери царя Елены Глинской. Ноне он наследством перешёл к её сыну, царю венценосному. Постою за вас, елико сил хватит. Постойте и вы за себя. Сила ваша в бережении веры православной, в опасении от клевретов, — ответил новгородцам Филипп.
Не одну версту он прошёл пешком с избранными горожанами. И многое узнал о российской жизни. Вольнолюбивые новгородцы сетовали на то, что волею Ивана Грозного родилась не только сатанинская рать с мётлами и собачьими головами у седел, но и опричная дума. Филиппу от этой вести было горько вдвойне, потому как одним из вождей сей думы был его двоюродный брат боярин Фёдор Умной-Колычев.
— Ноне опричники подминают под себя княжескую и боярскую знать, — продолжал рассказывать боярин Путята. — А в семибоярское правление не вошёл никто из бывших удельных князей, ни Шуйские, ни Патрикеевы, ни иные.
Пребывание Филиппа в Новгороде принесло ему одну печаль. Лишь молебен в Святой Софии согрел душу. Священнослужители и горожане жили в страхе и тревоге за будущее. Торговля и ремесла замирали. Никто не знал, что принесёт им день грядущий. А они, эти грядущие дни, уже проявлялись всё зловещее.
За два дня до въезда в Москву вновь избранного митрополита Иван Грозный учинил новое злодеяние. Многие участники Земского собора сразу же после его роспуска написали на имя царя челобитную, явились во дворец, взмолились в поклонами:
— Ты, государь-батюшка, не зори нас и повели не быть опричнине. Все мы верно тебе служим и проливаем кровь за тебя. Ты же приставил к нашим шеям обидчиков с ножами. Они хватают братьев кровных, чинят обиды, тянут в пыточные и убивают. Останови разбойников, батюшка-царь.
Иван Грозный, слушая челобитчиков, ходил по гостевой палате с мрачным лицом и зорко всматривался в верноподданных вельмож. Когда они выговорились, он крикнул:
— Григорий, где ты?
Тотчас вышел из тайного места Малюта Скуратов, и царь повелел ему:
— Видишь сию чёртову дюжину? Они пришли жаловаться на царя, а ему то в урон. Чтобы я их больше не видел! Всех загони в земляную сидельницу!
— Исполню, царь-батюшка, родимый! — отозвался Малюта.
Челобитчики только ахнули от страха да со слезами на глазах упали на колени, моля о пощаде. Но было уже поздно: царь ушёл. Появились подручные Малюты Скуратова и погнали земцев в земляную тюрьму, совсем недавно построенную по воле Ивана Грозного на склоне кремлёвского холма.
В тот же день вместе с челобитчиками оказался в земляной тюрьме и чтимый Иваном Грозным конюший Фёдоров. Его оклеветал перед царём кравчий Фёдор Басманов. Явившись в царскую опочивальню во время полуденной дрёмы Грозного, нашептал ему:
— Царь-батюшка, ты и Ивана Фёдорова опали гневом. Он есть зачинщик у челобитчиков. И по его науськиванию они вломились во дворец.
Царь Иван ответил на навет Басманова кратко:
— Иди и упрячь его моим именем туда же, в земляную.
В такие тяжкие для россиян дни лета 1566 года и въехал в стольный град бывший соловецкий игумен, а ноне волею народа митрополит всея Руси Филипп. Царь принял его не сразу. Дворецкий Василий Данилов прислал на подворье боярина Михаила Колычева, у которого, как всегда, остановился Филипп, посыльного. Тот сказал:
— Быть тебе, владыка, у царя-батюшки в полдень июля двенадцатого.
— Явлюсь в назначенный час, сын мой, — ответил Филипп. Он был доволен, что у него появились четыре дня, чтобы оглядеться и разобраться в той сумятице, коя царила в Москве.