Фактически Капуано завершил Четвертый крестовый поход. Причины его поступка окончательно не понятны. Однако, судя по тому, что именно он разрешил нападение на Зару, чтобы сохранить единство экспедиции, основой всех его поступков был практицизм. Возможно, он понимал, что лучшим способом поддержать молодую Латинскую империю станет концентрация сил крестоносцев возле Константинополя, и это послужит интересам церкви скорее, нежели уход воинов на Святую Землю. Какими бы ни были намерения Капуано, Иннокентий был в ярости. 12 июля 1205 года он направил легату едкий упрек:
В связи с таким драматическим развитием событий изменилось и отношение римского папы к покорению Константинополя. Рассказы о злодеяниях крестоносцев во время разграбления города становились все более горькими и тревожными. Как мы уже видели, в письмах, направленных в Рим руководителями экспедиции, упоминание о жестокостях уроженцев Запада было опущено. Но проходили месяцы, и слухи, принесенные торговцами и путешественниками, дополнялись известиями от возвращавшихся крестоносцев — таких, как епископ Конрад Альберштадтский или епископ Мартин из Пайри, — открывая ужасающую правду о происходившем. От этих знаний Иннокентию становилось плохо: то, что представлялось блестящей победой, превращалось в отвратительное проявление алчности и насилия. В его письмах звучит печаль: «То, что казалось нам прибыльным, довело до нищеты, то, что возвеличивало, превратило в ничтожество». Иннокентий вопрошал, что могло заставить греческую церковь выразить преданность папству, как гордо заявляли крестоносцы, если в латинянах они
Папа беспощадно приводит и другие злодеяния: насилие над почтенными матронами, девственницами, монахинями, разграбление церквей, осквернение святынь и крестов. Вероятно, поначалу Иннокентий верил, что были разграблены только императорские сокровищницы, и ужаснулся, узнав о грабежах в церквях по всему городу.
Узнав о поражении латинян при Адрианополе, он не скорбит о гибели многих могучих рыцарей, а приписывает случившееся божественному воздаянию за проступки крестоносцев. Весьма суровое суждение о потере многих действительно благочестивых воинов. Но папа понимал, что события апреля 1204 года не дадут возможности вновь призвать к крестовому походу, поскольку участники кампании будут возвращаться по домам, освобожденные от обетов и нагруженные трофеями.
Подробности разграбления заставили Иннокентия выразить сомнение в подлинных побуждениях как минимум части крестоносцев. Он уже с глубоким подозрением относился к мотивации венецианцев, но теперь в письме к Бонифацию Монферратскому выражает предположение, что маркграф