За службу в Чигирине в должности крепостного инженера и коменданта Патрика Леопольда Гордона 20 августа 1678 года жалуют званием генерал-майора русской армии. За то, что крепость славно оборонял, за то, что пороховой погреб взорвал с несколькими тысячами турок, за то, что последним покинул Чигирин со всеми полковыми знамёнами — святынями любого войска.
В сентябре того же года поместные, новоприборные, казачьи и стрелецкие войска были распущены по домам. «Служилого иноземца» отправили в Киев, в то время пограничный город — до Польши было рукой подать. Там начинали сооружать оборонительные укрепления. Началась, говоря по-старому, воеводская служба, по-новому — комендантская в городском гарнизоне.
В Киев Гордон приезжает не один, а с семьёй. Возведение земляной крепости шло ни шатко ни валко^ Служба в тогда заштатном городе новоиспечённому генерал-майору пришлась явно не по душе. В Киеве Гордоны пробыли восемь лет, до 1686 года, скучая по московской Немецкой слободе. В Москве Патрику Гордону теперь приходилось бывать изредка.
Но за время пребывания в Киеве и посещений столицы по вызову начальства Иноземного приказа начала писаться новая глава гордоновской биографии. Во-первых, укрепился его авторитет как искусного военачальника и военного инженера. Во-вторых, шотландец завязывает близкую дружбу с выходцем из швейцарского города Женевы майором Францем Яковлевичем Лефортом, который приходился ему родственником по линии жены. Через некоторое время Лефорт станет ближайшим другом и соратником юного царя Петра I Алексеевича.
На рубеже 1670-1680-х годов московское правительство проводит значительное сокращение русской армии, с содержанием которой государственная казна просто не справлялась. Многие иностранные офицеры получают увольнение от службы — прежде всего те, кто не смог проявить себя в России.
Недовольный службой в Киеве, Патрик Гордон неоднократно хлопотал об увольнении. Высокое жалованье, занятие коммерцией сделали его достаточно состоятельным человеком. Теперь он мог вести спокойную жизнь отставного военачальника, поселившись в Шотландии, в бывшем отцовском имении. Или остаться на жительстве в Немецкой слободе.
Однако, учитывая его знания и опыт, царские бояре не спешили удовлетворить просьбу героя Чигиринской обороны. Более того, они оставляют его на государевой военной службе вопреки желанию «служилого иноземца». По описи Иноземного приказа 1681-1682 годов на русской военной службе находилось всего 383 иностранца, но только один Патрик Гордон имел генеральский чин. Со всеми остальными генералами-наёмниками Москве пришлось распрощаться, поскольку свои воеводы справлялись с командованием войсками лучше «дорогостоящих» иноземцев с их сомнительными патентами.
Судьба хранила Патрика Гордона, которого теперь всё чаще величали Петром Ивановичем. Можно отнести к счастливой случайности его отсутствие в Москве весной 1682 года во время стрелецкого восстания. Пошумели тогда столичные стрельцы знатно. Истребили многих бояр: братьев царицы Натальи Кирилловны — Ивана и Афанасия Нарышкиных, князей Юрия и Михайлу Долгоруких, Андрея Ромодановского, Михайлу Черкасского, Матвеева, Петра и Фёдора Салтыковых, Языкова и других именитых людей.
Тогда 15 мая жертвой разбушевавшихся в Кремле стрельцов стали воевода князь Григорий Григорьевич Ромодановский и несколько иноземных офицеров. Их обвинили во многих «неправдах», учинённых во время Чигиринских походов.
Дело в том, что неуклонное стремление Патрика Гордона, особенно на посту коменданта Чигиринской крепости, к поддержанию строгой воинской дисциплины и порядка вызывало резкое недовольство у подчинённых, особенно стрельцов. Это, вне всякого сомнения, могло сыграть для Гордона трагическую роль во время стрелецкого бунта в столице.
Взбунтовавшиеся стрельцы выкрикнули правительницей при малолетних царевичах Иване и Петре их сестру — царевну Софью Алексеевну. Та сумела откупиться от мятежных стрелецких полков, выдав им жалованье в двести сорок тысяч рублей. Со всех городов пришлось собирать золотую и серебряную посуду, переливать её на деньги. Каждый стрелец к тому же получил ещё по десять рублей наградных.
Когда такие новости из Москвы долетели с конными гонцами до порубежного Киева, Пётр Алексеевич Гордон привёл гарнизон к присяге новой правительнице Русского царства с титулом «великой государыни, благоверной царевны и великой княжны». Присягнул на Библии и сам.
Но события в Москве смутили многих. Прямодушный шотландец удивлялся потом с прибывшим стольником:
— Бунтовали в Москве только стрельцы. Так почему на защиту царского дворца не встали солдатские, рейтарские, драгунские полки из новоприборных? А почему не велено было собрать поместную конницу из дворян московского уезда?
— Полки распустили по домам. В солдатских слободах людей осталось раз-два, и обчёлся. В основном служилые иноземцы — офицеры и рядовые. А дворянина вытащить из усадьбы — сколько высоких указов на то надо.
— Это плохо. Там, где власть, там должна быть и военная сила. В строгой дисциплине содержащаяся...